小皮院原名“真教寺 ”、“萬壽寺 ”，又因其在化覺巷清真大寺（也叫東大寺）以北，且規模較大，亦稱“北大寺"。據傳，小皮院清真寺興建於唐末，宋徽宗（大觀）丁亥年(1107年)，真教寺為長安京兆四坊舊有“清真寺”，是西安伊斯蘭教最早建築之一。據寺內原碑（已毀）和現存碑文記載，它以悠久的歷史和為穆斯林培養出大批有成就的宗教學者而著稱於世，並受到海內外人士的關注。至今，每逢禮拜時，八方信眾來此禮拜祈禱，朗朗誦經聲不絕於耳，宗教生活景象猶如當年。
小皮院清真北寺敕建於元仁宗皇慶元年即公元1312年。
據明太祖朱元璋洪武元年(1368年)歲次正月敕匾該寺(百字贊)和明萬曆三十九年至四十二年(1611—1614年)間重修寺碑記曰：“‘天方之一脈，肇於唐初，盛於大元，皇慶(仁宗)年間，以迄於今，歷千餘載。’為進士馬士騏撰，其新野回回人也”(見馬以愚《中國回教史鑑》100頁)。
二十世紀三十年代末，該寺曾遭侵華日寇飛機的轟炸，所幸炸彈為啞彈，大殿才免遭厄運。在上世紀六、七十年代的“十年浩劫”中，寺毀殆盡，寺內歷代牌匾30多面被毀，僅剩禮拜殿孑然危立。小皮院清真寺的牌匾在大殿立柱下有明太祖御製至聖“百字贊”的木質牌匾一幅，山門正中門楣和一進院二門內後簷上分別懸掛明禮部侍郎董其昌題寫的“開天古教”匾和“敕賜禮拜寺”匾，北廳房簷下懸掛清嘉慶年雲貴總督僧學謙題寫的“六來堂”匾，大殿門內上方懸掛“欽若吳天”牌匾，大殿門內北側上方懸掛“臨下有懾”匾，大殿簷下懸掛“道貫古今”、“三畏四毋”匾，均由秦隴復漢軍兵馬總都督張雲山題寫。清光緒26年，庚子之役，慈禧與光緒從北京逃至西安，次年返京前為西安小皮院清真寺等揮筆題匾，慈禧手書“派衍天方”，光緒皇帝手書“教崇西域”，大殿中閣門上懸掛慈禧手書龍頭“福”字匾。大殿左簷下懸掛民國29年國民政府行政院副院長白崇禧題寫的“興教建國”匾。
1980年以後，隨著國家民族宗教政策的落實，寺院回到坊民手中，1990年，大殿被列為省級重點文物保護單位。依據《中華人民共和國文物保護法》“保護文物，人人有責”的原則。為了使祖先遺留下來的這一珍貴遺產不在我們這一代人中毀掉，經寺管會研究決定，根據現殘存建築，全面恢復原有面貌。在政府有關部門大力協助下，廣大坊民慷慨解囊籌措資金，為修復寺院做出了不懈努力。從八十年代中期開始，歷時近二十年，終於使古老的清真寺煥然一新，重放光彩。
該寺是一座具有中國傳統宮殿建築藝術形式的伊斯蘭教寺院，佔地面積5986平方米，東西長146米，南北寬41米，總建築面積2032平方米，分四進院落。
小皮院清真寺建築古香古色，其風貌體現了我國古代勞動人民與阿拉伯民族在西安伊斯蘭建築上的藝術成就，與著名的北京牛街禮拜寺、廣州光塔寺、泉州麒麟寺、西安化覺巷清真大寺、西安大學習巷清真寺等齊名中華。在平面佈局以及建築風格的處理上，除按宗教上規定的要求外，總體呈現出中國古代宮殿建築形式，並吸收外來文化與地方特色相結合，是祖先為我們留下來的寶貴文化遺產，為研究中國伊斯蘭寺院的建築史提供了珍貴的歷史實物。
小皮院清真寺大門闊三間，坐南向北，歇山屋頂．九脊四面坡翼角單昂斗拱，山牆碼頭下部為石雕，上部為水磨磚雕，兩邊內牆磚雕凹壁，門兩邊各有大鼓石，前簷兩次問各置木柵欄，中置淨面門，上懸“清真北大寺”木匾，後簷屏風門，直菱窗。
西安小皮院 清真寺位於古城西安市中心的小皮院巷內，東鄰市政府大院(亦是明清陝西巡撫衙門所在地)。
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