有清一代，衍聖公眾多，限於篇幅，現取清初和清末二例言之。
孔胤植是清代的第一位衍聖公。實際上，孔胤植這位衍聖公曆經了兩個朝代，他在明代末年襲封為衍聖公，清代初年逝世。孔府內保存了他的三幅畫像。
孔胤植雲身像。紙本，縱65.5釐米，橫42.5釐米。畫中，孔胤植頭戴烏紗帽，身穿盤領藍袍，胸前的補紋是仙鶴圖案，這是文官一品服色。畫幅左上方，豎題小楷一行“六十五代祖諱胤植”。顯然這幅畫像是繪製於明代。
孔胤植小像。絹本，縱101.5釐米，橫52.5釐米。畫中，孔胤植站立，頭戴七梁冠，身穿藍色交領大袖長袍。畫幅左上方，豎題小楷一行“六十五代祖諱胤植小像”。這幅畫像也是繪製於明代。
孔胤植行樂圖。絹本，縱150釐米，橫54釐米。此圖是繪于山巒之中，孔胤植頭戴飄飄巾，身穿寬袖袍衫，身後有童子一人侍奉。他的右邊有兩株參天古松，佈滿畫幅的上部；他的左邊有瀑布流水；下有巒石、雜樹、溪流。整幅畫面呈現了一種空谷幽靜的恬淡氣息。
孔胤植，字懋甲，號對寰。後世為避清帝胤禛的“胤”字，改稱孔衍植，孔子六十五代孫，襲封衍聖公。明萬曆二十年（1592年）十一月十四日生，天啟元年（1621年）襲封衍聖公，清順治四年（1647年）十二月十五日卒，終年五十六歲。
到了清代，以滿洲貴族為主體的統治集團，為擴大和鞏固清朝的統治，則要利用孔子偶像，標榜“尊儒崇道”，優待“聖裔”的手段，以緩和漢族地主和士大夫對他的敵視態度。
順治元年（1644年）九月，清軍定山東。初一日，孔胤植就上了一道《初進表文》，明確表示向清朝統治者靠攏。十月初二日，攝政王多爾袞就根據山東巡撫方大猷的奏請和吏部的題復，頒發令旨，仍封孔胤植為衍聖公，以明朝舊例優待孔氏後裔，並特別指出：“先聖孔子為萬世道統之宗。本朝開國之初，一代綱常培植於此，禮應敕官崇祀，復衍聖公並四氏學博等之封，可卜國脈靈長，人文蔚起。”（《孔府檔案》○○七九之三）
為了答謝清廷的隆恩，衍聖公孔胤植於順治二年（1645年）正月，到達北京謝恩。清帝福臨派官員迎勞，賜宴於禮部，命禮部孫之獬侍宴，賜給孔胤植治銀印，陛見班列內閣大臣之上。同時賜給位於京都太僕寺街的宅邸一座，這就是北京的衍聖公府。
同年六月，清廷下令在全國剃髮，孔胤植召集府屬官員，廟佃戶人，恭設香案，宣讀聖諭，各具剃頭。儀式後，又上了一道《剃頭奏摺》，向清廷彙報。同年九月，孔胤植向清廷上《進溻河莊地疏》，溻河莊地是孔府在北京城南的武清縣溻河購買的私有田產。李自成農民軍佔領北京後被佃戶乘機收去，後來又被清官府圈佔。時至今日，孔胤植乾脆獻給朝廷。
順治四年（1647年）十二月孔胤植病逝，享年五十六歲，皇帝派遣山東布政使致祭，命工部造墳，從優給予撫卹，葬於孔子墓北。
孔令貽乃清朝末代衍聖公。他也是身跨兩個時代，他出生時，滿清已經風雨飄搖；他逝世時，帝制已經終結多年。
孔令貽衣冠像。紙本，縱201釐米，橫95釐米。畫中，孔令貽端坐於虎皮圈椅上，頭戴紅頂暖帽，肩披絳色披領。內穿藍地五彩五爪雲龍袍，外罩絳色冬裝。項掛朝珠，右手內握手拈朝珠，左手扶於膝上，足穿白底青緞朝靴。
孔令貽，字谷孫，號燕庭。孔子七十六代孫。清同治十一年（1872年）十一月二十九日生，光緒三年（1877年）襲封衍聖公，民國八年（1919年）十一月八日卒，終年四十八歲。
光緒十四年（1888年），年滿十六歲的孔令貽首次入覲，蒙德宗載湉召見，賞賜“福”“壽”各一張，及《四庫全書總目》《朱子全書》並頒“斯文在茲”匾額，懸掛在大成殿內。光緒十六年（1890年）十月，孔令貽同其母彭氏入朝謝恩，蒙賜宴，設席於禮部，並賞賜筆、墨、紙張以及袍褂衣料等。
光緒二十年（1894年），正好是慈禧太后的“六旬萬壽”，為了祝壽，慈禧太后準備舉行盛大慶典。遠在山東曲阜的聖人後裔，對慈禧太后的祝壽活動表現出了極大的熱情。為了給太后祝壽，衍聖公孔令貽、母親彭太夫人、夫人孫氏，便老早的提前動身，趕往北京。蒙特恩賜住寧壽宮，得到了慈禧太后的朝夕燕見，儼如家人。還特別恩准彭氏及孫氏每日早晚膳後站在慈禧一旁，侍奉寫字觀光，說些閒話。此次進京恭賀陛辭回裡，賞賚優渥，孔令貽蒙“賞戴雙眼花翎”，特賞給彭氏、孫氏太后親書的大“壽”字各一幅。
光緒三十年（1904年），德國承修的津浦鐵路南段修到曲阜一帶，計劃在孔林西部經過。孔令貽認為有礙“聖脈”“震動聖墓”，親赴省城，讓山東巡撫與外國人交涉。結果使鐵路改道兗州。
光緒三十二年（1906年），慈禧太后認為“孔子至聖，德配天地，萬世師表，允宜升為大祀，以昭隆重。”光緒三十三年（1907年）皇帝載湉命孔令貽稽查山東全省學務，先後到濟南、泰安、兗州、濟寧及萊州、膠州、登州、青州等察，“周曆各郡縣，召集生徒，誨以明人倫、崇正學，期有合於立人達人之旨。”（《孔府檔案》九○○六）
光緒三十四年（1908年）九月，發生了一起孔氏族長孔傳溶與衍聖公孔令貽相互攻訐的事情，驚動朝野。事件的起因，首先是孔氏族長孔傳溶到山東巡撫衙門控告衍聖公孔令貽，以孔令貽“違例虐族，玷祖辱國”等名，狀告了他十大罪狀。而孔令貽對孔傳溶上述指控，逐一進行了辯駁，並說：夫人非聖賢，孰能無過，舉動之間，昭昭在人耳目，固不能諱，亦不必諱。然而無因而言者公也，有挾而控者私也。”（《孔府檔案》三五九九之三）
孔令貽活到了民國初年。1919年7月，孔令貽岳父陶式鋆病逝，孔令貽匆匆到京弔唁。第二天，忽生背疽，醫治無效，逝世於北京。孔令貽安葬於孔林內孔子墓東。
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