菲律宾主要分吕宋、米沙鄢和棉兰老岛三大岛群，共有大小岛屿7000多个，种族与文化为数众多，融合了许多东西方的风俗习惯，史前的尼格利陀人可能是菲律宾最早的居民，随后民族的迁徙陆续带来了马来文化、随着宗教与贸易发展也带来了印度文化、华夏文化和伊斯兰文化。
因为，菲律宾与中国的华南地区隔海相望，所以，这个地方自古便是中国华人移居的主要目的地。
明朝初年，郑和曾七下西洋，最远时，到达了非洲东南岸。当时，明朝声威所及，苏禄及菲律宾的吕宋等国，都与中国保持着时断时续的朝贡贸易往来。一直到十六世纪末，移居到菲律宾的华人数量越来越多。当时的明朝在部分地区放开了海禁，但是，那时侵占菲律宾的西班牙，却对人力和商品特别渴求。
所以，菲律宾华侨数量增多，使得明朝与西班牙产生了矛盾。
西班牙殖民者于1565年入侵菲律宾，并占领了宿务岛。1571年，他们攻占了吕宋，建立了马尼拉城。在西班牙殖民者对菲律宾初期的统治中，他们对菲律宾华侨采取的都是笼络政策，这主要是因为：当时菲律宾贸易的发展，还要仰仗华人的贸易。
但是，后来随着移民华侨在当地影响力的提升，殖民者与旅菲华侨的矛盾越来越大，并于1603年发动了大屠杀。1574年，曾活跃于福建一带的武装头目林凤，差点占领了马尼拉。这一情况，使得西班牙的殖民者对华侨势力十分恐惧。1593年，西非当局总督率领军队征战摩鹿加群岛。
但是，因为强迫华侨给他当桨手，所以，引发了不满。在回程的途中，旗舰上的华侨们努力反抗，最后，将船上的殖民者几乎杀尽，随后驾驶船只离开了。在这件事情发生之后，马尼拉当局极力煽动排挤华人的浪潮。所以，在这样的背景下，1594年福建官员带领着一支船队，接回了3000多名华人。
可是，在1603年，菲律宾岛上又出现了中国皇帝意图占领菲律宾以获得黄金的传闻。
这个消息是一名生活在吕宋的木匠传出的，他说：“吕宋有一座山，山上金豆自生。”
当时，明朝的万历皇帝还真的相信了，并派福建当地的官员前去调查。西班牙殖民者本来就对中国十分忌惮，加之菲律宾的华侨又非常多，因此，便怀疑中国有“开疆扩土”的野心。所以，在这件事情的影响下，不仅当地的排华情绪愈加严重，还使得西班牙殖民者屠杀当地华侨的意图更加明显。
在1603年10月，菲律宾的华侨率先起义。因为，他们缺少必要的武器和作战经验，所以，这场起义只维持了短短41天。但这场起义，后来却演变成了一场令人心惊胆寒的大屠杀。因为，西非当局的煽动行为，导致很多日侨和土著势力都参与到了这次大屠杀之中。
据后来统计，这场臭名昭著的大屠杀，至少造成了2万华侨死亡，这其中，下手最狠的就是日本华侨。
华侨被大肆屠杀的恶果，不仅使菲律宾经济快速恶化，还使得西非当局的财政状况出现了入不敷出的情况，有时还需要通过借贷度日。菲律宾的西班牙殖民者，非常担心中国的贸易商船不会再来，并波及远在千里之外的美洲地区。当然，他们心里更大的恐惧是明朝廷的报复。
西非当局害怕这种情况发生，便开始加急备战，但奈何军队士气不高，口粮也极度匮乏。在这样狼狈的情况下，西班牙殖民者只能胆战心惊的等待着，使整个马尼拉都陷入到了一个绝望的气氛之中。1604年，一些富豪因为对马尼拉的前途抱有十分悲观的态度，所以，举家移民到了墨西哥。
当时，西非当局总督为了打消明廷的报复，可谓是用尽了方法。
他一方面在菲律宾当地做一些假意的悔改行为，诸如：将华侨的财产予以归还，并唆使大屠杀的幸存者给中国写信，以证明其“清白”；另一方面则派特使携带给广东，以及福建等地巡抚的信函，并于1603年12月前往澳门，趁机刺探明廷是否有进攻的打算。
当时，他们考虑到居住在澳门的那些葡萄牙人对明廷比较了解，于是，西非当局总督就写了几封详细叙述当地华侨起义事件的信件发给了澳门的司令官，以及主教等在政务上有较大发言权力的传教士等。但是，因为他们一行人在前往澳门的时候遭遇风暴，所以，只能于2月份折返回马尼拉。
