黄帝打败炎帝之后，许多诸侯都想拥戴他当皇帝。但是炎帝的后代不甘心向黄帝屈服，几次三番挑起战役，尤以蚩尤为甚。
蚩尤是炎帝的孙子。据说，蚩尤生性残酷好战，他有八十一个兄弟，都是能说人话的野兽，一个个铜头铁额，用石头铁块当饭吃。蚩尤本来臣归于黄帝，但是炎帝战胜后，蚩尤在庐山脚下发现了铜矿，他们把这些铜制成了剑、矛、戟、盾等兵器，军威大振，便起野心要为炎帝报仇了。蚩尤联合了风伯、雨师和夸父部族的人，八面威风地来向黄帝应战。
黄帝生性爱民，不想战伐，一向想劝蚩尤休战。但是蚩尤不听劝告，屡犯鸿沟。黄帝不得已，叹气道：“我若失去了全国，蚩尤掌管了全国，我的臣民就要受苦了。我若姑息蚩尤，那就是养虎为患了。现在他不行善良，一味侵犯，我只要惩罚不义！”所以黄帝亲身带兵出征，与蚩尤对阵。
黄帝先派大将应龙出战。应龙能飞，能从口中喷水，它一上阵，就飞上天空，高高在上地向蚩尤阵中喷水。霎时间，洪流汹涌，波澜直向蚩尤冲去。蚩尤忙命风伯雨师上阵。风伯和雨师，一个刮起满天暴风，一个把应龙喷的水收集起来，反过来两人又施出威风，刮风下雨，把暴风暴雨向黄帝阵中打去。应龙只会喷水，不会收水，成果，黄帝大北而归。
不久，黄帝重整戎行，重振军威，再次与蚩尤对阵。黄帝一马当先，领兵冲入蚩尤阵中。蚩尤这次发挥神通，喷烟吐雾，把黄帝和他的戎行团团罩住。黄帝的戎行辨不清方向，看不清敌人，被围困在烟雾中，杀不出重围。就在这危急关头，黄帝灵机一动，突然昂首看到了天上的北斗星，斗柄转动而斗头一直不动，他便依据这个原理发明了指南车，确定了一个方向，黄帝这才带领戎行冲出了重围。
这样，黄帝和蚩尤一来二去打了七十一仗，成果是黄帝胜少败多，黄帝心中十分焦虑不安。这一天，黄帝苦苦思索打败蚩尤的办法，不知不觉昏然睡去，梦见九霄玄女交给他一部兵书，说：“带回去把兵符熟记在心，战必克敌！”，说罢，飘然而去。黄帝醒后，发现手中果真有一本《阳符经》。翻开一看，只见上面画着几个象形文字“天一在前，太乙在后。”黄帝顿然悟解，所以依照玄女兵书设九阵，置八门，阵内安置三奇六仪，制阴阳二遁，演习变化，成为一千八百阵，名叫“天一遁甲”阵。黄帝演练了解，从头率兵与蚩尤决战。
为了振奋军威，黄帝决定用军鼓来鼓舞士气。他打听到东海中有一座流波山，山上住着一头慢兽，叫“夔”，它呼啸的声响就像打雷相同。黄帝派人把夔捉来，把它的皮剥下来做鼓面，声响震天响。黄帝又派人将雷泽中的雷兽捉来，从它身上抽出一根最大的骨头当鼓槌。传说这夔牛鼓一敲，能震响五百里，连敲几下，能连震三千八百里。黄帝又用牛皮做了八十面鼓，使得军威大振。
为了完全打败蚩尤，黄帝特意召来女儿女魃助战。女魃是个旱神，专会收云息雨。平常住在悠远的昆仑山上。
黄帝布好阵容，再次跟蚩尤决战。两军对阵，黄帝命令擂起战鼓，那八十面牛皮鼓和夔牛皮鼓一响，声响惊天动地。黄帝的兵听到鼓声勇气倍增；蚩尤的兵听见鼓声丧魂失魄。蚩尤看见自己要败，便和他的八十一个兄弟施起威风，桀勇猛地杀上前来。两军杀在一起，直杀得山摇地动，日抖星坠，相持不下。
黄帝见蚩尤的确欠好抵挡，就令应龙喷水。应龙打开巨口，江河般的水流从上至下喷发而出，蚩尤没有防备，被冲了个人仰马翻。他也急令风伯雨师掀起暴风暴雨向黄帝阵中打去，只见地面上洪水暴涨，波浪滔天，状况很紧迫。这时，女魃上阵了，她施起神施，霎时间从她身上放射出滚滚的热浪，她走到哪里，哪里就风停雨消，酷日当头。风伯和雨师无计可施，慌忙败走了。黄帝率军追上前去，大杀一阵，蚩尤大北而逃。
蚩尤的头跟铜铸的相同硬，以铁石为饭，还能在空中飞翔，在悬崖峭壁上如走平地，黄帝怎样也捉不住他。追到冀州中部时，黄帝创意突现，命人把夔牛皮鼓使劲连擂九下，这一下，蚩尤登时魂丧魄散，不能行走，被黄帝捉住了。黄帝命人给蚩尤戴上枷栲，把他杀了。惧怕他身后还作祟，便把他的身和首埋在了两个当地。蚩尤死之后，他身上的枷栲才被取下来投掷在荒山上，变成了一片枫树林，那每一片枫叶，都是蚩尤枷栲上的斑斑血迹。
黄帝打败蚩尤后，诸侯都尊奉他为皇帝，这就是轩辕（黄帝的姓名）黄帝。轩辕黄帝带领大众，开垦农田，久居中原，奠定了华夏民族的根基。
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