二戰結束後，遠東軍事法庭於1946年5月3日開庭，美國的檢察總長助理基南擔任首席檢察官，對戰爭罪行的起訴上溯到滿洲事變。基南在12月發表談話時明確表示：
“審判將以公平和正義為尺度，目的是使今天發生的事情在歷史和未來不再重演。這是一次文明的審判。”
法庭由英、美、中、蘇等11國代表組成。澳大利亞的韋伯被任命為審判長。判決由出席審判的法官投票表決，判決結果要以多數票為基準。但是，儘管遠東軍事法庭一再標榜“公正”，歸根到底判決都是按照麥克阿瑟將軍(即美國)的意志做出的，作為總司令，麥克阿瑟可以改變或減輕法庭的判刑。因此，從一開始法庭就根據將軍的意志將日本天皇排除在外，沒有追究其戰爭責任。
此外，在日本投降的地區，如中國、蘇聯、英國和荷蘭等地也設立了法庭，與東京審判同時進行。日本國內橫濱等地也進行了同樣的審判。
關於東京審判，美國辯護律師卡寧甘曾批評說：“東京審判僅僅是一種軍事審判，不過是宣傳日本人由於錯誤領導而遭遇不幸的一出鬧劇。”
然而。日本國民在過去的很多年裡並不瞭解日本侵略中國大陸並犯下殘暴罪行的真實情況，因此，當這些戰爭罪行在法庭上一一被揭露出來時，日本人民受到了很大觸動。東京審判仍是有一定意義的。
1948年11月4日至12日，審判長韋伯宣佈了法庭對日本戰犯的判決。法庭判處25名被告有罪，其中，東條英機、土肥原賢二、板垣徵四郎、木村兵太郎、松井石根、武藤章等陸軍軍人被判處絞刑，文官中只有廣田弘毅作為南京大屠殺事件的責任者而被處以絞刑。此外，被判處終身監禁的有文官木戶幸一、平沼騏一郎、賀屋興宣、白鳥敏夫、星野直鈉，武官島田繁太郎、大島浩、荒木貞夫、小磯國昭、畑俊六、梅津美治郎、南次郎、鈴木貞一、佐藤賢了、橋本欣五郎和崗敬純等。外務大臣東鄉茂德和重光葵被分別判處有期徒刑20年和7年。
但盟軍總司令部1948年11月24日突然釋放了19名甲級戰犯，其中包括岸信介等東條內閣時的閣僚。幾年後，被判處終身監禁以下徒刑的木戶幸一等18名戰犯也被釋放。結果只有被判處死刑的7人為滿洲事變、侵華戰爭和太平洋戰爭承擔罪責。佔領軍撤走後，這些被釋放者立即得到解除開除公職處分的照顧。又重新活躍在日本的政界、財界和與論界。其中岸信介居然當上了首相。
早在《波茨坦公告》發佈之前，美、英、中三國既已決定在日本投降時保留天皇，目的是利用昭和天皇。因此，東京審判將最大的戰犯昭和天皇排除在外，只能說明這次審判是一場走形式的鬧劇。
在天皇地位問題上，儘管各國與論界要求絞死天皇的呼聲越來越高，但盟軍仍決定保留天皇。為了使法庭不致傳訊天皇，麥克阿瑟將軍和基南檢察官費了許多心機。
麥克阿瑟將軍圖
實現媾和後擔任鳩山內閣外務大臣的重光葵曾在美國會見過麥克阿瑟將軍，當時將軍對他說：
“是我救了天皇的命。當時世界輿論普遍認為，天皇是日本發動侵略戰爭的最高負責人，國際法庭理應判處他絞刑。但是，我認為如果將天皇推上較刑架，日本的工人、學生和人民群眾就會得勢，要求徹底實現人民主權的民主，這樣，佔領軍將無法控制日本。倒不如救天皇一命，讓天皇同佔領軍合作，這更利於推行佔領政策。基於上述判斷我極力主張保留天皇，從而拯救了天皇。”
這段話也許屬實。這是將軍的意見，也是英美政府的一致看法。麥克阿瑟的心腹、檢祭官基南也極力替天皇開脫罪責，他說：“天皇不具有美國所定義的那種犯罪意圖。法庭調查結果表明，天皇已被列為調查對象的第14屆內閣毫無關係。”
合眾社記者霍布賴特在報道中指出：“將天皇排除在審判之外是盟國出於政治上的考慮而作出的決定。對這個決定斯大林也違心地表示同意。”另據記者裡奇報道，基南也曾說：“美、英、中、蘇四國首腦早在1945年11月下詢即已商定不把天皇列為戰犯而提請公訴。我和其他檢察官來日本之前看過這個決定。”
當然，麥克阿瑟將軍和基南的真正想法並不是天皇在法律上和道義上都沒有戰爭責任，他們的主張完全出於功利主義考慮。他們認為，在日本投降問題上已在政治上利用了天皇，在美軍佔領日本後仍可在政治上繼續利用天皇，在美蘇進入冷戰狀態後，保留天皇更有助於防止共產主義勢力的蔓延。
審判長韋伯在審問東條之前這一關鍵時刻被臨時召回澳大利亞，美國的克雷瑪法官接替審判長職位，這樣，基南便隨心所欲地操縱了審判。這樣做是因為韋伯堅信天皇應對戰爭負責。因此，在天皇戰爭罪責問題上，軍事法庭的審判只不過是檢察官與被告之間精心演排的一出抽劣的醜劇而已。1948年11月，法院審判結束後，韋伯發表了他個人的看法，表達了對美國的不滿。他說：
“天皇掌握著日本的軍政大權，在天皇促使戰爭結束問題上，這一點暴露無遺。同樣，天皇在開戰時也明顯發揮了作用，檢察官方面有明確的證據證明這一點。但檢察官方面卻明確表示不對天皇提起公訴。發動戰爭需經天皇批准。如果天皇不希望戰爭，理應不予批准。即使天皇是根據臣下的建議採取行動的，也是因為他認為這樣做對。總而言之，即便是立憲制君主，採納大臣的建議而觸犯國際法，其罪過也是不能寬恕的。”
在指出天皇負有戰爭責任的同時，韋伯還說：“對天皇免於起訴，這一決定無疑是為了盟國的最高利益。”當時美國國內有些主流報紙也反映了美國一般民眾忿忿不平的心情，這些報道文章稱：“法庭被告席上明顯有一人缺席，這個人就是天皇。”由於盟國想利用昭和天皇，所以才使天皇得救。
韋伯在寄給《天皇的陰謀》一書作者的一封信中說：“既然不將天皇處罪，所有戰犯都不該處死刑，我對作者的這一觀點抱有同感。”其實，被處死刑的7名戰犯不過是天皇的忠實僕人。東條英機曾在最初出庭受審時說：“日本國臣民根本不會違背天皇的意志行事，日本政府和日本國高官則更不會。”而後又改口說責任全在他自己。因為木戶等人在獄中以改善東條家屬生活狀況為條件說服了東條。最大的惡人、最大的戰犯天皇就是通過上述途徑得救的。東條等人直至最後都是天皇的忠臣。
昭和天皇圖
戰後，天皇在接見記者時仍為東條等戰前的軍國主義者(甲級戰犯、被處死刑者)辯護。因為天皇心裡清楚，他們都是天皇的忠臣。他們代天皇受過、承擔了戰爭罪責。
美·戴維·伯格米尼《日本天皇的陰謀》
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