1938年2月18日，日軍大本營為籌備對武漢方面的作戰，整合侵入南京周邊的日軍組建了“華中派遣軍”，陸軍教育總監畑俊六大將出任司令官。這個所謂的華中派遣軍是以南京戰役期間的“華中方面軍”改組而成，原轄“上海派遣軍”和第十軍兩支罪惡的部隊，這批日軍因製造“南京大屠殺”而聲名狼籍，日軍大本營為掩人耳目，全部取消了華中方面軍、上海派遣軍和第十軍的部隊番號，各司令部機關返回本土，所屬部隊則編入華中派遣軍。
畑俊六大將
華中派遣軍成立後調整了所部作戰序列，將原屬華北方面軍在江北的第二軍調入（已進至兩淮），同時在江南新建了第十一軍的番號，此時在長江兩岸完成集結的日軍有：東邇久宮埝彥王中將的第二軍（下轄四個師團）和第十一軍（五個師團），以及派遣軍直轄的六個師團。日本軍部也終於選定了軍事主官，1938年6月，關東軍第2師團長、“巴登巴登三羽烏”之一的岡村寧次中將，出任第11軍首任司令官。
二戰時期的日本陸軍在旅團、師團之上並沒有“軍團”的建制，所以“軍”的編制類同於歐洲戰場或者中國軍隊的“集團軍”，美軍的太平洋戰史中，則乾脆是以“集團軍”的稱謂來標明日軍的“軍”級部隊。在全面抗戰爆發之前，日軍也沒有數字番號的正規“軍”級建制，只有關東軍等三個同級別的海外駐屯部隊。真正意義上的戰時第一軍，組建於“七七事變”爆發後的1937年8月30日，當時下轄三個師團的基幹兵力。
第2師團長岡村寧次中將
第十一軍組建時並無特殊之處
整個二戰期間日軍先後組建了60多個軍級部隊建制，其中有20個軍的番號在中國戰場出現過，早期的各軍通常以兩到三個師團為基幹，再配屬一定數量的特種兵部隊編組而成，比如被撤銷的第十軍在杭州灣登陸時，編成內即有第6師團、第18師團、第114師團以及第5師團的國崎支隊，總兵力約10萬人。隨著戰場形勢的變化，日軍通常會將各軍所轄兵力根據任務進行一定的調整，比如“駐蒙軍”就只轄有一個師團和附屬部隊，但至多不超過五個師團，否則就可以升格為“方面軍”了。
第十一軍在組建時編有第6師團、第9師團、第101師團、第106師團、重炮第6旅團和波田支隊（即後來的TW旅團，以部隊長名字代稱，淞滬戰役時稱近藤支隊），是比較正常的軍級編成，武漢會戰打響後雖然從華北增調來第27師團，不過戰役結束就歸建了。因此嚴格來說，第十一軍是在武漢會戰以後，隨著日軍大本營戰略上的轉變，賦予了該軍較重的作戰任務，才逐漸成為侵華日軍在中國戰場上唯一的野戰機動兵團，而在此之前無甚稀奇。
第二任司令官園部和一郎
第十一軍所轄兵力峰值的出現
1938年10月24日，日軍第6師團先頭部隊突入漢口城區，標誌著歷時三個多月的武漢會戰結束。為統一指揮以武漢為中心長江兩岸的部隊，日軍大本營是年12月再取消第二軍番號，將其所轄的第3、第13和第16師團亦轉隸第十一軍指揮。次年2月，在國內完成編組的第33和第34兩個師團同時到達，此時岡村寧次擁有的兵力達到峰值，共計九個師團和一個重炮旅團、以及配屬部隊共約30萬兵力。
1939年3月第十一軍的戰鬥序列是：第3師團、第6師團、第9師團、第13師團（開戰後恢復番號）、第16師團等五個“常設師團”，第101和第106等兩個“特設師團”，第33和第34這兩個沒有旅團建制的“警備師團”。第十一軍被特別加強的原因，在於長江兩岸的中國軍隊仍然保持著100個師約100萬人的龐大兵力，並且不久還有能力發動“冬季攻勢”。但這個峰值在1939年7月間便消失了，該軍所屬的第9和第16兩個師團奉調回國，換防而來的是第40師團和獨立第14混成旅團，總兵力一度有所下降。
第三任司令官阿南惟畿
第十一軍的戰略任務和戰場態勢
武漢會戰結束後，日軍大本營調整了侵華戰爭的策略，改以“政治誘降為主、軍事打擊為輔”的指導方針，因此第十一軍承擔了應對中國軍隊第五戰區、第九戰區和後來成立之第六戰區百萬大軍的任務，原則上不再擴大軍屬部隊的佔領區：“即作為配置於重慶軍主力部隊四周的唯一純野戰軍，承擔摧毀黃埔系主力的作戰任務”。 為此，第十一軍既要完成對大片佔領區的守備，還要抽出機動兵力做有限攻擊，作戰任務的特殊性，使其編制和兵力逐漸超出了普通“軍”的範疇，基本達到了“方面軍”的實力，但番號並沒有升格。
至1940年攻陷宜昌後，第十一軍從華東沿海地區已經深入中國腹地1200多公里，以武漢為中心形成了一個巨大的毒蛇頭部，其交通線宛如細長的蛇身一般，沿著長江一直甩到淞滬地區，像極了一個“猙獰的蛇頭”。而正面抗日戰場的抗戰史，幾乎就是日寇第十一軍的罪惡史，在中日22次大型會戰當中，它直接參與了武漢會戰、南昌會戰、前三次長沙會戰、上高會戰、棗宜會戰、隨棗會戰、鄂西會戰、常德會戰、長衡會戰和桂柳會戰等12次，以及抽出部分兵力協同的豫南會戰和浙贛會戰，堪稱罪行累累。
