湖北省武漢市發生不明原因肺炎疫情後，國家衛健委立即派出國家工作組和專家組趕赴武漢，按照屬地管理原則，與湖北省、武漢市共同研究落實疫情防控措施。2020年1月1日，國家衛健委成立由主任馬曉偉為組長的疫情應對處置領導小組，會商分析疫情發展變化，研究部署防控策略措施，及時指導、支持湖北省和武漢市開展病例救治、疫情防控和應急處置等工作。
2020年1月8日，初步確認了新型冠狀病毒為此次疫情的病原。隨即，國家衛健委進一步加強部門聯動，研究共同加強疫情防控工作的具體舉措。召開全國衛生健康系統電視電話會議，對全國疫情防控工作進行全面部署。印發病例診療、防控方案（涵蓋監測、流調、密切接觸者管理、實驗室檢測等內容），在全國建立了“日報告、零報告”制度。下發新型冠狀病毒核酸檢測試劑盒，要求各地加強檢測，全力救治患者，及時發佈確診病例及疫情防控信息。
專家研判認為，當前疫情仍可防可控。但新型冠狀病毒傳染來源尚未找到，疫情傳播途徑尚未完全掌握，病毒變異仍需嚴密監控。
下一步，國家衛健委將加強部門協調聯動，嚴格落實疫情防擴散措施。繼續做好全國疫情防控工作，及時發現並有效處置疫情。組織開展好愛國衛生運動，加大環境衛生整治力度。繼續加強病毒溯源和變異監測工作，做好應對疫情變化的技術準備。
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