《倚天屠龍記》開篇第一章，郭襄訪問少林寺，引出少年張三丰，這時是南宋末年，到第三章，張三丰弟子俞岱巖下山，已經是七十多年後，元朝末帝在位，整個元朝國祚不足百年，尚不如張三丰的一生長短。
元朝作為遊牧民族來統治漢人，完全靠武力強壓，不得民心，到元末帝時，整個政權已經衰敗不堪，吏治敗壞，社會動盪，民怨沸騰，只待一點火星，就會燃起燎原大火。而這個火星就跟《倚天屠龍記》裡的最大武林派別「明教」有關。
事實上，原始的摩尼教在宋朝應該是發生了分化，一部分依託道教作為偽裝，走了上層路線，另一部分則在民間暗暗流傳開來，和其他民間宗教不斷融合，幾百年間生生不息，最終成了下層用來反抗統治者的精神號召，這就是後來的明教，其實就是走下層路線的摩尼教變種。
元末明初時期繪製的《摩尼像》絹畫掛軸
《倚天屠龍記》中有一段介紹明教的源流和發展，是借張無忌和楊逍的談話道來，大體是符合歷史的，只不過小說誇大了明教的影響，將唐宋以來的民間對官府的反抗起義都攬作是明教的策動，將反抗官府行善濟民的行為當做是明教所追求的事業，特別是宋朝的方臘起義，因為在歷史上特別轟動，就把方臘算作明教的歷任教主之一。
事實上方臘確實是利用明教來聚攏民眾起義的，不過明教一向在地下流傳，又和其他秘密宗教混雜難分，所以根本不會有成體系的組織，更加不可能幾百年這樣源流下來，到了元末，在民間下層社會最具影響力的並不是明教，而是白蓮教和彌勒教。
白蓮教和彌勒教都是佛教思想在民間下層社會演化而來的秘密宗教，白蓮教脫胎於佛教白蓮宗，教徒戒律嚴明，香火很旺，元朝政府也一度是支持的，彌勒教則是打著當時風靡民間的「彌勒信仰」的旗號，非常容易發展教徒，這兩支宗教和早在民間生根的明教，非常容易就混合在一起，雖然教義有別，但在傳播中真的難分彼此，比如白蓮教就同時宣傳「彌勒佛下生」和「明王出世」。
影視劇中的彭瑩玉
元末的民間起義中，最早起事的就是彌勒教，起事者是周子旺和彭瑩玉（《倚》書中前者是周芷若的父親，後者是明教五散人之一），這個起事規模不大，很快失敗。繼而就是白蓮教，領導者韓山童是白蓮教世家，他利用白蓮教組織了大批信眾，然後抓住時機他在安徽起義，正式拉開了「紅巾軍」反元鬥爭的大幕，中國各地，天南地北的響應者也都以白蓮教的旗幟組織起紅巾軍，北方主要是郭子興，朱元璋就是加入了他的隊伍，南方則又是來源於彭瑩玉的策動，這次他換了白蓮教作為旗號。
元末起義除了「明教」或「紅巾軍」體系，仍有形形色色的各地起義軍，如張士誠、方國珍、陳友定等，即便「紅巾軍」體系，也有北方郭子興（女婿為朱元璋）、中央劉福通（擁立韓山童之子韓林兒）、南派徐壽輝（彭瑩玉支持）等，幾方勢力時分時合，甚或競爭為敵，各立政權，再加上苦苦死撐的蒙元政權，一時間中國境內陷入了長達十幾年的大混戰，滄海橫流方顯英雄本色，最終笑到最後的就是明太祖朱元璋，但為什麼是他呢？
元末紅巾軍起義的連環畫
1368年，朱元璋的軍隊攻克北京，元朝正式滅亡，他在南京正式稱帝，建立大明王朝。朱元璋的成功固然得益於他多年的穩紮穩打，逐步壯大，這是他的智勇和勤奮，他的豪傑氣和帝王命，但是能夠在亂世中同時贏得民心，則是他的政治戰略。這從他直到稱帝兩年前，天下大局已定時，才決定將足足供奉了十多年的「小明王」韓林兒暗殺（史載韓林兒渡江時意外死亡，此為歷史公案），就可見一斑。
《倚天屠龍記》電視劇中的朱元璋
站在宗教的立場上，小明王是明教的精神領袖，他一死，象徵著明教之於朱元璋的政治作用已然過時了。《倚天屠龍記》也以這段公案為大結尾，朱元璋雖然不是明教教徒，但他確實是以宗教起義為開端的轟轟烈烈的漢人反元抗爭成果的最終收割者。他深知異端宗教對民間反抗的影響，從即位起便決定禁絕民間宗教，彌勒佛、白蓮社、明教等「一應左道異端之術」，均在禁絕之列，在民間流傳幾百年的明教，據說還給了朱元璋命名國號的靈感，就這樣從明朝立國後，徹底消亡了。
朱元璋歷史畫像
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