內蒙古自治區地處中國北部，首府呼和浩特。地勢由東北向西南斜伸，呈狹長形，全區基本屬一個高原型的地貌區，涵蓋高原、山地、丘陵、平原、沙漠、河流、湖泊等地貌，氣候以溫帶大陸性氣候為主，地跨黃河、額爾古納河、嫩江、西遼河四大水系。內蒙古自治區從東到西分佈有大興安嶺原始林區和11片次生林區，以及長期建設形成的人工林區。內蒙古自治區境內自然資源豐富，蒐集到的種子植物和蕨類植物有2351種，獸類24科114種，鳥類51科365種。
我國自然保護區事業通過長期探索，逐步形成了具有中國特色的保護管理制度，可以簡單地概括為“分類分區分級分部門”管理制度。【分類】我國自然保護區一般按主要保護對象的不同分為生態系統、野生生物和自然遺蹟三大類別9種類型。【分級】按事權劃分原則，我國自然保護區分為4級：國家級、省（自治區、直轄市）級、市（自治州）級、縣（自治縣、旗、縣級市）級。【分區】在自然保護區內部按照主導功能性差異分為核心區、緩衝區和實驗區，分別對各功能區實施不同的管理政策。【分部門】我國自然保護區採用綜合管理與分部門管理相結合的管理體制。
數據禾（databox.store）根據內蒙古自治區環保廳、林業廳、農業廳、國土廳等部門發佈的自然保護區名錄，以及自然保護區功能區劃圖，收集截止2018年4月的內蒙古自治區自然保護區本底資料。在2000國家大地座標系（CGCS2000）下，基於高分辨率衛星影像，通過圖上同名點的地理匹配，以及經緯網格間的誤差計算，實現自然保護區功能區劃圖與衛星影像之間的地理配準。然後，對每個自然保護區的核心區、緩衝區及實驗區進行面狀要素矢量化。最後，對面狀要素進行拓撲檢查，修改合格後，完成內蒙古自治區國家級
自然保護區分佈數據的製作，共計29個國家級自然保護區。
（1）內蒙古大青山國家級自然保護區
內蒙古大青山自然保護區位於內蒙古自治區中西部包頭市、呼和浩特市至烏蘭察布市卓資縣以北的陰山山地，總面積為391890公頃。該保護區屬於森林生態系統類型自然保護區，主要保護對象為邊緣物種群落為代表的山地森林和瀕危珍稀物種等。
（2）內蒙古阿魯科爾沁國家級自然保護區
內蒙古阿魯科爾沁自然保護區位於內蒙古自治區赤峰市阿魯科爾沁旗境內，地處科爾沁沙地北緣，處於我國北方半乾旱農牧交錯區，是東亞遷徙鳥類南北遷徙的重要通道和驛站。保護區總面積13.7萬公頃，流動及半流動沙地面積為4.4萬公頃，約佔保護區總面積的32%，最典型的地貌是沙地草原，生態環境較為脆弱。該保護區屬於草原草甸類型自然保護區，主要保護對象為沙地草原、溼地生態系統及珍稀鳥類。
（3）內蒙古高格斯臺罕烏拉國家級自然保護區
內蒙古高格斯臺罕烏拉自然保護區位於內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗北部，以阿魯科爾沁旗罕山林場為主體，總面積106284公頃，其中核心區面積35594公頃。 該保護區屬於森林生態系統類型自然保護區，主要保護對象為：保護大興安嶺南麓山地典型的過渡帶森林-草原生態系統的完整性；保護西遼河源頭的重要溼地生態系統；保護棲息於該生態系統中的野生馬鹿（東北亞種）種群；保護國家重點保護鳥類大鴇、黑鸛及其它珍稀瀕危鳥類的繁殖地。
（4）內蒙古烏蘭壩國家級自然保護區
