在日本動畫誕生的那麼多年來，因為動畫製作問題，電視臺放送出錯以及外部事件造成的動畫事故屢見不鮮。更嚴重的動畫事故甚至帶來了嚴重的動畫業內問題以及惡劣的社會影響。
2007年9月18日晚，原定播放《日在校園》第十二話的神奈川電視臺，但是動畫在放完OP沒過多久突然被停掉。停掉的原因是播出的前一天日本發生了一名16歲女高中生使用斧頭殺死自己父親的惡行案件。《日在校園》最後一集有著類似的場景所以被緊急停掉。
2013年6月在動畫《革命機》第九集播放的時候，國內各大貼吧論壇突然爆出第十集的原畫。接近300張的原畫、視頻、音頻遭到洩露。事後調查是無錫的某負責動畫外包公司的一位員工將原畫素材偷出，動畫製作方日升因為此事賠償了電視臺1.6億日元的賠償。帶來的影響是此後很長的一段時間國內的動畫外包公司都接不到日本方面的工作了。
1997年12月份在日本上映的《精靈寶可夢》第三十八集電腦戰士3D龍，當晚許多觀眾不約而同的暈到。造成600多大小觀眾就醫，上個世紀的動畫為了表達震撼感，會採用背景閃爍不同顏色光的技術，而寶可夢的動畫製作方為了配合這一集的場景，爆炸的場景都以紅藍紅藍代替，這一集用次技術頻率也比之前高很多。而紅光跟藍光快速切換會使視覺神經受到強烈刺激影響到腦部控制，輕則頭痛重則暈厥。此事之後凡是閃爍技術都要進行減光處理。
《在異世界開拓第二人生》動畫遭到中止，這部輕小說本來於18年動畫化。但是該作被很多瞭解原著的網友指出，男主的設定是一個在侵華戰爭中殺了3000人並且活到94歲的人。就是這樣的人不僅活到了94還去了異世界重新開展了人生。在網友的強烈抗議下該作者在推特上道歉，隨後官網宣佈動畫化中止。
《我的英雄學院》在近期的漫畫當中，我的英雄學院作者將作人體實驗的博士命名為“丸太”翻譯成中文就是圓木的意思，而“圓木”是當初侵華戰爭731部隊對於實驗體的稱呼。這麼明目張膽的辱華事件當然遭到了大部分網友的抵制，作者堀越耕平受到輿論壓力將名字改掉。目前《我的英雄學院》也已經遭到了全網下架。
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