根據谷應泰在《明史紀事本末》的記載：燕軍破城而入時，朱允炆欲拔刀自盡，少監王鉞在側攔住說：“陛下不可輕生，從前太祖升遐時，曾留有一個箱子，並說‘子孫若有大難，可開箱一視，自有方法’。”朱允炆即命王鉞取箱，片刻後有太監四人，扛一箱入殿，箱的四圍俱用鐵皮包裹，連鎖心內也灌生鐵。王鉞取了鐵錐，將箱敲開，裡面藏著度牒三張，以及袈裟僧帽僧鞋等物，並有剃刀一柄，白銀十錠，及一張紙，紙中寫著：“允炆從鬼門出，餘人從水關御溝出行，薄暮可會集神樂觀西房。”朱允炆嘆息道：“天命如此，還有什麼可說的？”太監立即取出剃刀，給朱允炆剃髮。朱允炆脫了衣冠，披上袈裟，藏好度牒；一面命縱火焚宮。頓時火光熊熊，把金碧輝煌的皇宮，燒為灰燼。皇后馬氏，投火自盡，妃嬪多半焚死。朱允炆痛哭一場，麾衣出走。鬼門在太平門內，是內城一矮門，僅容一人出入，外通水道。朱允炆傴僂先出，其餘亦魚貫出門。門外正好有一艘小船，船中有一道士，呼朱允炆乘舟，並叩首稱萬歲。道士說：“昨夜夢見高皇帝，命臣來此守候。”流亡諸人遂乘舟而去。
這是個十分離奇的傳說，流傳很廣。在西南數省留有不少有關朱允炆的遺址和傳說。據說是朱允炆避難貴州金竺（今貴州廣順）時，還作了一首詩： 風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。 鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧雲深。紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。 遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。 頗為符合朱允炆身份。
雖然無法證實朱允炆是否真的流亡道西南一帶，但其下落終成為一件懸案，誰也不能肯定他是否真的被燒死了。朱棣在大火中找到了兩具屍體，當作是朱允炆與皇后馬氏下葬，但其實他內心深處，也對朱允炆的死很懷疑。朱棣曾經派戶科給事中胡濙，配上認識朱允炆面貌的內侍朱祥，以尋訪武當道士張三丰（時人稱為“張邋遢”，大名鼎鼎的奇人，不修邊幅，飄忽不定，據說能一日千里）的名義，從陸路遍訪各州、郡、鄉、邑，打探朱允炆的下落。永樂二年（1404年），又有謠傳說朱允炆已經逃亡海外，朱棣又派親信宦官鄭和（世稱“三保太監”）領兵浮海，遠巡西洋，這就是歷史上著名的“鄭和下西洋”，但也未查到朱允炆下落。
永樂二十一年（1423年），在外面漂泊十幾年的胡濙突然趕回北京。此時朱棣駐地剛好在宣府駐軍。胡濙匆忙趕到宣府時，已經是深夜，朱棣已經睡下，聽到是胡濙回來，立即批衣照見。君臣二人一直密談到四更。《明史》記載說：“先未至，傳言建文蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩浮海下西洋，至是疑始釋。”如此推斷，顯然胡濙已經打探到了朱允炆的確切消息，而且事隔多年，朱允炆已經沒有任何爭奪皇位的想法和可能了。自此，朱棣不再追查朱允炆的蹤跡。 還有記載說後來年已六十四歲的朱允炆因被人發現而被接入京城。明英宗為了辨明真偽，讓曾侍奉過朱允炆的老太監吳亮出來鑑別，朱允炆的左腳趾上有顆黑痣，吳亮驗過屬實，就捧著朱允炆的腳哭了起來，朱允炆就被迎入宮內居住，直到老死。
萬曆二年（1574年）十月，十二歲的明神宗朱翊鈞突然向首輔張居正問及朱允炆的下落。張居正當時回答說：“國史不載此事，但先朝故者相傳，言建文皇帝（朱允炆）當靖難師入城，即削髮披緇，從間道走出，後雲遊四方，人無知者。”可見張居正也認為朱允炆並沒有燒死，而是逃走了。因為時間已久，明成祖朱棣當時擔心的朱允炆復辟問題已經不復存在，連明神宗都公然發問，可見當時已經不是什麼忌諱。
朱允炆的真正下落，至今難以確考，為明史的一大疑案。
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