企業無論以何種方式取得虛開的增值稅專用發票，均須承擔相應法律責任。
惡意取得增值稅專用發票，一般會認定為虛開增值稅專用發票（“讓他人為自己開”），不僅不得抵扣進項稅額，而且其金額不得作為成本在所得稅前列支。
善意取得增值稅專用發票，現行稅收法律制度規定，其進項稅額不得抵扣，其金額可否用為成本列支，存在稅企爭議。
一、司法判例
1、涉案主體基本情況
涉案主體名稱為淮安市友邦商貿有限公司，公司主營煤炭零售、工業鹽零售、重油（危險化學品除外）、建築材料、化工原料銷售等業務。
2、涉案交易情況
2011年5月、7月、9月，友邦公司採購徐州市超典物資有限公司煤炭5,662.82噸，簽訂煤炭供需合同4份，貨款由永邦公司銀行賬戶匯至超典公司銀行賬戶。友邦公司取得超典公司開具的23份增值稅專用發票，含稅金額2,659,207.43 元，稅額合計386,380.61 元。
友邦公司已於2011年將上述23份增值稅專用發票申報抵扣了稅款。所購貨物煤炭已經售出，在2011年成本已結轉。
3、稅務機關處理情況
2014年2月26日，徐州市國家稅務局稽查局將上述23份發票確認為虛開的增值稅專用發票；2014年5月6日，淮安市國家稅務局稽查局作出淮安國稅稽處（2014）21號《稅務處理決定書》，認定友邦公司構成善意取得虛開增值稅專用發票，要求友邦公司補繳增值稅共386,380.61元。同時，要求友邦公司調增2011年度應納稅所得額2,272,826.82元，補繳2011年度企業所得稅568,206.71元，並“依法”加收滯納金。
4、稅企爭議焦點
友邦公司善意取得虛開發票能否進行企業所得稅稅前扣除。
5、法院觀點要旨
根據《中華人民共和國企業所得稅法》第八條規定，“企業實際發生的與取得收入有關的、合理支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，准予在計算應納稅所得額時扣除。”被告在處理決定中對原告取得的23份增值稅專用發票認定為虛開，但對其對應的與原告企業取得收入有關的、合理支出沒有作出認定，屬事實不清。
《中華人民共和國發票管理辦法》第21條規定，“不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。
《國家稅務總局關於加強企業所得稅管理的意見》（國稅發[2008]88號）規定“不符合規定的發票不得作為稅前扣除憑證。”
《國家稅務總局關於印發〈進一步加強稅收徵管若干具體措施〉的通知》（國稅發[2009]第114號）第六條規定，“未按規定取得的合法有效憑據不得在稅前扣除。”
上述規定對違規取得發票或憑據不得在稅前扣除作了規定，但並沒有排除用其他合法有效的憑證來作為稅前扣除憑證。在企業所得稅的管理中，發票只是證明成本是否發生的證據之一，但不是唯一的證據。
原告取得徐州市超典物資有限公司開具的23份增值稅專用發票是虛開，不是按規定取得的合法有效憑證，但原告是善意取得的。善意取得的虛開增值稅專用發票，稅法明確規定不得作為增值稅合法有效的扣稅憑證抵扣其進項稅額。但對其23份增值稅專用發票對應的企業所產生的成本等，在被告沒有作出認定的情況下，是否可以作為企業所得稅稅前列支問題，稅法沒有作出明確規定。被告僅憑原告善意取得的23 張虛開的增值稅專用發票來調整原告的企業所得稅，要求補繳企業所得稅、加收滯納金的處理決定，認定事實不清、法律依據不足。
三、法理分析
1、善意取得
國家稅務總局《關於納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票處理問題的通知》（國稅發[2000]187號）規定，“善意取得虛開的增值稅專用發票”須同時符合下述四個條件：
（1）購貨方與銷售方存在真實的交易；
（2）銷售方使用的是其所在省（自治區、直轄市和計劃單列市）的專用發票；
（3）專用發票註明的銷售方名稱、印章、貨物數量、金額及稅額等全部內容與實際相符；
（4）沒有證據表明購貨方知道銷售方提供的專用發票是以非法手段獲得的。
符合上述條件取得的增值稅專用發票，屬於善意取得。
增值稅方面，善意取得增值稅專用發票，不得抵扣進項稅額，已抵扣的須補繳稅款，但無需繳納滯納金、罰款。
對於企業所得稅，《企業所得稅法》及其實施條例規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，准予在計算應納稅所得額時扣除。有關的支出，是指與取得收入直接相關的支出。合理的支出，是指符合生產經營活動常規，應當計入當期損益或者有關資產成本的必要和正常的支出。
稅務機關不能僅憑納稅人善意取得虛開發票而否認其支出發生的真實性而要求企業補繳所得稅。
2、法理分析
從《企業所得稅法》的立法精神和要義看，稅前扣除調實際發生原則和合理性原則，發票是證明成本發生的重要憑證，但不是唯一憑證。
不允許善意取得虛開增值稅專用發票的成本在稅前扣除，一般依據《稅收徵收管理法》、《發票管理辦法》等規定，認為合法有效的發票是企業所得稅稅前扣除的唯一憑證，而虛開的增值稅專用發票屬於不符合規定的發票，是不合法的憑證。
《企業所得稅法》和《稅收徵收管理法》是稅收法律，《發票管理辦法》是稅收法規；《企業所得稅法》屬於稅收實體法，《稅收徵收管理法》屬於程序法，從法律優位原則和法律功能適用出發，上述案例法院的判決更具公平、合理。
四、企業所得稅扣稅憑證分析
2018年國家稅務總局發佈《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》（國家稅務總局公告2018年第28號），該辦法規定“所稱稅前扣除憑證，是指企業在計算企業所得稅應納稅所得額時，證明與取得收入有關的、合理的支出實際發生，並據以稅前扣除的各類憑證”，明確了稅前扣除憑證並非僅指發票。這一規定與《企業所得稅法》精神趨於一致。
企業確實無法取得合規發票的，可通過其他資料進行稅前扣除：
《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》（國家稅務總局公告2018年第28號）第十三條規定，企業應當取得而未取得發票、其他外部憑證或者取得不合規發票、不合規其他外部憑證的，若支出真實且已實際發生，應當在當年度彙算清繳期結束前，要求對方補開、換開發票、其他外部憑證。補開、換開後的發票、其他外部憑證符合規定的，可以作為稅前扣除憑證。
對於開票方走逃、失聯等原因無法補開、換開的，第十四條規定，企業在補開、換開發票、其他外部憑證過程中，因對方註銷、撤銷、依法被吊銷營業執照、被稅務機關認定為非正常戶等特殊原因無法補開、換開發票、其他外部憑證的，可憑以下資料證實支出真實性後，其支出允許稅前扣除：
1、無法補開、換開發票、其他外部憑證原因的證明資料（包括工商註銷、機構撤銷、列入非正常經營戶、破產公告等證明資料）；
2、相關業務活動的合同或者協議；
3、採用非現金方式支付的付款憑證；
4、貨物運輸的證明資料；
5、貨物入庫、出庫內部憑證；
6、企業會計核算記錄以及其他資料。
其中，第1項至第3項為必備資料。
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