微生態製劑在一定程度上是通過影響宿主腸道正常菌群的組成和活性而起作用的。如果動物本身已自然獲得大量微生態菌群，再使用微生態製劑時就不會有顯著的作用。只有非自然生長方式或處於病態的動物才更需要使用微生態製劑。
1 雛雞
雛雞出殼後，為防止經垂直傳播的細菌危害，頭二天可以先使用微生態，然後使用3天抗生素以殺滅垂直傳播的細菌，然後連續使用微生態製劑4~5天。因為雛雞出殼時消化道內是無菌的，其消化吸收能力也很低，故先增加點微生態佔位，又由於雞苗多帶有垂直傳播的大腸桿菌，沙門氏菌，如果此時受到嚴重感染，會很快致病。為避免此種情況發生，故又投幾天抗生素，然後適時的投服微生態製劑，使其中的有益菌優先佔據消化道，從而抑制有害菌的大量繁殖，防止了腸道疾病的發生，並促進了飼料的消化吸收，提高了雞的抗病力。
2 雞消化吸收紊亂
當雞因免疫、轉群、換料或環境變化造成應激時，雞的消化系統易發生紊亂，表現為雞的糞便呈飼料色、吃進的飼料幾乎不消化吸收便排洩出來，糞便中甚至能見到飼料顆粒，雞生長緩慢。此時投服微生態製劑，再補充點營養物質，腸道有益菌群會迅速恢復，從而減少發病的機會。
3腸道正常菌群因大量投服抗生素而被破壞
當雞群發生細菌或病毒性疾病時，我們會大量投用抗生素、抗病化學藥物，造成雞的腸道內的有益菌、有害菌被大量殺死，停藥後有害菌如大腸桿菌等會迅速生長繁殖，很可能使雞再次發病。所以在投完抗菌藥後及時使用微生態製劑，可有效地抑制有害菌的增殖，使雞腸道內環境呈現正常的平衡狀態，減少疾病的復發。
肉仔雞生長後期投服，既可防病又無藥殘風險
肉仔雞生長到35日齡後，為防止屠宰時發生藥殘，是禁止使用各種抗菌、抗病毒藥物的。此時雞群易感染各種疾病，若有計劃地投服微生態製劑可大大增強雞體的抗病能力，而且不存在藥殘風險
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