黃帝打敗炎帝之後，許多諸侯都想擁戴他當皇帝。但是炎帝的後代不甘心向黃帝屈服，幾次三番挑起戰役，尤以蚩尤為甚。
蚩尤是炎帝的孫子。據說，蚩尤生性殘酷好戰，他有八十一個兄弟，都是能說人話的野獸，一個個銅頭鐵額，用石頭鐵塊當飯吃。蚩尤本來臣歸於黃帝，但是炎帝戰勝後，蚩尤在廬山腳下發現了銅礦，他們把這些銅製成了劍、矛、戟、盾等兵器，軍威大振，便起野心要為炎帝報仇了。蚩尤聯合了風伯、雨師和夸父部族的人，八面威風地來向黃帝應戰。
黃帝生性愛民，不想戰伐，一向想勸蚩尤休戰。但是蚩尤不聽勸告，屢犯鴻溝。黃帝不得已，嘆氣道：“我若失去了全國，蚩尤掌管了全國，我的臣民就要受苦了。我若姑息蚩尤，那就是養虎為患了。現在他不行善良，一味侵犯，我只要懲罰不義！”所以黃帝親身帶兵出征，與蚩尤對陣。
黃帝先派大將應龍出戰。應龍能飛，能從口中噴水，它一上陣，就飛上天空，高高在上地向蚩尤陣中噴水。霎時間，洪流洶湧，波瀾直向蚩尤衝去。蚩尤忙命風伯雨師上陣。風伯和雨師，一個颳起滿天暴風，一個把應龍噴的水收集起來，反過來兩人又施出威風，颳風下雨，把暴風暴雨向黃帝陣中打去。應龍只會噴水，不會收水，成果，黃帝大北而歸。
不久，黃帝重整戎行，重振軍威，再次與蚩尤對陣。黃帝一馬當先，領兵衝入蚩尤陣中。蚩尤這次發揮神通，噴煙吐霧，把黃帝和他的戎行團團罩住。黃帝的戎行辨不清方向，看不清敵人，被圍困在煙霧中，殺不出重圍。就在這危急關頭，黃帝靈機一動，突然昂首看到了天上的北斗星，斗柄轉動而鬥頭一直不動，他便依據這個原理髮明瞭指南車，確定了一個方向，黃帝這才帶領戎行衝出了重圍。
這樣，黃帝和蚩尤一來二去打了七十一仗，成果是黃帝勝少敗多，黃帝心中十分焦慮不安。這一天，黃帝苦苦思索打敗蚩尤的辦法，不知不覺昏然睡去，夢見九霄玄女交給他一部兵書，說：“帶回去把兵符熟記在心，戰必克敵！”，說罷，飄然而去。黃帝醒後，發現手中果真有一本《陽符經》。翻開一看，只見上面畫著幾個象形文字“天一在前，太乙在後。”黃帝頓然悟解，所以依照玄女兵書設九陣，置八門，陣內安置三奇六儀，制陰陽二遁，演習變化，成為一千八百陣，名叫“天一遁甲”陣。黃帝演練了解，從頭率兵與蚩尤決戰。
為了振奮軍威，黃帝決定用軍鼓來鼓舞士氣。他打聽到東海中有一座流波山，山上住著一頭慢獸，叫“夔”，它呼嘯的聲響就像打雷相同。黃帝派人把夔捉來，把它的皮剝下來做鼓面，聲響震天響。黃帝又派人將雷澤中的雷獸捉來，從它身上抽出一根最大的骨頭當鼓槌。傳說這夔牛鼓一敲，能震響五百里，連敲幾下，能連震三千八百里。黃帝又用牛皮做了八十面鼓，使得軍威大振。
為了完全打敗蚩尤，黃帝特意召來女兒女魃助戰。女魃是個旱神，專會收雲息雨。平常住在悠遠的崑崙山上。
黃帝布好陣容，再次跟蚩尤決戰。兩軍對陣，黃帝命令擂起戰鼓，那八十面牛皮鼓和夔牛皮鼓一響，聲響驚天動地。黃帝的兵聽到鼓聲勇氣倍增；蚩尤的兵聽見鼓聲喪魂失魄。蚩尤看見自己要敗，便和他的八十一個兄弟施起威風，桀勇猛地殺上前來。兩軍殺在一起，直殺得山搖地動，日抖星墜，相持不下。
黃帝見蚩尤的確欠好抵擋，就令應龍噴水。應龍打開巨口，江河般的水流從上至下噴發而出，蚩尤沒有防備，被衝了個人仰馬翻。他也急令風伯雨師掀起暴風暴雨向黃帝陣中打去，只見地面上洪水暴漲，波浪滔天，狀況很緊迫。這時，女魃上陣了，她施起神施，霎時間從她身上放射出滾滾的熱浪，她走到哪裡，哪裡就風停雨消，酷日當頭。風伯和雨師無計可施，慌忙敗走了。黃帝率軍追上前去，大殺一陣，蚩尤大北而逃。
蚩尤的頭跟銅鑄的相同硬，以鐵石為飯，還能在空中飛翔，在懸崖峭壁上如走平地，黃帝怎樣也捉不住他。追到冀州中部時，黃帝創意突現，命人把夔牛皮鼓使勁連擂九下，這一下，蚩尤登時魂喪魄散，不能行走，被黃帝捉住了。黃帝命人給蚩尤戴上枷栲，把他殺了。懼怕他身後還作祟，便把他的身和首埋在了兩個當地。蚩尤死之後，他身上的枷栲才被取下來投擲在荒山上，變成了一片楓樹林，那每一片楓葉，都是蚩尤枷栲上的斑斑血跡。
黃帝打敗蚩尤後，諸侯都尊奉他為皇帝，這就是軒轅（黃帝的姓名）黃帝。軒轅黃帝帶領大眾，開墾農田，久居中原，奠定了華夏民族的根基。
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