哈爾濱工程大學的前身是霸氣比肩清北的＂中國人民解放軍軍事工程學院＂，因該校坐落於譽有＂東方小巴黎＂的哈爾濱市，故稱＂哈爾濱軍事工程學院＂，簡稱＂哈軍工＂。哈軍工當時是赫赫有名可碾壓清北，是我國培養軍事人才的重要基地。
該校初建於1953年，陳賡大將為首任院長，哈軍工從1953年建校到1970年雖然只走過了17個年頭，但是為我國培養了一大批頂尖的軍事科學技術人才，包括40多位兩院院士，100多位省、部級領導和將軍，數以千計的研究院所領導，博士生導師，教授，研究員，當時是全國唯一一所重點大學。
在校學習的學生都是全國知名重點中學畢業生，聚天下英才於哈軍工，當時十大元帥中有七位元帥；十大將有六位大將；時任中央領導人董必武、林伯渠、謝覺哉；烈士王若飛、葉挺、左權；上將一級有蘇振華，陳再道，張愛萍，楊成武等等子女、親戚就讀＂哈軍工＂。
＂哈軍工＂當時是聚全國之力興建的第一所軍事院校，吸引了中國最高層的關注，總理周恩來來兩次視察，朱德、鄧小平來過，國防部長彭德懷來過三次，十大元帥有八位來過。
1970年，國防科委命令＂哈軍工＂南遷與分建，當時學校先後共建有十個院系，學校的主要院系被拆分成六所大學，剩下的一些優秀院系也分到了其他學校。
1.炮兵工程系——炮兵工程學院——南京理工大學 。
2.海軍、原子、導彈系——哈爾濱工程大學。
3.裝甲兵工程系——裝甲工程學院。
4.導彈、電子、計算機工程系——國防科技大學。
5.工程兵工程系——解放軍理工大學工程兵工程學院。
6.防化兵系——防化指揮工程學院（防化學院）。
＂哈軍工＂的其他部分專業分別分到：海軍工程大學第二炮兵指揮學院，西北工業大學（航空系），解放軍理工大學空軍氣象學院，空軍工程大學，中國人民解放軍軍械工程學院。
即使＂哈軍工＂眾多院系專業被瓜分，但是被瓜分後剩下的主體哈爾濱工程大學依然是一個＂211工程＂、＂985工程優勢學科創新平臺＂世界一流學科建設高校。
學校繼承了＂哈軍工＂的原子系、海軍系和導彈系，是中國三海一核領域最大的人才培養基地，國防七校之一，東北最好的五大高校之一，是被國家授予航母建設突出貢獻獎的唯一獲獎院校。以三海一核（船舶工業、海軍裝備、深海工程、核動核電）為特色，船舶與海洋工程、控制科學與工程為國家重點學科。
哈爾濱工程大學隸屬工業和信息化部，由國防科工委、教育部、黑龍江省政府、海軍四方共建，學校是首批入選國家＂211工程＂建設和設有研究生院的全國重點大學。
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