1.一種說法是珍妃勸諫皇上留京，惹怒了慈禧而被投入水井之中而死，
1900年，八國聯軍攻佔北京，膽小如鼠、惶恐不安的慈禧為了保命，決定帶光緒皇帝等一干人外逃避難；當時，珍妃已從北三所被釋放了出來，不過她沒有與慈禧一同逃亡避難的意思；事到臨頭，她跪求慈禧，將光緒留在國都，坐鎮京城，主持朝廷大計；慈禧勃然大怒，以“擾亂後宮，不守本分”為由，命心腹太監崔玉貴將她推入井中，珍妃就此香消玉殞。
相信這種說法的人居多！還有佐證：溥儀的英文教師莊士敦先生做了如下記錄：“珍妃曾跪在冷酷無情的太后面前，祈求她不要強迫皇帝隨其出走………”。
珍妃天生麗質，聰明伶俐，有新時代的思想，是光緒皇帝最寵愛的妃子；她知道在國家面臨生死存亡的關鍵時刻，皇帝留下來能穩定軍心民心，如果，皇帝親自去面對聯軍的司令官們，大清的損失就小些... ...但，心狠手辣的慈禧太后不為所動，於是出現了上面描述的一幕！隨從太監把梨花帶雨的美麗珍妃子投入了井中。
2.慈禧以保護其貞潔為由，忽悠珍妃自己跳井而死。
唐冠卿是前清太監，被後人視為最接近珍妃死亡現場的目擊人，依他的記載：庚子七月十九（即1900年8月12日）八國聯軍進攻北京，大太監崔玉貴率領快槍隊守在蹈和門，唐冠卿自己領人守在樂壽堂；中午，慈禧從內殿走了出來，尚在樂壽堂後門休息的唐冠卿立即上前攙扶，並一同前往頤和軒的樂善堂，到地後，慈禧叮囑唐冠卿：“你守住頤和軒走廊，如果有人過來偷看，就打死他。”。
唐冠卿聽了心驚肉跳掉，大驚失色，不知所措了。這當兒，崔玉貴走了過來了，不一會兒，珍妃過來給老佛爺請安；慈禧對珍妃說道：“現在還成話嗎？義和團搗亂，洋人也進入北京了，該怎麼辦呢？... ...我們娘倆跳井吧。”…………
在崔玉貴的協助下，珍妃跳井自殺！
3.還有一種說法，珍妃之死咎由自取。
這是清朝名流商衍瀛在《珍妃其人》中的記載：說珍妃依恃皇寵，生活奢侈，揮霍無度，由於自身的俸祿不夠花銷，就在光緒帝的默許下，通過賣官鬻爵來賺取銀兩；當時，也有人這樣幹過，但珍妃卻不知道把宮外自己的哥哥賣官鬻爵得來的銀子孝敬點老佛爺。
在賣了一個上海道臺這樣的官職又一文沒敬貢老佛爺後，慈禧大怒，將她降為嬪，又降為貴人；再加上思維敏捷的珍妃一直支持光緒學習西方知識，在日常生活中還鼓勵光緒與慈禧暗中較勁，這早令慈禧厭惡透頂了，終於新仇舊恨一起算，將珍妃打入了冷宮！
八國聯軍攻打北京城時，慈禧本來是打算帶珍妃出逃的，可是珍妃卻哭哭啼啼，怨天怨地的，最後還與慈禧發生了激烈的言語衝突；最終氣急敗壞的慈禧下令投之於井。
珍妃是投井而死的，崔玉貴是當事人之一，這點無可爭議了；但她是自殺還是他殺還有待商榷，如果是他殺，老佛爺出於什麼目的要置她於死地也沒定論！個人認為她的死因是綜合因素作用的結果：她不討慈禧的喜歡，有賣官鬻爵、干預朝政的事實，在慈禧喪魂落魄、急於逃命時又衝撞了慈禧，慈禧認為她在挑釁自己的威嚴，也出入保護皇帝女人貞潔的需要，於是慈禧令崔玉貴把珍妃投入井中淹死了！
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