1.一种说法是珍妃劝谏皇上留京，惹怒了慈禧而被投入水井之中而死，
1900年，八国联军攻占北京，胆小如鼠、惶恐不安的慈禧为了保命，决定带光绪皇帝等一干人外逃避难；当时，珍妃已从北三所被释放了出来，不过她没有与慈禧一同逃亡避难的意思；事到临头，她跪求慈禧，将光绪留在国都，坐镇京城，主持朝廷大计；慈禧勃然大怒，以“扰乱后宫，不守本分”为由，命心腹太监崔玉贵将她推入井中，珍妃就此香消玉殒。
相信这种说法的人居多！还有佐证：溥仪的英文教师庄士敦先生做了如下记录：“珍妃曾跪在冷酷无情的太后面前，祈求她不要强迫皇帝随其出走………”。
珍妃天生丽质，聪明伶俐，有新时代的思想，是光绪皇帝最宠爱的妃子；她知道在国家面临生死存亡的关键时刻，皇帝留下来能稳定军心民心，如果，皇帝亲自去面对联军的司令官们，大清的损失就小些... ...但，心狠手辣的慈禧太后不为所动，于是出现了上面描述的一幕！随从太监把梨花带雨的美丽珍妃子投入了井中。
2.慈禧以保护其贞洁为由，忽悠珍妃自己跳井而死。
唐冠卿是前清太监，被后人视为最接近珍妃死亡现场的目击人，依他的记载：庚子七月十九（即1900年8月12日）八国联军进攻北京，大太监崔玉贵率领快枪队守在蹈和门，唐冠卿自己领人守在乐寿堂；中午，慈禧从内殿走了出来，尚在乐寿堂后门休息的唐冠卿立即上前搀扶，并一同前往颐和轩的乐善堂，到地后，慈禧叮嘱唐冠卿：“你守住颐和轩走廊，如果有人过来偷看，就打死他。”。
唐冠卿听了心惊肉跳掉，大惊失色，不知所措了。这当儿，崔玉贵走了过来了，不一会儿，珍妃过来给老佛爷请安；慈禧对珍妃说道：“现在还成话吗？义和团捣乱，洋人也进入北京了，该怎么办呢？... ...我们娘俩跳井吧。”…………
在崔玉贵的协助下，珍妃跳井自杀！
3.还有一种说法，珍妃之死咎由自取。
这是清朝名流商衍瀛在《珍妃其人》中的记载：说珍妃依恃皇宠，生活奢侈，挥霍无度，由于自身的俸禄不够花销，就在光绪帝的默许下，通过卖官鬻爵来赚取银两；当时，也有人这样干过，但珍妃却不知道把宫外自己的哥哥卖官鬻爵得来的银子孝敬点老佛爷。
在卖了一个上海道台这样的官职又一文没敬贡老佛爷后，慈禧大怒，将她降为嫔，又降为贵人；再加上思维敏捷的珍妃一直支持光绪学习西方知识，在日常生活中还鼓励光绪与慈禧暗中较劲，这早令慈禧厌恶透顶了，终于新仇旧恨一起算，将珍妃打入了冷宫！
八国联军攻打北京城时，慈禧本来是打算带珍妃出逃的，可是珍妃却哭哭啼啼，怨天怨地的，最后还与慈禧发生了激烈的言语冲突；最终气急败坏的慈禧下令投之于井。
珍妃是投井而死的，崔玉贵是当事人之一，这点无可争议了；但她是自杀还是他杀还有待商榷，如果是他杀，老佛爷出于什么目的要置她于死地也没定论！个人认为她的死因是综合因素作用的结果：她不讨慈禧的喜欢，有卖官鬻爵、干预朝政的事实，在慈禧丧魂落魄、急于逃命时又冲撞了慈禧，慈禧认为她在挑衅自己的威严，也出入保护皇帝女人贞洁的需要，于是慈禧令崔玉贵把珍妃投入井中淹死了！
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