2000年高校合併潮絕對是影響國內高校格局的一件大事，當時國內有2/3以上的高校都經歷了拆分與合併。而高校合併潮前後，一些大學經過合併後實力顯著提升，而另外一些高校雖經歷了合併，但因為各種各樣的原因，實力並未有顯著提升。其中，39所985高校，有25所有過合併歷史。39所985高校裡有25所高校都有過合併歷史，有的合併了2所高校，有的合併了3所高校，還有的合併了4所，5所，6所，不過，最多的是7所，西北農林科技大學合併了7所高校或科研所。
浙江大學
浙大合併無疑是最成功的。浙大是由浙江大學，浙江農業大學，浙江醫科大學，杭州大學4所大學合併而成，短期內浙大位居第三，僅次於清華北大。遺憾是從此浙江省就只有浙大一所211，省內高校之間差距拉大，所以有了一種說法，浙江省內高校分兩類，一類是浙江大學，另一類是其他。
“雙一流”建設學科名單：化學、生物學、生態學、機械工程、光學工程、材料科學與工程、電氣工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、農業工程、環境科學與工程、軟件工程、園藝學、植物保護、基礎醫學、藥學、管理科學與工程、農林經濟管理。
南開大學
1994年，天津對外貿易學院併入南開大學。 1995年12月，南開大學成為首批列入國家“211工程”重點建設的15所大學之一。2000年12月25日，教育部和天津市人民政府簽署重點共建南開大學協議，南開大學進入首批國家“985工程”重點建設行列。2010年5月14日，中國旅遊管理幹部學院整建制劃轉南開大學。
天津對外貿易學院在學科資源上頗具特色，它所開設的專業如國際企業管理、外貿外語等，務實性較強。合併後，南開大學應用型專業增強，更加多元化。2010年，中國旅遊管理幹部學院整建制劃轉南開大學工作全面完成，正式掛牌成立南開大學旅遊與服務學院。
“雙一流”建設學科名單：世界史、數學、化學、統計學、材料科學與工程。
武漢大學
2000年8月2日，武漢大學與其周邊的武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學、湖北醫科大學合併組建新的武漢大學。
武漢大學在合併的進程中合併了湖北醫科大學，另外合併了在各自行業裡處於領頭羊地位的院校， 武漢水利電力學院是當時中國水利電力行業專業最齊全、規模最大、綜合能力最強的大學，合併後的武大在各大榜單穩居前列，可謂是非常成功的合併了。
“雙一流”建設學科名單：理論經濟學、法學、馬克思主義理論、化學、地球物理學、生物學、測繪科學與技術、礦業工程、口腔醫學、圖書情報與檔案管理
上海交通大學
上海交通大學=上海交通大學+上海第二醫科大學+上海農學院+中歐國際商學院(劃歸管理)
2005年，上海交通大學和上海第二醫科大學的合併，可謂是強強聯合。
“雙一流”建設學科名單：
數學、化學、生物學、機械工程、材料科學與工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、土木工程、化學工程與技術、船舶與海洋工程、基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、藥學、電子電氣工程、商業與管理。
四川大學/山東大學/吉林大學
之所以把這三所大學拿出來放一塊，因為三校比較類似，學科全，招生多，規模大。被稱為“山川吉”。
四川大學合併華西醫科大學、成都科技大學。
山東大學合併了山東工業大學和山東醫科大學。
四川大學合併華西醫科大學後，四川大學實現在醫學上尤其是口腔方面的領先。
吉林大學經歷了5校合併：吉林大學+白求恩醫科大學+長春科技大學+吉林工業大學+長春郵電學院+解放軍軍需大學。
吉林大學合併的白求恩醫科大學是多年的“老牌子”。吉林大學的車輛工程是中國目前僅有的兩所完整的汽車學院，另一所是清華大學的，據說院長還是從吉大挖過去的 。吉大車輛工程專業是中國汽車製造業的搖籃，也是長春一汽的後備軍，目前擁有汽車相關的國家重點實驗室2個。
四川大學“雙一流”建設學科名單：數學、化學、材料科學與工程、基礎醫學、口腔醫學、護理學；
山東大學“雙一流”建設學科名單：數學、化學；
吉林大學“雙一流”建設學科名單：考古學、數學、物理學、化學、材料科學與工程。
華中科技大學
2000年5月26日，原同濟醫科大學、武漢城市建設學院與華中理工大學合併，組建華中科技大學。
華中科技大學是又一個合併後迅速成長壯大領先的大學，醫、工強校，合併功不可沒。
華中科技大學“雙一流”建設學科名單：機械工程、光學工程、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、計算機科學與技術、基礎醫學、公共衛生與預防醫學。
西安交通大學
2000年4月，經國務院批准，原衛生部所屬西安醫科大學、中國人民銀行所屬陝西財經學院與西安交通大學合併組建新的西安交通大學。合併後，通過學科和隊伍的建設與重組，發揮出新的優勢。
西安交通大學“雙一流”建設學科名單：力學、機械工程、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、信息與通信工程、管理科學與工程、工商管理。
中南大學
2000年4月，在國家高等學校重新佈局結構調整中由中南工業大學、湖南醫科大學與長沙鐵道學院三校合併組建中南大學。
中南大學特色是冶金礦業類，合併的後，綜合能力更強，學科涉及面更廣，發展更平衡，可謂是實力爆棚，綜合實力在全國高校中排名前二十，專業也不再是冷門的冶金方面的專業。
中南大學“雙一流”建設學科名單：數學、材料科學與工程、冶金工程、礦業工程。
其他高校簡述
上文重點介紹的這10所985大學的合併，基本都是很成功的，合併後學校實力大為增強，競爭力也增加。類似上面的合併高校還有很多例如：
北京大學＝北京大學＋北京醫科大學
清華大學＝清華大學＋中央工藝美術學院＋中國人民銀行研究生院（現“五道口金融學院”）。北京協和醫學院與清華大學部分專業合作辦學，兩校及其院系互不隸屬。協和醫學院臨床醫學專業由清華大學負責招生。
復旦大學＝復旦大學＋上海醫科大學；
中國科學技術大學＝中國科學技術大學＋合肥經濟技術學院；
東北大學＝東北大學＋瀋陽黃金學院；
中山大學＝中山大學＋中山醫科大學；
中國農業大學=北京農業大學+北京農業工程大學；
東南大學＝東南大學＋南京鐵道醫學院＋南京交通高級專科學校＋南京地質學校；
同濟大學＝同濟大學＋上海鐵道大學＋上海城建學院＋上海建材學院＋上海航空工業學校；
華東師範大學＝華東師範大學＋上海幼兒師範高級專科學校＋上海教育學院＋上海第二教育學院＋上海市南林師範學校；
蘭州大學=蘭州大學+甘肅省草原生態研究所+蘭州醫學院；
另有11所高校在2000年兼併潮中未進行兼併
除了上面通過兼併的高校之外，還有11所高校是在2000年兼併潮中未進行兼併的，他們分別是中國人民大學、北京理工大學、北京航空航天大學、北京師範大學、南京大學、天津大學、大連理工大學、西北工業大學、華南理工大學和廈門大學，這些學校的實力也是十分強悍的。
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