菲律賓主要分呂宋、米沙鄢和棉蘭老島三大島群，共有大小島嶼7000多個，種族與文化為數眾多，融合了許多東西方的風俗習慣，史前的尼格利陀人可能是菲律賓最早的居民，隨後民族的遷徙陸續帶來了馬來文化、隨著宗教與貿易發展也帶來了印度文化、華夏文化和伊斯蘭文化。
因為，菲律賓與中國的華南地區隔海相望，所以，這個地方自古便是中國華人移居的主要目的地。
明朝初年，鄭和曾七下西洋，最遠時，到達了非洲東南岸。當時，明朝聲威所及，蘇祿及菲律賓的呂宋等國，都與中國保持著時斷時續的朝貢貿易往來。一直到十六世紀末，移居到菲律賓的華人數量越來越多。當時的明朝在部分地區放開了海禁，但是，那時侵佔菲律賓的西班牙，卻對人力和商品特別渴求。
所以，菲律賓華僑數量增多，使得明朝與西班牙產生了矛盾。
西班牙殖民者於1565年入侵菲律賓，並佔領了宿務島。1571年，他們攻佔了呂宋，建立了馬尼拉城。在西班牙殖民者對菲律賓初期的統治中，他們對菲律賓華僑採取的都是籠絡政策，這主要是因為：當時菲律賓貿易的發展，還要仰仗華人的貿易。
但是，後來隨著移民華僑在當地影響力的提升，殖民者與旅菲華僑的矛盾越來越大，並於1603年發動了大屠殺。1574年，曾活躍於福建一帶的武裝頭目林鳳，差點佔領了馬尼拉。這一情況，使得西班牙的殖民者對華僑勢力十分恐懼。1593年，西非當局總督率領軍隊征戰摩鹿加群島。
但是，因為強迫華僑給他當槳手，所以，引發了不滿。在回程的途中，旗艦上的華僑們努力反抗，最後，將船上的殖民者幾乎殺盡，隨後駕駛船隻離開了。在這件事情發生之後，馬尼拉當局極力煽動排擠華人的浪潮。所以，在這樣的背景下，1594年福建官員帶領著一支船隊，接回了3000多名華人。
可是，在1603年，菲律賓島上又出現了中國皇帝意圖佔領菲律賓以獲得黃金的傳聞。
這個消息是一名生活在呂宋的木匠傳出的，他說：“呂宋有一座山，山上金豆自生。”
當時，明朝的萬曆皇帝還真的相信了，並派福建當地的官員前去調查。西班牙殖民者本來就對中國十分忌憚，加之菲律賓的華僑又非常多，因此，便懷疑中國有“開疆擴土”的野心。所以，在這件事情的影響下，不僅當地的排華情緒愈加嚴重，還使得西班牙殖民者屠殺當地華僑的意圖更加明顯。
在1603年10月，菲律賓的華僑率先起義。因為，他們缺少必要的武器和作戰經驗，所以，這場起義只維持了短短41天。但這場起義，後來卻演變成了一場令人心驚膽寒的大屠殺。因為，西非當局的煽動行為，導致很多日僑和土著勢力都參與到了這次大屠殺之中。
據後來統計，這場臭名昭著的大屠殺，至少造成了2萬華僑死亡，這其中，下手最狠的就是日本華僑。
華僑被大肆屠殺的惡果，不僅使菲律賓經濟快速惡化，還使得西非當局的財政狀況出現了入不敷出的情況，有時還需要通過借貸度日。菲律賓的西班牙殖民者，非常擔心中國的貿易商船不會再來，並波及遠在千里之外的美洲地區。當然，他們心裡更大的恐懼是明朝廷的報復。
西非當局害怕這種情況發生，便開始加急備戰，但奈何軍隊士氣不高，口糧也極度匱乏。在這樣狼狽的情況下，西班牙殖民者只能膽戰心驚的等待著，使整個馬尼拉都陷入到了一個絕望的氣氛之中。1604年，一些富豪因為對馬尼拉的前途抱有十分悲觀的態度，所以，舉家移民到了墨西哥。
當時，西非當局總督為了打消明廷的報復，可謂是用盡了方法。
他一方面在菲律賓當地做一些假意的悔改行為，諸如：將華僑的財產予以歸還，並唆使大屠殺的倖存者給中國寫信，以證明其“清白”；另一方面則派特使攜帶給廣東，以及福建等地巡撫的信函，並於1603年12月前往澳門，趁機刺探明廷是否有進攻的打算。
當時，他們考慮到居住在澳門的那些葡萄牙人對明廷比較瞭解，於是，西非當局總督就寫了幾封詳細敘述當地華僑起義事件的信件發給了澳門的司令官，以及主教等在政務上有較大發言權力的傳教士等。但是，因為他們一行人在前往澳門的時候遭遇風暴，所以，只能於2月份折返回馬尼拉。
