扶軍長 唐繼堯（1883年8月14日 - 1927年5月23日），又名榮昌，字蓂賡，雲南會澤人。日本士官學校第六期畢業，雲南實力派，滇軍第二任首領及創始人之一。在護國運動中，唐繼堯與蔡鍔等聯合宣佈雲南獨立，率先在西南邊陲打響護國討袁的第一槍。
副扶軍長 岑春煊（1861年5月2日-1933年4月27日），字雲階，號炯堂老人，曾用名雲靄、春澤，廣西西林人 。前清官僚，與袁世凱並稱“南岑北袁”。護國運動期間，岑春煊被推舉為兩廣護國軍都司令，初步統一兩廣軍權。並與梁啟超等在廣東肇慶成立軍務院，任副撫軍長，代行撫軍長職。
撫軍 梁啟超（1873年2月23日-1929年1月19日），字卓如，一字任甫，號任公，廣東新會人。中國近代維新派、新法家代表人物，進步黨骨幹成員。梁啟超反對帝制，他與蔡鍔密謀，積極策劃武力討袁。1916年3月，梁啟超應陸榮廷邀請，繞經香港、越南趕到廣西，直接參加護國運動。軍務院成立後，梁啟超任撫軍兼政務委員長。在其任職期間，軍務院的佈告、文電大都由梁親自執筆。
撫軍 劉顯世（1870年-1927年10月14日），字如周，亦作如舟，貴州興義人。團練出身，貴州實力派，黔軍舊興義系首領。護國運動期間，貴州軍政各界討袁護國情緒高漲，劉顯世深感眾怒難犯，在內外壓力下，他宣佈貴州獨立，並出兵響應雲南護國運動。
撫軍 陸榮廷（1859年8月13日-1928年11月6日），原名亞宋，字幹卿，小名阿發， 壯族，廣西南寧人。遊勇出身，廣西實力派，舊桂系首領。護國運動期間，陸榮廷同袁世凱矛盾激化，他命令所屬桂軍襲擊攻滇的粵軍第一師龍覲光部，俘獲龍覲光父子，繼而宣佈廣西獨立。
撫軍 陳炳焜 （1868年-1927年），字舜琴，廣西馬平（今柳州）人。遊勇出身，舊桂系頭目，陸榮廷副手。護國運動期間，陸榮廷與陳炳焜等聯名通電，參加討袁護國。其後，陸率軍入粵，陳則坐鎮南寧。
撫軍 呂公望（1879年-1954年），字戴之，浙江永康人。保定軍校畢業，民黨出身，浙軍師長 。護國運動期間，呂公望在浙江宣佈獨立，起兵討袁，後被推為浙江都督兼省長。
撫軍 龍濟光（1868年-1925年3月12日），字子誠（紫宸），彝族，雲南蒙自人。團練出身，廣東實力派，袁世凱死黨。護國運動期間，龍濟光在滇桂護國軍和廣東民軍的軍事壓力下，被迫宣佈獨立。但他並未真心參加護國運動，依舊親近北方。
撫軍 湯薌銘（1883年-1975年），字鑄新，湖北浠水人。湯化龍弟弟，海軍出身，湖南實力派，袁世凱寵臣。護國運動期間，湯薌銘因湖南局勢突變，在其兄湯化龍的勸說下宣佈獨立，並接受軍務院任命的撫軍一職。
撫軍 蔡鍔（1882年12月18日-1916年11月8日），原名艮寅，字松坡，湖南邵陽人。梁啟超學生，日本士官學校第三期畢業，滇軍第一任首領及創始人之一，其在西南地區有著極大的影響力。護國運動期間任護國軍第一軍總司令，負責四川戰場。
撫軍 李烈鈞（1882年-1946年2月20日），字俠如，號俠黃，江西九江人。日本士官學校第六期畢業，民黨，曾指揮“二次革命”中的江西戰事。。護國運動期間任護國軍第二軍總司令，負責兩廣戰場。
左一為戴戡
撫軍 戴戡（1880年-1917年），貴州貴定人。
梁啟超學生，蔡鍔知己，進步黨骨幹成員。護國運動中為雲貴兩省的核心聯絡人，在雲南起義後，他成功說服劉顯世，將貴州爭取過來，並率領由黔軍組成的護國軍右翼在川湘地區牽制大批北洋軍。
撫軍 羅佩金（1878年-1922年），字熔軒，雲南澄江人。日本士官學校第六期畢業，滇軍將領 。護國運動期間為蔡鍔副手，曾將家產抵押，支援護國軍入川討袁。
撫軍 李鼎新（1862年-1930年），字成梅，福建侯官（今福州）人。福州船政學堂第四期畢業，閩系海軍頭目。護國運動期間，李鼎新與袁世凱矛盾激化，率第一艦隊脫離北京政府加入護國軍，並下令駐福州等地海軍艦艇赴上海待命。
撫軍 劉存厚（1885年-1960年），字積之，四川簡州（今簡陽）人。日本士官學校第六期畢業，四川實力派，四川武備系首領。護國運動期間，劉存厚自稱護國川軍總司令，發佈討袁宣言。支援進攻四川的蔡鍔護國軍第一軍，最終迫使四川將軍陳宧宣佈獨立。
政務委員長 梁啟超（兼）
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