內蒙古烏蘭壩自然保護區地處大興安嶺南麓，位於巴林左旗北部的烏蘭壩林場和石棚溝林場境內，總面積為80878公頃。該保護區主要保護對象為西遼河源頭區的山地森林、溼地生態系統以及斑羚、馬鹿和黑鸛等珍稀動植物，屬於森林生態系統類型自然保護區。
（5）內蒙古賽罕烏拉國家級自然保護區
內蒙古賽罕烏拉自然保護區位於內蒙古赤峰市巴林右旗北部，總面積為10.04萬公頃。保護區始建於1997年，2000年晉升為國家級自然保護區。該保護區的主要保護對象為珍稀瀕危野生動植物及其賴以生存的森林、草原、溼地等多樣生態系統，屬於森林生態系統類型自然保護區。
（6）內蒙古白音敖包國家級自然保護區
內蒙古白音敖包自然保護區位於內蒙古赤峰市克什克騰旗西北部，總面積13862公頃，其中沙地雲杉林面積為1947公頃。該保護區主要保護對象是世界僅存的珍稀的沙地雲杉林生態系統。沙地雲杉林是世界上非常特殊的森林生態系統類型，是長期自然歷史發展和現代自然條件綜合作用下形成的特有樹種。
（7）內蒙古達裡諾爾國家級自然保護區
內蒙古達裡諾爾自然保護區位於內蒙古赤峰市克什克騰旗的西部，總面積119413.55公頃。該保護區是一個以保護珍稀鳥類及其賴以生存的湖泊、河流、沼澤型溼地，草原，林地、沙地等多樣性的生態系統和火山遺蹟、歷史文化古蹟為主的綜合性自然保護區。
（8）內蒙古黑裡河國家級自然保護區
內蒙古黑裡河自然保護區位於內蒙古自治區赤峰市寧城縣的西南部，燕山北麓的七老圖山脈，屬茅荊壩天然林區，總面積為27638公頃，森林覆蓋率達77.2%，核心區面積10088公頃。該保護區屬森林生態系統類型自然保護區，主要保護對象是以大面積天然油松林為代表的暖溫型針闊混交林生態系統及生物多樣性資源。
（9）內蒙古大黑山國家級自然保護區
內蒙古大黑山自然保護區位於內蒙古赤峰市敖漢旗東南，燕山山脈努魯爾虎山中東部，處於西遼河干流的教來河水系與大淩河水系的分水嶺地帶，是科爾沁沙地南侵的天然生態屏障，總面積57096公頃。保護區始建於1996年10月，2001年6月被批准為國家級自然保護區。該保護區是以保護草原、森林多種生態系統及野生動植物棲息地和西遼河水源涵養地為主要保護對象的丘陵山地綜合性自然保護區。
（10）內蒙古大青溝國家級自然保護區
內蒙古大青溝自然保護區位於科爾沁左翼後旗甘旗卡鎮大青溝林場，科爾沁草原西部。大青溝寬200多米，深50多米，全長約24公里，總面積8183公頃。大青溝保護區的主要保護對象為天然珍貴闊葉混交林和科爾沁沙地原生森林生態系統，屬於森林生態系統類型自然保護區。
（11）內蒙古特金罕山國家級自然保護區
內蒙古特金罕山自然保護區地處大興安嶺南麓，在內蒙古自治區通遼市扎魯特旗境內，南北長約48公里，東西寬約37公里，總面積91333公頃，核心區面積為30723公頃。該保護區是內蒙古自治區十一大片天然次生林區之一，是重要的水源涵養地和天然生態屏障，主要保護對象大鴇、金雕、棕熊、雪兔、黃羊馬鹿（國家二級保護動物）等珍稀瀕危動物及森林、草原、溼地生態系統。
（12）內蒙古鄂爾多斯遺鷗國家級自然保護區
內蒙古鄂爾多斯遺鷗自然保護區地處內蒙古鄂爾多斯市中部，位於東勝市和伊金霍洛旗境內，總面積為14770公頃，是遺鷗鄂爾多斯種群最集中的分佈區和最主要的繁殖地。保護區建立於1998年，2001年晉升為國家級自然保護區。該保護區屬於高原內陸溼地生態類型自然保護區，主要保護對象是遺鷗繁殖地及內陸湖泊。
