與和諧號動車組不同的是:車廂內二等座椅間距統一加大到1020毫米、一等座椅間距統一加大到1160毫米，並設置不間斷的旅客用220V電源插座。

為適應節能環保要求，CR400AF動車組整車採用全新低阻力流線型頭型設計和車體平順化設計，降低氣動阻力，減少持續運行能量消耗，並統一零部件技術標準，實現各型號動車組相同零部件的互換使用，有效降低運用、檢修等壽命週期成本。

轉向架

採用模塊化設計的H形構架無搖枕轉向架，強化結構及性能的安全冗餘設計。統一採用920 mm的大輪徑及磨耗型踏面，改善輪軌匹配關係，減輕輪軌動力作用，提高運行穩定性、舒適性及結構安全性。

塗裝

CR400AF的2列樣板車，採用白色底色搭配側窗上方藍色線條的塗裝，而從量產車2001起則改為銀色底色搭配側窗前方及下方紅色線條的塗裝。

車廂型號

ZY：一等座車（First Class Coach）

ZE：二等座車（Second Class Coach）

ZEC：二等座車/餐車（Second Class Coach/Dining Car）

ZYS：一等/商務座車（First Class/Business Coach）

ZES：二等/商務座車（Second Class/Business Coach）

字意:

Z：Zuo（拼音）座，座車

Y：Yi（拼音）一，一等座車

E：Er（拼音)二，二等座車

C/CA：Can（拼音），餐，餐車

S/SW：Shang（拼音），商，商務