清康熙年間，西魯陳兵潼關，清軍不敵西魯，康熙帝於是求救與福建南少林，南少林派出128名武僧，兵出潼關，128僧祭出六丁六甲，大敗西魯軍。凱凱後，康熙帝忌憚少林武僧的武功，又有人誣告這些武僧謀反，於是派出八旗兵，火燒南少林寺，將之趕盡殺絕。有五個俗家弟子高手逃出了八旗兵的圍捕，這五個人是：方大洪，馬超興，蔡德忠，胡德帝，李式開。這五人痛恨清廷，於是請萬雲龍做首領，請陳近南為軍師，在福建雲霄高溪廟，建立洪門，以天為父，以地為母，反清復明，成立了天地會，這五人人稱“新少林五祖”或“洪門五祖”。
以上是天地會會簿記錄的天地會12種起源之一，後來溫雄飛的《南洋華僑通史》開創了一種影射推求歷史，說陳近南就是鄭成功的參謀將軍陳永華，而萬雲龍就是鄭成功，為什麼要拉上鄭成功呢，是為了證實天地會反清復明的宗旨。而最早的天地會會簿有陳近南的記載是清同治年間，所以這個傳說不可信。
天地會真正的起源，是在清乾隆27年，在福建雲霄高溪廟，由一個叫洪二和尚的人創立，洪二和尚俗名鄭開，又名提喜，塗喜，早年闖蕩江湖，後散盡家財，回到老家雲霄，用自己多年闖蕩江湖人際關係和社會經驗在高溪廟創立了天地會。而洪門五祖應該是隨史可法抗清的將領，史可法反清失敗後，五人轉投了鄭成功，這五人被洪二和尚尊為創會祖師。洪二和尚成立天地會後，發動過兩次起事，都以失敗告終，洪二和尚於是喝酒嫖妓掩飾身份，躲過清廷的搜索。同時，天地會有著嚴格的會規，以義氣為先，所以天地會最早兩次反清起事被抓的會徒並沒有供出洪二和尚，洪二和尚得到善終，把位子留給兒子鄭繼，鄭繼法號行義。
到了清乾隆51年，天地會臺灣會徒林爽文起事，乾隆派福康安用了一年時間平定叛亂。福康安抓住了林爽文，審問，林爽文供出了鄭繼。閩浙總督伍拉納，福建巡府徐嗣曾花了兩年半的時間，徹查天地會，抓捕了鄭繼，天地會真正的來歷才在歷史裡出現。清乾隆60年，臺灣陳周全再次起事，旋即被平叛。
咸豐元年至5年，先後有廣西大成國，昇平天國起事，廈門小刀會，上海小刀會起事。太平天國時期，天地會首領洪大全~焦亮，羅大綱率3000天地會軍加入太平天國，是太平天國起事時主要的軍事力量之一。
民國創立前，孫文加入天地會北美致公堂，黃花崗起事失敗後，黃興帶殘部退居香港，北美致公堂龍頭黃三德變賣致公堂會所和其它物業，給孫文50萬美金作黃花崗敗軍的生活費用。黃花崗72烈士中，69人是致公堂會黨成員。辛亥革命後，各省獨立，領軍人物多是內地天地會的哥老會龍頭，辛亥革命後，四川的袍哥政權宣佈自己本是洪門一支。抗日戰爭其間，北美致公堂龍頭司徒美塘為抗日籌款300萬美金。1949年，新中國建立，司徒美塘改組致公堂為致公黨，加入政治協商會議，成為新中國的組成部分。海外天地會的各分支至今尤在。天地會是華人社會300年來延續至今的第一大幫派。
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