論文標題：Genomic evidence for two phylogenetic species and long-term population bottlenecks in red pandas
（Yibo Hu, CAS Key Laboratory of Animal Ecology and Conservation Biology, Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing, China; Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics, Chinese Academy of Sciences, Kunming, China.）
期刊名稱：SCIENCE ADVANCES
ISSN：2375-2548
Journal Impact Factor（2018）：12.804
JCR Category：Multidisciplinary Sciences
DOI: 10.1126/sciadv.aax5751
出版商：AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE
發表時間：26 Feb 2020
中科院動物研究所胡一波團隊高原動物多樣性保護和可持續利用專題研究團隊利用種群基因組學方法，對來自7個地理種群的65只野生小熊貓進行全基因組重測序分析，組裝了49只小熊貓的線粒體基因組，並對49只雄性小熊貓進行Y染色體SNP變異分型。
(A and C) The Chinese red panda. (B and D) The Himalayan red panda.
- （A和B）與喜馬拉雅紅熊貓相比，中國小熊貓的臉毛顏色更紅，白色更少。
- （C和D）中國小熊貓的尾環比喜馬拉雅小熊貓的尾環更鮮明，暗環的顏色更深，白環的顏色更白。
上述分析結果發現，兩個區域的小熊貓存在顯著的遺傳分歧，且線粒體基因組單倍型和Y染色體SNP單倍型均無共享，這些結果顯著支持將小熊貓劃分為兩個系統發生種，即喜馬拉雅小熊貓和中華小熊貓。進一步分析發現，雅魯藏布江最可能是兩個物種分化的地理邊界，而不是傳統認為的怒江。
基於基因組重測序數據，來自中國科學院動物研究所等的團隊重構了兩種小熊貓的種群波動和分歧歷史，發現其具有明顯不同的演化歷史，其中中華小熊貓經歷了2次種群瓶頸和1次明顯的種群擴張，而喜馬拉雅小熊貓則經歷了3次種群瓶頸和1次很小的種群擴張。兩個物種是在更新世倒數第二個冰期遭遇嚴重種群瓶頸後，開始發生分化；之後東喜馬拉雅—高黎貢遺傳種群分化出來，最後四川邛崍遺傳種群同小相嶺—涼山遺傳種群發生分化。
進一步分析發現，喜馬拉雅小熊貓具有最低的遺傳多樣性、最高的連鎖不平衡及較高的有害遺傳變異負荷，凸顯了喜馬拉雅小熊貓保護的緊迫性。
論文鏈接：https://advances.sciencemag.org/content/6/9/eaax5751
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