可不肯放棄的西班牙殖民者，又於同年二月份再次前往澳門，希望能通過葡萄牙人將這些信函交予明朝皇帝。但是，當時的葡萄牙人，為了打擊西班牙這個在貿易上的競爭對手，便沒有將信函交給中國。
當時，這些西非當局的代表人員到達澳門的時候，消息也傳到了漳州等地。
那時，經常來漳州以及馬尼拉之間往返的中國富商，便特意到澳門與其見面，當面答應將信函交給中國官員，並想辦法動員華僑商人繼續貿易。這一行人還在澳門知道了明朝政府已然知曉了整個屠殺事件，但是，全國上下卻十分平靜，並沒有任何集結軍隊攻打馬尼拉的表現。
在得到這個情報後，這些西班牙殖民者就購買了一些軍事物資，於5月再次回到了馬尼拉。這些從澳門回來的西班牙殖民者，自然是帶回了中國方面沒有攻打跡象的消息，使得西非當局聽到後恐懼減少了許多。但是，到了1605年，西班牙殖民者以為會回來的華僑船隻，卻一直不見蹤影。
此時，從澳門傳來的消息，更令其恐慌不已，有消息稱：“明廷已經在集結軍隊，並準備前往菲律賓興師問罪。”一時之間，西班牙人又變得驚懼不已。但是，當時的實際情況，卻是明朝統治者雖然知曉了真相，可是，因為他們一向都將華僑群體視為賤民，所以，只寫了一份《諭呂宋檄》：
“議照呂宋通商一節，原因漳、泉濱海居民鮮有可耕之地，航海商、漁乃其生業；往往多至越販諸番，以窺厚利。一行嚴禁，輒便勾倭內訌；嘉靖季年，地方曾受蹂躪之慘。維時當事議以呂宋素不為中國患者，題奉欽依許販東、西二洋；華夷相安，亦有年矣......”
這封信並於1605年6月初交由中國商船中的一名船主，命其交給菲律賓總督、馬尼拉的大主教以及最高法院。
檄文中沒有對西非當局的屠殺行為進行追究，並且，說明：只要西班牙殖民者保證這些華僑往之後的生命財產安全，還宣佈對西非當局“不忍加誅”。另外，檄文中還說：西班牙當局應該時刻想著皇帝的浩蕩之恩，以及中國的仁義，卻並沒有絲毫譴責其行為的內容。
當時，明廷沒有出兵討伐，其實，與現實條件有著很大的關係。在西班牙殖民者隨意屠殺華人的時候，明朝經歷了三次大規模的戰爭：西北的寧夏地區，西南的播州地區，以及從1592年與日本在朝鮮地區進行的長達7年的戰爭。明朝在這三場大戰雖然都獲得了勝利，但國家的財政和軍事損耗卻非常巨大。
明朝的不作為以及縱容，使得西班牙殖民者對當地華僑的欺壓更加猖狂，但是，那些深陷絕境的華僑們，卻並沒有就此低頭。在1639年，華僑們再次發動起義，並堅持了將近4個多月。這一次的殖民者殺紅了眼，不計其數的華僑死在了西班牙殖民者的刀下。
在知曉菲律賓華僑如此悲慘的處境後，1657年，一直堅持抗清的明朝將領鄭成功，給爪哇島巴達維亞的一名華僑寫了信，並要求：立刻停止同西非當局的貿易往來。他還表明了自己要率兵攻打菲律賓的決心，且發誓要對西非當局進行懲罰。
1662年，鄭成功成功收復臺灣，不僅派人向菲律賓當局致函，譴責其慘無人道的屠殺華僑罪行，還命令其改過自新。然而，這次西班牙人卻對中國的威脅有恃無恐，他們屠殺華人的行為更加猖狂。
鄭成功在聽到這個消息後，一邊安撫那些已經逃到臺灣的華僑，一邊則緊鑼密鼓的籌備軍隊，於是，菲律賓再次出現了風聲鶴唳的局面。
當時，荷蘭人也一直威脅著西班牙人在菲律賓的地位，而島上又不斷髮生菲律賓人反抗西班牙的起義，所以，那時的西班牙殖民者感到繼續統治無望，便準備隨時撤出菲律賓。但是，還沒等到鄭成功出兵菲律賓，國內就出現了內亂，而且，鄭成功也於不久後病逝。
當時，其子鄭經代替父親管理臺灣，並繼續同西非當局交涉。據說，鄭經曾兩次準備前往菲律賓征討，但最後，卻因為各種原因未能成功出兵。西班牙殖民者肆意屠殺華僑，本來擔心明朝會報復，但是，當時的萬曆皇帝，卻對此無動於衷。這種縱容的態度，使得西班牙人的殘暴行為，更加變本加厲。
雖然，鄭成功父子曾先後多次準備出兵征戰菲律賓，但最後，卻因為各種原因未能實現，實屬遺憾。
【《清史稿·卷二百二十四·列傳十一》、《菲律賓華僑史》、《漳郡志》】
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