1938年2月18日，日军大本营为筹备对武汉方面的作战，整合侵入南京周边的日军组建了“华中派遣军”，陆军教育总监畑俊六大将出任司令官。这个所谓的华中派遣军是以南京战役期间的“华中方面军”改组而成，原辖“上海派遣军”和第十军两支罪恶的部队，这批日军因制造“南京大屠杀”而声名狼籍，日军大本营为掩人耳目，全部取消了华中方面军、上海派遣军和第十军的部队番号，各司令部机关返回本土，所属部队则编入华中派遣军。
畑俊六大将
华中派遣军成立后调整了所部作战序列，将原属华北方面军在江北的第二军调入（已进至两淮），同时在江南新建了第十一军的番号，此时在长江两岸完成集结的日军有：东迩久宫埝彦王中将的第二军（下辖四个师团）和第十一军（五个师团），以及派遣军直辖的六个师团。日本军部也终于选定了军事主官，1938年6月，关东军第2师团长、“巴登巴登三羽乌”之一的冈村宁次中将，出任第11军首任司令官。
二战时期的日本陆军在旅团、师团之上并没有“军团”的建制，所以“军”的编制类同于欧洲战场或者中国军队的“集团军”，美军的太平洋战史中，则干脆是以“集团军”的称谓来标明日军的“军”级部队。在全面抗战爆发之前，日军也没有数字番号的正规“军”级建制，只有关东军等三个同级别的海外驻屯部队。真正意义上的战时第一军，组建于“七七事变”爆发后的1937年8月30日，当时下辖三个师团的基干兵力。
第2师团长冈村宁次中将
第十一军组建时并无特殊之处
整个二战期间日军先后组建了60多个军级部队建制，其中有20个军的番号在中国战场出现过，早期的各军通常以两到三个师团为基干，再配属一定数量的特种兵部队编组而成，比如被撤销的第十军在杭州湾登陆时，编成内即有第6师团、第18师团、第114师团以及第5师团的国崎支队，总兵力约10万人。随着战场形势的变化，日军通常会将各军所辖兵力根据任务进行一定的调整，比如“驻蒙军”就只辖有一个师团和附属部队，但至多不超过五个师团，否则就可以升格为“方面军”了。
第十一军在组建时编有第6师团、第9师团、第101师团、第106师团、重炮第6旅团和波田支队（即后来的TW旅团，以部队长名字代称，淞沪战役时称近藤支队），是比较正常的军级编成，武汉会战打响后虽然从华北增调来第27师团，不过战役结束就归建了。因此严格来说，第十一军是在武汉会战以后，随着日军大本营战略上的转变，赋予了该军较重的作战任务，才逐渐成为侵华日军在中国战场上唯一的野战机动兵团，而在此之前无甚稀奇。
第二任司令官园部和一郎
第十一军所辖兵力峰值的出现
1938年10月24日，日军第6师团先头部队突入汉口城区，标志着历时三个多月的武汉会战结束。为统一指挥以武汉为中心长江两岸的部队，日军大本营是年12月再取消第二军番号，将其所辖的第3、第13和第16师团亦转隶第十一军指挥。次年2月，在国内完成编组的第33和第34两个师团同时到达，此时冈村宁次拥有的兵力达到峰值，共计九个师团和一个重炮旅团、以及配属部队共约30万兵力。
1939年3月第十一军的战斗序列是：第3师团、第6师团、第9师团、第13师团（开战后恢复番号）、第16师团等五个“常设师团”，第101和第106等两个“特设师团”，第33和第34这两个没有旅团建制的“警备师团”。第十一军被特别加强的原因，在于长江两岸的中国军队仍然保持着100个师约100万人的庞大兵力，并且不久还有能力发动“冬季攻势”。但这个峰值在1939年7月间便消失了，该军所属的第9和第16两个师团奉调回国，换防而来的是第40师团和独立第14混成旅团，总兵力一度有所下降。
第三任司令官阿南惟畿
第十一军的战略任务和战场态势
武汉会战结束后，日军大本营调整了侵华战争的策略，改以“政治诱降为主、军事打击为辅”的指导方针，因此第十一军承担了应对中国军队第五战区、第九战区和后来成立之第六战区百万大军的任务，原则上不再扩大军属部队的占领区：“即作为配置于重庆军主力部队四周的唯一纯野战军，承担摧毁黄埔系主力的作战任务”。 为此，第十一军既要完成对大片占领区的守备，还要抽出机动兵力做有限攻击，作战任务的特殊性，使其编制和兵力逐渐超出了普通“军”的范畴，基本达到了“方面军”的实力，但番号并没有升格。
至1940年攻陷宜昌后，第十一军从华东沿海地区已经深入中国腹地1200多公里，以武汉为中心形成了一个巨大的毒蛇头部，其交通线宛如细长的蛇身一般，沿着长江一直甩到淞沪地区，像极了一个“狰狞的蛇头”。而正面抗日战场的抗战史，几乎就是日寇第十一军的罪恶史，在中日22次大型会战当中，它直接参与了武汉会战、南昌会战、前三次长沙会战、上高会战、枣宜会战、随枣会战、鄂西会战、常德会战、长衡会战和桂柳会战等12次，以及抽出部分兵力协同的豫南会战和浙赣会战，堪称罪行累累。