（13）內蒙古鄂托克恐龍遺蹟化石國家級自然保護區
內蒙古鄂托克恐龍遺蹟化石自然保護區，地處鄂爾多斯高原西部，總面積46410公頃，其中核心區面積2647公頃。該保護區屬於古生物遺蹟類型自然保護區，主要保護對象為區內分佈廣泛的多種類型的恐龍足跡化石，以及恐龍骨骼化石等。
（14）內蒙古西鄂爾多斯國家級自然保護區
內蒙古西鄂爾多斯國家級自然保護區位於內蒙古自治區鄂托克旗西部和烏海市境內，1995年經內蒙古自治區人民政府批准建立，1997年晉升為國家級，總面積為436116.40公頃。該保護區主要保護對象為四合木、半日花等古老殘遺瀕危植物和荒漠生態系統，屬荒漠生態系統類型自然保護區。
（15）內蒙古畢拉河國家級自然保護區
內蒙古畢拉河自然保護區位於內蒙古自治區呼倫貝爾市鄂倫春自治旗諾敏鎮，屬於大興安嶺北段東麓的森林、灌叢向草原與農牧過度的嫩江流域。保護區總面積為56604公頃，其中核心區面積23009公頃。該保護區重點保護對象為森林沼澤、草本沼澤以及珍稀瀕危野生動植物等，屬於內陸溼地類型自然保護區。
（16）內蒙古紅花爾基樟子松林國家級自然保護區
內蒙古紅花爾基樟子松林自然保護區位於大興安嶺南段西坡，呼倫貝爾市鄂溫克旗的南端，坐落在紅花爾基林業局紅花爾基林場施業區內，總面積20085公頃。1998年保護區成立，2003年升級為國家級自然保護區。該保護區森林生態系統類型自然保護區，主要保護對象為沙地樟子松森林生態系統。
（17）內蒙古輝河國家級自然保護區
內蒙古輝河自然保護區位於內蒙古自治區呼倫貝爾市西南部，處在鄂溫克族自治旗行政區域內，總面積為3468.48平方公里。該保護區屬於內陸溼地類型自然保護區，主要保護對象為溼地、草原、森林生態系統及珍稀瀕危鳥類。
（18）內蒙古呼倫湖國家級自然保護區
內蒙古呼倫湖自然保護區位於內蒙古自治區呼倫貝爾市新巴爾虎右旗、新巴爾虎左旗、滿洲里市和扎賚諾爾區境內，總面積740000公頃。呼倫湖湖面最大面積233900公頃，蓄水量138.5億立方米，湖中水生生物資源極其豐富，也是東北亞鳥類遷徙的重要集散地，。該保護區屬於野生動物類型、溼地生態系統類型、草原生態系統類型的綜合型自然保護區，主要保護對象為湖泊溼地、草原及野生動物。
（19）內蒙古額爾古納國家級自然保護區
內蒙古額爾古納自然保護區位於內蒙古自治區呼倫貝爾市額爾古納市境內，地處大興安嶺西北坡，總面積124527公頃。保護區是大興安嶺北部山地歐亞針葉林區的縮影，主要保護對象為大興安嶺北部山地原始寒溫帶針葉林森林生態系統及棲息於該生態系統中的珍稀瀕危野生動植物物種與保護森林溼地與額爾古納河源頭溼地複合生態系統，屬森林生態系統類型的自然保護區。
（20）內蒙古大興安嶺汗馬國家級自然保護區
內蒙古大興安嶺汗馬自然保護區地處大興安嶺西北坡原始森林腹地，位於內蒙古自治區呼倫貝爾市根河市境內，總面積為107348公頃。保護區屬森林生態類型自然保護區，珍惜動植物眾多，主要保護對象為寒溫帶明亮針葉林及棲息於保護區中的野生動植物。
（21）內蒙古哈騰套海國家級自然保護區
內蒙古哈騰套海自然保護區位於內蒙古自治區巴彥淖爾市磴口縣西北部的烏蘭布和沙漠的東北緣，2005年7月晉升為國家級自然保護區，總面積為123600公頃。該保護區主要保護對象是荒漠植被生態系統和珍稀瀕危野生動植物及其生存環境，屬荒漠生態類型自然保護區。
