現在，提起《山海經》，人們首先想到的是書中記載的那些形形色色的怪物，如人首蛇身的燭龍、九個腦袋的相柳、九條尾巴的狐狸、六足四翼混沌無面目的帝江等等，在一般人的心目中，《山海經》無疑是一本充滿胡言亂語、籠罩著神秘光環的怪物志、妖獸譜，沒人把它當正經書看待。
但是，與其光怪陸離、匪夷所思的內容形成鮮明對比的是，《山海經》這本書的形式卻又極為嚴謹刻板，極富條理性，尤其是其中的《山經》部分。《山經》按照山脈的走向，依次記載了數百座山的位置、名稱，這些山顯然是實有的山，而非出於杜撰。對於每一座山，又一一記載這座山上生長著什麼樣的草木，棲息著什麼樣的鳥獸，埋藏著什麼樣的金石礦藏。不僅如此，它還對這些草木、鳥獸、金石的形態和功用一一加以說明：對於每一種植物，說明它開什麼樣的花，結什麼樣的果，長什麼樣的葉子，叫什麼名字，有什麼樣的藥效；對於每一種動物，則對其腦袋、身體、尾巴、腳爪、叫聲等等一一加以描述，還說明它可以用來治什麼病……整部書，記述有條不紊、頭頭是道，根本不像是胡編亂造的怪物志或東拼西湊的異聞錄，而更像是一部精心組織的旨在記載各種自然資源的山川博物志。
人類生活離不開大地上的各種資源，草木鳥獸、金石礦物皆為生活日用所必需，所以人類肯定很早就對其居住的土地上各種資源進行觀察和記錄了，因此，就有了全面記錄自然現象和自然資源的博物志。要說明《山海經》的博物志性質，我們不妨把《山海經》的內容分門別類，並與一些早期的博物志著作比較一下。
晉代張華（232-300）的《博物志》，是中國歷史上第一本以“博物志”命名的書，按其目錄，其內容包括地、山、水、五方人民、物產、外國、異人、異俗、異產（異物）、異獸、異鳥、異魚、異草木、物性、物類、藥物、藥性……古羅馬老普利尼（23-79）《博物志》（又譯《自然史》）的卷目也差不多，包括天文志（含氣象志）、地理志、人種志、生理學、動物志（獸、蛇、魚、鳥、蟲）、植物誌（農作物、園藝植物）、藥用植物、醫藥學、巫術魔法、礦物學（金、銀、銅、大理石、各種寶石）……兩者儘管篇幅相去甚遠，但內容大致都可以分為天文（占星術）、山川（地理學）、族類（人種學）、鳥獸（動物學）、草木（植物學）、金石（礦物學）、本草（藥物學）、怪物（妖怪學）之屬。
這些內容無一不見於《山海經》中：書中記載的羲和生十日、常羲生十二月、東西方各有七座日月出入之山等等反映的是原始曆法制度，屬於天文學；書中記錄了眾多的山、川、海、澤，屬於地理學；書中記錄了數十個形象怪異的海外方國，屬於人種學；書中記錄了數百種鳥獸、魚鱉、草木、玉石金屬丹砂之類，分別屬於動物學、植物學、礦物學；書中一一說明這些草木、鳥獸、金石的藥效，屬於藥物學；書中記錄了眾多會給世間帶來洪水、乾旱、瘟疫、死亡的怪獸和鬼神，屬於妖怪學。總之，後世博物志和百科類書中的內容，大都能在《山海經》中找到。只是因為《山海經》的時代，還沒有確立分門別類的知識體系，因此，書中沒有像後來的博物志那樣把內容按照知識部門分門別類地進行編排，而是按照事物固有的空間框架進行組織，即按照物產的所在地一一進行記載描述。可以說，《山海經》就是一部原始的博物志，是中國博物學的源頭。
這本書整齊嚴謹且一以貫之的敘述形式，對每一座山、每一條河、每一種事物的形態和功用按部就班地進行記述，表明它根本不是像一般人所想當然地認為的那樣，是一部荒誕怪異、漫無章法的志怪雜俎，而是一部有組織、有設計、基於“科學的”實地調查的地理博物志。它甚至比張華《博物志》、普利尼《博物志》之類龐大的博物類書更“科學”，因為後者廣收博採，往往充斥著一些道聽途說的、甚至純屬想象的奇談怪論、異域傳聞。然而，既然說《山海經》是一部“科學的博物志”，書中何以又會充斥著眾多莫可究詰的妖獸怪物呢？諸如“人面的獸，九頭的蛇，三腳的鳥，生著翅膀的人，沒有頭而以兩乳當作眼睛的怪物……”
實際上，《山海經》，尤其是《山經》所載的“怪物”，原本並非怪物，而只是一些現在或許仍然司空見慣的平凡之物，我們感到“怪”，並不是因為它記載的東西怪，而是它記載這些東西的方式或話語很怪異。比如說，《南山經》中說，柢山上有一種叫“鯥”的魚，“其狀如牛，陵居，蛇尾，有翼，其羽在魼（肋）下，其音如留牛”，此獸的身體長得像牛，卻長著一條蛇尾巴，還長著雙翼，不倫不類，委實古怪。明明是一種魚，卻住在山上，而且還能死而復生，如此行徑，不是怪物而何？實際上，這個“怪物”不是別的，就是我們今天仍經常能夠看到的穿山甲。穿山甲儘管居住在山上，但它周身長滿鱗片，看起來確實像魚，所以《山經》把它歸為魚類；它的尾巴長而尖，又長著鱗片，所以《山經》比作蛇；有些穿山甲兩肋下長有毛，看起來像長著翅膀；至於說它“其狀如牛”，也只是大致形容其體型而已；穿山甲是一種冬眠動物，所以說它“冬死夏生”。書中還說“食之無腫疾”，就是說吃它的肉可以消腫，李時珍《本草綱目》記載穿山甲的藥效，說它“通經脈，下乳汁，消癰腫，排膿血”，也說它具有消腫化瘀的功效，可見對穿山甲藥效的認識，從《山海經》到《本草綱目》一脈相承。直到今天，穿山甲還被中醫用為藥物，也正因為這個原因，才導致穿山甲成為瀕危物種。
《山海經》成書的戰國時代，尚沒有形成像林奈分類法那樣的一套對物種進行命名、描述的博物學術語，更沒有照相術可以方便地給動物形象寫真，所以，博物家們要記述一種動物，只有用比喻的方式，對動物身體的各部分分別進行比擬和描述，說明它的腦袋像誰、身子像誰、尾巴像誰……其實，我們平時也是這樣向人解釋一種陌生動物的。我們完全可以用《山經》的方式，把一種常見的動物，比如說貓，“變成”可怕的怪物：有獸焉，其狀如虎，蛇尾豹文，其鳴如嬰兒，其名自叫，其名曰貓，飼之可以闢鼠。
總之，《山海經》本非妖獸譜，也非志怪書，而是一部古老的科學博物志。山中本無怪，造物主不會創造怪物，創造怪物的不是自然造化，而是人類的文化，正是歲月變遷所導致的文化和知識傳統的斷裂，才把古人眼裡原本平凡的事物，變成了我們眼中的怪物。
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