公元88年二月三十日，年僅十歲的劉肇即皇帝位，是為漢和帝。劉肇是漢章帝劉炟第四子，生母為梁貴人，後來過繼給皇后竇氏為繼子。因此，漢和帝繼位後第一件事就是尊竇氏為皇太后，由於皇帝年幼，竇太后臨朝聽政。
竇太后為了進一步掌控政權，她把自己的哥哥竇憲由虎賁中郎將提升為侍中，掌管朝廷機密，負責發佈誥命；又讓弟弟竇篤任虎賁中郎將，統領皇帝的侍衛;弟弟竇景、竇環均任中常侍，負責傳達詔令和統理文書。這樣，竇氏兄弟便都在漢和帝周圍的顯要地位，從而掌握了國家政治的中樞。
竇氏一族以竇憲為首，他們把攬朝政，佔據要津。一時間天下刺史、守令等官員多出其門。而朝中的大臣對竇氏稍有不滿，即被誅殺。竇氏一族侵凌平民，強奪財貨，篡取罪人，搶掠婦女。搞得京都商賈閉塞，如避寇仇。而主管官吏，噤若寒蟬，忍氣吞聲，不敢舉奏。
公元91年，竇氏一族當家人竇憲大破北匈奴，挾勝利之餘威，班師回朝。軍功日隆，權傾朝野的竇憲欲謀叛逆，廢漢自立。竇憲的黨羽鄧疊、鄧磊、郭舉、郭璜互相勾結，他們共同策劃準備殺害劉肇。
不過少年老成的漢和帝劉肇耳目眾多，早已暗中瞭解到他們的陰謀。但是漢和帝與內外臣僚無法親身接近，一同相處的只有宦官。漢和帝決定藉助宦官的勢力，誅殺外戚勢力。首先第一步就是尋找朝中的忠臣，漢和帝發現中常侍、鉤盾令鄭眾謹慎機敏而有心計，不諂事竇氏集團，便同他密謀，決定除掉竇憲。
第二步便是蒐集皇帝誅殺舅父的先例。當時清河王劉慶特別受到漢和帝劉肇的恩遇，經常進入宮廷，留下住宿。劉肇即將採取行動，想得《漢書·外戚傳》一閱。但他懼怕左右隨從之人，不敢讓他們去找，便命劉慶私下向千乘王劉伉借閱。
第三步是奪回兵權。公元92年六月二十三日，漢和帝劉肇突然臨幸北宮，一旨皇帝詔書，命令執金吾和北軍五校尉領兵備戰，駐守南宮和北宮，並且關閉城門。而這時候宦官集團得到兵權後，帶兵逮捕了鄧疊、鄧磊、郭舉、郭璜等竇氏一族的黨羽。
竇憲得知自己的黨羽被漢和帝下獄誅死，大為震驚，他想不到平時那個唯唯諾諾的侄子皇帝竟是個狠角色。竇憲失其黨羽，如斷左右臂，正當他躊躇之際，皇帝詔書來了。漢和帝下令收回竇憲的大將軍印信綬帶，將他改封為冠軍侯，並選派嚴苛幹練的封國宰相監督他。等到竇憲回到封地後，漢和帝又是一旨皇帝詔書，迫令其自殺。至此，漢和帝一舉掃平了外戚竇氏的勢力。
外戚實力瓦解後，漢和帝劉肇終於掌握了國家政權，他每日臨朝聽政，深夜批閱奏章，從不荒怠政事，故有"勞謙有終"之稱。劉肇當政時期，一連多次下詔賑濟災民 、減免賦稅 、安置流民 、勿違農時 ，並多次下詔納賢，在法制上也主張寬刑，並在西域復置西域都護 。
漢和帝十分體恤百姓疾苦，多次下詔理冤獄、恤鰥寡、矜孤弱、薄賦斂，告誡上下官吏反省造成天災人禍的自身原因。到了元興元年(105年)，漢朝墾田面積達732萬多頃，為東漢之最，戶籍人口達5325萬多人。劉肇親政期間東漢國力達到鼎盛，時人稱為"永元之隆"。
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