可不肯放弃的西班牙殖民者，又于同年二月份再次前往澳门，希望能通过葡萄牙人将这些信函交予明朝皇帝。但是，当时的葡萄牙人，为了打击西班牙这个在贸易上的竞争对手，便没有将信函交给中国。
当时，这些西非当局的代表人员到达澳门的时候，消息也传到了漳州等地。
那时，经常来漳州以及马尼拉之间往返的中国富商，便特意到澳门与其见面，当面答应将信函交给中国官员，并想办法动员华侨商人继续贸易。这一行人还在澳门知道了明朝政府已然知晓了整个屠杀事件，但是，全国上下却十分平静，并没有任何集结军队攻打马尼拉的表现。
在得到这个情报后，这些西班牙殖民者就购买了一些军事物资，于5月再次回到了马尼拉。这些从澳门回来的西班牙殖民者，自然是带回了中国方面没有攻打迹象的消息，使得西非当局听到后恐惧减少了许多。但是，到了1605年，西班牙殖民者以为会回来的华侨船只，却一直不见踪影。
此时，从澳门传来的消息，更令其恐慌不已，有消息称：“明廷已经在集结军队，并准备前往菲律宾兴师问罪。”一时之间，西班牙人又变得惊惧不已。但是，当时的实际情况，却是明朝统治者虽然知晓了真相，可是，因为他们一向都将华侨群体视为贱民，所以，只写了一份《谕吕宋檄》：
“议照吕宋通商一节，原因漳、泉濱海居民鮮有可耕之地，航海商、漁乃其生业；往往多至越贩诸番，以窥厚利。一行严禁，辄便勾倭内讧；嘉靖季年，地方曾受蹂躪之慘。维時当事议以呂宋素不为中國患者，題奉钦依许贩东、西二洋；华夷相安，亦有年矣......”
这封信并于1605年6月初交由中国商船中的一名船主，命其交给菲律宾总督、马尼拉的大主教以及最高法院。
檄文中没有对西非当局的屠杀行为进行追究，并且，说明：只要西班牙殖民者保证这些华侨往之后的生命财产安全，还宣布对西非当局“不忍加诛”。另外，檄文中还说：西班牙当局应该时刻想着皇帝的浩荡之恩，以及中国的仁义，却并没有丝毫谴责其行为的内容。
当时，明廷没有出兵讨伐，其实，与现实条件有着很大的关系。在西班牙殖民者随意屠杀华人的时候，明朝经历了三次大规模的战争：西北的宁夏地区，西南的播州地区，以及从1592年与日本在朝鲜地区进行的长达7年的战争。明朝在这三场大战虽然都获得了胜利，但国家的财政和军事损耗却非常巨大。
明朝的不作为以及纵容，使得西班牙殖民者对当地华侨的欺压更加猖狂，但是，那些深陷绝境的华侨们，却并没有就此低头。在1639年，华侨们再次发动起义，并坚持了将近4个多月。这一次的殖民者杀红了眼，不计其数的华侨死在了西班牙殖民者的刀下。
在知晓菲律宾华侨如此悲惨的处境后，1657年，一直坚持抗清的明朝将领郑成功，给爪哇岛巴达维亚的一名华侨写了信，并要求：立刻停止同西非当局的贸易往来。他还表明了自己要率兵攻打菲律宾的决心，且发誓要对西非当局进行惩罚。
1662年，郑成功成功收复台湾，不仅派人向菲律宾当局致函，谴责其惨无人道的屠杀华侨罪行，还命令其改过自新。然而，这次西班牙人却对中国的威胁有恃无恐，他们屠杀华人的行为更加猖狂。
郑成功在听到这个消息后，一边安抚那些已经逃到台湾的华侨，一边则紧锣密鼓的筹备军队，于是，菲律宾再次出现了风声鹤唳的局面。
当时，荷兰人也一直威胁着西班牙人在菲律宾的地位，而岛上又不断发生菲律宾人反抗西班牙的起义，所以，那时的西班牙殖民者感到继续统治无望，便准备随时撤出菲律宾。但是，还没等到郑成功出兵菲律宾，国内就出现了内乱，而且，郑成功也于不久后病逝。
当时，其子郑经代替父亲管理台湾，并继续同西非当局交涉。据说，郑经曾两次准备前往菲律宾征讨，但最后，却因为各种原因未能成功出兵。西班牙殖民者肆意屠杀华侨，本来担心明朝会报复，但是，当时的万历皇帝，却对此无动于衷。这种纵容的态度，使得西班牙人的残暴行为，更加变本加厉。
虽然，郑成功父子曾先后多次准备出兵征战菲律宾，但最后，却因为各种原因未能实现，实属遗憾。
【《清史稿·卷二百二十四·列传十一》、《菲律宾华侨史》、《漳郡志》】
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