《倚天屠龙记》开篇第一章，郭襄访问少林寺，引出少年张三丰，这时是南宋末年，到第三章，张三丰弟子俞岱岩下山，已经是七十多年后，元朝末帝在位，整个元朝国祚不足百年，尚不如张三丰的一生长短。
元朝作为游牧民族来统治汉人，完全靠武力强压，不得民心，到元末帝时，整个政权已经衰败不堪，吏治败坏，社会动荡，民怨沸腾，只待一点火星，就会燃起燎原大火。而这个火星就跟《倚天屠龙记》里的最大武林派别「明教」有关。
事实上，原始的摩尼教在宋朝应该是发生了分化，一部分依托道教作为伪装，走了上层路线，另一部分则在民间暗暗流传开来，和其他民间宗教不断融合，几百年间生生不息，最终成了下层用来反抗统治者的精神号召，这就是后来的明教，其实就是走下层路线的摩尼教变种。
元末明初时期绘制的《摩尼像》绢画挂轴
《倚天屠龙记》中有一段介绍明教的源流和发展，是借张无忌和杨逍的谈话道来，大体是符合历史的，只不过小说夸大了明教的影响，将唐宋以来的民间对官府的反抗起义都揽作是明教的策动，将反抗官府行善济民的行为当做是明教所追求的事业，特别是宋朝的方腊起义，因为在历史上特别轰动，就把方腊算作明教的历任教主之一。
事实上方腊确实是利用明教来聚拢民众起义的，不过明教一向在地下流传，又和其他秘密宗教混杂难分，所以根本不会有成体系的组织，更加不可能几百年这样源流下来，到了元末，在民间下层社会最具影响力的并不是明教，而是白莲教和弥勒教。
白莲教和弥勒教都是佛教思想在民间下层社会演化而来的秘密宗教，白莲教脱胎于佛教白莲宗，教徒戒律严明，香火很旺，元朝政府也一度是支持的，弥勒教则是打着当时风靡民间的「弥勒信仰」的旗号，非常容易发展教徒，这两支宗教和早在民间生根的明教，非常容易就混合在一起，虽然教义有别，但在传播中真的难分彼此，比如白莲教就同时宣传「弥勒佛下生」和「明王出世」。
影视剧中的彭莹玉
元末的民间起义中，最早起事的就是弥勒教，起事者是周子旺和彭莹玉（《倚》书中前者是周芷若的父亲，后者是明教五散人之一），这个起事规模不大，很快失败。继而就是白莲教，领导者韩山童是白莲教世家，他利用白莲教组织了大批信众，然后抓住时机他在安徽起义，正式拉开了「红巾军」反元斗争的大幕，中国各地，天南地北的响应者也都以白莲教的旗帜组织起红巾军，北方主要是郭子兴，朱元璋就是加入了他的队伍，南方则又是来源于彭莹玉的策动，这次他换了白莲教作为旗号。
元末起义除了「明教」或「红巾军」体系，仍有形形色色的各地起义军，如张士诚、方国珍、陈友定等，即便「红巾军」体系，也有北方郭子兴（女婿为朱元璋）、中央刘福通（拥立韩山童之子韩林儿）、南派徐寿辉（彭莹玉支持）等，几方势力时分时合，甚或竞争为敌，各立政权，再加上苦苦死撑的蒙元政权，一时间中国境内陷入了长达十几年的大混战，沧海横流方显英雄本色，最终笑到最后的就是明太祖朱元璋，但为什么是他呢？
元末红巾军起义的连环画
1368年，朱元璋的军队攻克北京，元朝正式灭亡，他在南京正式称帝，建立大明王朝。朱元璋的成功固然得益于他多年的稳扎稳打，逐步壮大，这是他的智勇和勤奋，他的豪杰气和帝王命，但是能够在乱世中同时赢得民心，则是他的政治战略。这从他直到称帝两年前，天下大局已定时，才决定将足足供奉了十多年的「小明王」韩林儿暗杀（史载韩林儿渡江时意外死亡，此为历史公案），就可见一斑。
《倚天屠龙记》电视剧中的朱元璋
站在宗教的立场上，小明王是明教的精神领袖，他一死，象征着明教之于朱元璋的政治作用已然过时了。《倚天屠龙记》也以这段公案为大结尾，朱元璋虽然不是明教教徒，但他确实是以宗教起义为开端的轰轰烈烈的汉人反元抗争成果的最终收割者。他深知异端宗教对民间反抗的影响，从即位起便决定禁绝民间宗教，弥勒佛、白莲社、明教等「一应左道异端之术」，均在禁绝之列，在民间流传几百年的明教，据说还给了朱元璋命名国号的灵感，就这样从明朝立国后，彻底消亡了。
朱元璋历史画像
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