第二次长沙会战中的日军
第十一军的编制和兵力并不固定
由于日军大本营不断调整部署和太平洋战争的爆发，第十一军编成内的师团番号、数量和兵力并非一成不变的，终全面抗战的八年当中，先后隶属于第十一军的有16个师团和6个独立混成旅团的番号，这一点在研究抗日战争史时要尤为注意。冈村宁次1940年奉调回国后，先后出任第十一军司令官的有：园部和一郎、阿南惟畿、塚田攻、横山勇、上月良夫等日酋，该军在二战日本陆军中占有重要地位，如阿南惟畿在成为最后一任陆军大臣时，入选的理由之一就是“他是指挥过十一军的”。
以1941年8月第二次长沙会战爆发前为例，第十一军即时作战序列为：司令官阿南惟畿中将，辖丰岛第3师团（兵员20171人）、北野第4师团（兵员12177人）、神田第6师团（兵员20094人）、田中第13师团（兵员26214人，仍为四单位师团），以及第34师团（兵员14242人）、第39师团（兵员13957人）、第40师团（兵员14260人）共七个师团，另附独立第14、第18和第20旅团，加上杂七杂八的独立守备队和野战补充队，总兵力接近20万人。而到了1944年豫湘桂战役的“长衡会战”期间，第十一军又扩充到八个师团20余万人，但已不是峰值阶段。
第11军攻占武汉
第十一军的建制具有一定特殊性
1939年9月，日军大本营以第十一军的上级单位“华中派遣军”司令部为基础，组建了“中国派遣军总司令部”，成为二战日军第一个“总军”（总方面军）级战略单位，统一指挥华北、华东、华中和华南的侵略军。正因为如此，华中日寇第十一军成为了“中国派遣军”的直辖部队，与华北方面军和一度出现的华南方面军并列，属于侵华日军的“战略区”单位，其级别是具备一定特殊性的。究其原因，是日本军部在华中地区的军事政策一直处于摇摆状态，第十一军的任务始终不够明确。
日军在二战时期的编制，大致可分为“临时”和“固定”两大类，这是由战争规模和日军数量的不断扩大造成的。总体而言，“派遣军”、“混成旅团”（非独立混成旅团）、“支队”为临时性编制，师团以下为固定编制，而“总方面军”、“方面军”、“军”、独立步兵旅团则为增设的固定编制，虽显纷乱，但其实有规律可循。比如淞沪会战爆发后临时组建的上海派遣军、华北方面军的前身称为“北支派遣军”等等，而第十一军曾经先后隶属于两个派遣军，即已表明其地位的未定论。
第四任司令官塚田攻
第十一军抗战末期被打回原形
1944年日军发起豫湘桂战役（一号作战）之前，为统一指挥江南湘桂段战事，“中国派遣军”编组以冈村宁次为司令官的第六方面军，第十一军与新建的第二十军共同隶属于该方面军指挥，在战役进行中逐渐恢复了正常的编制级别，第116师团等主力部队亦被抽出。至1944年底，第十一军司令部驻于广西柳州，战斗序列只剩下第3、第13、第34和第37等四个师团，所辖兵力已大幅缩水，军事地位也不复任何特殊性。
至1945年初，由于司令官横山勇中将战役期间多次抗命，第十一军遭到新任中国派遣军总司令冈村宁次的大清洗，主力师团基本全被调出划归派遣军直辖而。该军主力在中国军队的反攻和追击下，也不得不退出广西撤往华东沿海地区，此时编成内居然没有一个甲级师团（中国战场尚余八个甲级师团，特别注意，其性质不等于之前的常设师团），沦为了无足轻重的小角色，在途经江西时接到了日本投降的消息，曾经嚣张一时的第十一军终于走向末路。
第五任司令官横山勇
第十一军在南昌向中国军队投降
1945年9月14日，日寇第十一军末任司令官笠原幸雄中将，率部在南昌向中国军队第九战区投降，此时该军编成内只剩下一个第58师团和独立第22、第84、第87混成旅团，以及临时指挥的独立步兵第7旅团，杂七杂八拢在一起的总兵力只有66830人，已经缩水到惨不忍睹的情况。受降仪式在南昌中山路中央银行举行，笠原幸雄含泪向第九战区代表鲁道源中将交出了指挥刀，宣告了第十一军这支罪恶部队的彻底覆亡。
从1938年2月组建到1945年9月覆灭，侵华日军第十一军存在了六年半的时间，给华中地区的中国军民带来巨大苦难，期间也遭到中国抗日军民的多次痛击，例如第三次长沙会战的大捷，以及惨烈的常德保卫战和衡阳保卫战等，让该军所属的数十万日本侵略者葬身在中国的土地上。
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