（22）內蒙古烏拉特梭梭林－蒙古野驢國家級自然保護區
內蒙古烏拉特梭梭林蒙古野驢自然保護區位於內蒙古自治區巴彥淖爾市烏拉特中、後旗北部的中蒙邊境沿線，總面積13.18萬公頃。烏拉特保護區主要保護對象為以梭梭林和蒙古野驢為代表的珍稀瀕危野生動植物種群、原始古老的自然地貌、稀有多樣的荒漠物種以及極端脆弱的荒漠生態系統為，屬於“自然生態系統類”的“荒漠生態系統類型”的國家級自然保護區。
（23）內蒙古青山國家級自然保護區
內蒙古青山自然保護區位於內蒙古興安盟科爾沁右翼前旗西南部，地處大興安嶺中段東坡，處於我國大興安嶺—呂梁山—青藏高原東緣這一條森林與草原分佈的分界線上，嫩江二級支流歸流河的下游，總面積為26989 hm2。該保護區屬於森林生態系統類型自然保護區，主要保護對象為蒙古櫟林、黑樺林、紫椴林等典型物種。
（24）內蒙古科爾沁國家級自然保護區
內蒙古科爾沁自然保護區位於內蒙古自治區興安盟科爾沁右翼中旗的東部，總面積119587公頃，核心區面積為17807公頃。該保護區是一個以保護科爾沁草原、蒙古黃榆、西伯利亞山杏疏林景觀、鶴鸛類等珍禽及其棲息環境溼地為主的綜合性自然保護區。
（25）內蒙古圖牧吉國家級自然保護區
內蒙古圖牧吉自然保護區位於內蒙古自治區興安盟扎賚特旗的最南端，是大興安嶺山地與乾旱草原的過渡地帶。該保護區主要保護對象為大鴇、丹頂鶴、白鸛等珍稀鳥類及其賴以生存的草原和溼地生態系統，屬自然生態系統類別的“草原系統和內陸溼地生態系統”類型自然保護區。圖牧吉保護區是全國唯一以保護大鴇為主的保護區。
（26）內蒙古錫林郭勒草原國家級自然保護區
內蒙古錫林郭勒草原自然保護區位於內蒙古自治區錫林郭勒盟的錫林浩特市境內，總面積5800平方公里。該保護區是目前中國最大的草原與草甸生態系統類型的自然保護區，主要保護對象為草甸草原、典型草原、沙地疏林草原和河谷溼地生態系統，對野生動物、植物、菌類的多樣性，對瀕危物種實行特殊保護。
（27）內蒙古古日格斯臺國家級自然保護區
內蒙古古日格斯臺國家級自然保護區地處大興安嶺南部山地餘脈的西麓，位於錫林郭勒盟西烏珠穆沁旗巴拉嘎爾高勒鎮東南部55公里處，面積為98931公頃。該保護區屬於森林生態系統類型自然保護區，主要保護對象是大興安嶺南部山地北麓森林-草原生態系統及其所包容的物種多樣性。
（28）內蒙古賀蘭山國家級自然保護區
內蒙古賀蘭山自然保護區位於內蒙古自治區阿拉善左旗境內，東以山脊為界與賀蘭山國家級自然保護區毗鄰，總面積88500公頃，其中核心區面積20200公頃。賀蘭山作為西北地區一道生態屏障，是內蒙古西部最大的天然次生林區，阻隔了騰格裡沙漠的東移。該保護區主要保護對象為雲杉等野生動植物和乾旱、半乾旱區的山地森林生態系統。
（29）內蒙古額濟納胡楊林國家級自然保護區
內蒙古額濟納胡楊林自然保護區位於額濟納旗的中心位置—額濟納綠洲，總面積26253 公頃。該保護區屬野生植物類型自然保護區，主要保護對象是胡楊林植物群落、珍稀瀕危動植物物種、荒漠綠洲森林生態系統及其生物多樣性。
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