1969年6月，在世界盃資格賽中，薩爾瓦多和洪都拉斯爭奪最後一席出線權。洪都拉斯隊主場先勝一局，薩爾瓦多球迷抱怨在洪都拉斯受到粗暴對待。第二局在薩爾瓦多舉行，薩爾瓦多隊贏。這次，薩爾瓦多球迷也對洪都拉斯人還以顏色。決勝局在墨西哥舉行，薩爾瓦多隊以3比2險勝。洪都拉斯隨後發生大面積毆打、驅逐薩爾瓦多移民和搶掠財產的暴力事件。6月27日，兩國宣佈斷交，雙方關係急速惡化
7月14日，薩爾瓦多空軍對洪都拉斯首都特古西加爾巴（Tegucigalpa）郊外的空軍基地進行轟炸，戰爭正式爆發，兩國空軍展開激烈的追逐戰。7月15日，洪都拉斯以轟炸伊羅班哥（Ilopango）的機場作為反擊，之後又轉而攻擊該國海邊的的儲油設施和煉油廠，從而打擊了薩爾瓦多的燃料補給。同日，薩爾瓦多派出12000多名地面部隊入侵洪都拉斯，並佔領若干邊境城鎮，以及泛美公路沿線。然而，受限於補給問題，薩爾瓦多軍隊攻入不久便被迫停止前進。
7月16日，薩爾瓦多空軍再度出擊，卻因機場航管不當，導致飛機擦撞，從而使機場運作停擺。同時，薩爾瓦多地面部隊得到補給，持續挺進。洪都拉斯則徵召1000多名退伍士兵組成榮譽衛隊營（Guardia de Honor Battalion），以運輸機載往前線抵抗薩爾瓦多軍隊，並以10架護航戰機騷擾敵軍。如此持續至薩軍佔領聖塔·羅莎·科潘（Santa Rosa de Copan）後，榮譽衛隊營才撤離。
7月17日，兩國空軍爆發空戰，薩軍慘敗，空軍戰力大減。同時，在陸戰方面，洪都拉斯也有斬獲，但受限於彈藥不足，沒能將薩爾瓦多軍隊趕出國境，因而使戰事陷入膠著。7月18日，薩爾瓦多開始在洪都拉斯境內展開小型游擊戰，以截斷洪都拉斯陸軍的後援。而薩爾瓦多也向鄰國收購戰機以重振空軍戰力，然而卻要五天後才能運抵國內。
1969年7月18日晚間，在美國與美洲國家組織施壓下，戰爭以停火協議收場，洪都拉斯軍並於當晚21:30停止前進，22:00撤離薩爾瓦多。而薩爾瓦多軍則到8月5日才退回國境。
1980年10月30日，兩國才簽署和約，從法律上結束了1969年的足球戰爭，將領土爭端交付國際法庭審理。
該戰經常被提及的是最後一次活塞式戰鬥機彼此交火的場面，雙方皆部署第二次世界大戰前的美國型號戰機。P-51野馬式戰鬥機、F4U海盜式戰鬥機、T-28 Trojan教練機以及C-47運輸機改裝成轟炸機以配合斬首行動。薩爾瓦多空軍由於裝備不佳，使他們必須以復古的方式用手將炸彈從窗口投出機外。
歷時 8 天的足球戰爭期間及戰後 , 兩國互相迫害對方僑民 , 雙方共死亡近 3000 人。
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