第二次長沙會戰中的日軍
第十一軍的編制和兵力並不固定
由於日軍大本營不斷調整部署和太平洋戰爭的爆發，第十一軍編成內的師團番號、數量和兵力並非一成不變的，終全面抗戰的八年當中，先後隸屬於第十一軍的有16個師團和6個獨立混成旅團的番號，這一點在研究抗日戰爭史時要尤為注意。岡村寧次1940年奉調回國後，先後出任第十一軍司令官的有：園部和一郎、阿南惟畿、塚田攻、橫山勇、上月良夫等日酋，該軍在二戰日本陸軍中佔有重要地位，如阿南惟畿在成為最後一任陸軍大臣時，入選的理由之一就是“他是指揮過十一軍的”。
以1941年8月第二次長沙會戰爆發前為例，第十一軍即時作戰序列為：司令官阿南惟畿中將，轄豐島第3師團（兵員20171人）、北野第4師團（兵員12177人）、神田第6師團（兵員20094人）、田中第13師團（兵員26214人，仍為四單位師團），以及第34師團（兵員14242人）、第39師團（兵員13957人）、第40師團（兵員14260人）共七個師團，另附獨立第14、第18和第20旅團，加上雜七雜八的獨立守備隊和野戰補充隊，總兵力接近20萬人。而到了1944年豫湘桂戰役的“長衡會戰”期間，第十一軍又擴充到八個師團20餘萬人，但已不是峰值階段。
第11軍攻佔武漢
第十一軍的建制具有一定特殊性
1939年9月，日軍大本營以第十一軍的上級單位“華中派遣軍”司令部為基礎，組建了“中國派遣軍總司令部”，成為二戰日軍第一個“總軍”（總方面軍）級戰略單位，統一指揮華北、華東、華中和華南的侵略軍。正因為如此，華中日寇第十一軍成為了“中國派遣軍”的直轄部隊，與華北方面軍和一度出現的華南方面軍並列，屬於侵華日軍的“戰略區”單位，其級別是具備一定特殊性的。究其原因，是日本軍部在華中地區的軍事政策一直處於搖擺狀態，第十一軍的任務始終不夠明確。
日軍在二戰時期的編制，大致可分為“臨時”和“固定”兩大類，這是由戰爭規模和日軍數量的不斷擴大造成的。總體而言，“派遣軍”、“混成旅團”（非獨立混成旅團）、“支隊”為臨時性編制，師團以下為固定編制，而“總方面軍”、“方面軍”、“軍”、獨立步兵旅團則為增設的固定編制，雖顯紛亂，但其實有規律可循。比如淞滬會戰爆發後臨時組建的上海派遣軍、華北方面軍的前身稱為“北支派遣軍”等等，而第十一軍曾經先後隸屬於兩個派遣軍，即已表明其地位的未定論。
第四任司令官塚田攻
第十一軍抗戰末期被打回原形
1944年日軍發起豫湘桂戰役（一號作戰）之前，為統一指揮江南湘桂段戰事，“中國派遣軍”編組以岡村寧次為司令官的第六方面軍，第十一軍與新建的第二十軍共同隸屬於該方面軍指揮，在戰役進行中逐漸恢復了正常的編制級別，第116師團等主力部隊亦被抽出。至1944年底，第十一軍司令部駐於廣西柳州，戰鬥序列只剩下第3、第13、第34和第37等四個師團，所轄兵力已大幅縮水，軍事地位也不復任何特殊性。
至1945年初，由於司令官橫山勇中將戰役期間多次抗命，第十一軍遭到新任中國派遣軍總司令岡村寧次的大清洗，主力師團基本全被調出劃歸派遣軍直轄而。該軍主力在中國軍隊的反攻和追擊下，也不得不退出廣西撤往華東沿海地區，此時編成內居然沒有一個甲級師團（中國戰場尚餘八個甲級師團，特別注意，其性質不等於之前的常設師團），淪為了無足輕重的小角色，在途經江西時接到了日本投降的消息，曾經囂張一時的第十一軍終於走向末路。
第五任司令官橫山勇
第十一軍在南昌向中國軍隊投降
1945年9月14日，日寇第十一軍末任司令官笠原幸雄中將，率部在南昌向中國軍隊第九戰區投降，此時該軍編成內只剩下一個第58師團和獨立第22、第84、第87混成旅團，以及臨時指揮的獨立步兵第7旅團，雜七雜八攏在一起的總兵力只有66830人，已經縮水到慘不忍睹的情況。受降儀式在南昌中山路中央銀行舉行，笠原幸雄含淚向第九戰區代表魯道源中將交出了指揮刀，宣告了第十一軍這支罪惡部隊的徹底覆亡。
從1938年2月組建到1945年9月覆滅，侵華日軍第十一軍存在了六年半的時間，給華中地區的中國軍民帶來巨大苦難，期間也遭到中國抗日軍民的多次痛擊，例如第三次長沙會戰的大捷，以及慘烈的常德保衛戰和衡陽保衛戰等，讓該軍所屬的數十萬日本侵略者葬身在中國的土地上。
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