吳澄為元代三大儒之一，《宋元學案》中稱：“有元之學者，魯齋（許衡）、靜修（劉因）、草廬（吳澄）三人而已。”而在元代當朝，吳澄更多者是跟許衡並稱。吳澄去世後，皇帝命令揭傒斯給他寫了神道碑，文中有這樣的評語：“皇元受命，天降真儒，北有許衡，南有吳澄。所以恢宏至道，潤色鴻業，有以知斯文未喪，景運方興。”
關於吳澄幼年學習的情況，他在《草廬吳先生輯粹》中自稱：“澄生廿有二年。五歲讀書，七歲而能聲對，九歲而能詩賦，十有三歲而應舉之文盡通，自以為所學止於是矣，於是始欲息乎其所已學，以勤乎其所未學。日取《大學》、《論語》、《孟子》、《中庸》四書讀之，而以濂、洛、關、閩諸君之說參焉，其大本大原固已異。”看來他年輕之時也是首先學習詩詞曲賦，但他覺得那些書讀來不過癮，而後就讀到了《四書》，於是終於讓他明白了理學是怎樣的一個體系。尤其當他讀到了朱熹的《大學章句》，他對這本書特別喜歡，每天清晨起來，他都經朗誦這部書二十遍。這樣的舉措他竟然堅持了三年。
在他16歲時，他的祖父吳鐸到撫州參加鄉試，吳澄也隨同前往，他在這裡結識了臨汝書院山長程若庸，這件事對吳澄很重要，因為程若庸是朱熹的三傳弟子，因為程若庸的老師是饒魯，而饒的老師是黃榦，黃榦又是朱子的正傳，吳澄拜程若庸為師，吳澄就成為了朱熹的四傳弟子。
能夠得到這樣的正傳，吳澄也很是欣喜，於是他以復興理學為己任，在他19歲那年，他做了份《道統圖》，他在文中稱：“道之大原出於天，……堯舜而上，道之元也；堯舜而下，道之亨也；洙泗鄒魯，道之利也；濂洛關閩，道之貞也。分而言之，羲皇則上古其元乎；堯舜其亨；禹湯其利；而文武周公其貞也。夫子其中古之元乎，顏曾其亨，子思其利，而孟子其貞也。至於周子，則我朝之元也；程張，則我朝之亨也；朱子，則我朝之利也，然則孰為我朝之貞乎哉？未有也。然則其責可以終無所歸哉？”
吳澄根據《易經》中的元、亨、利、貞作為排列道統的不同階段，他首先把道統分為上古、中古和近古三個時期，每個時期再用元、亨、利、貞來分節，堯舜之前是元，堯舜是亨，孔子是利，周敦頤、二程、張載、朱子是貞。以上是吳澄說出的總論。
而按照三個歷史階段做出的分論則為——上古時期：羲皇是元，堯舜是亨，禹湯是利，周文王、周武王、周公是貞；中古時期：孔子為元，顏子、曾子為亨，子思為利，孟子為貞；近古時期：周敦頤為元，二程、張載為亨，朱熹為利，而最後一位的貞，吳澄卻說沒有。很顯然，他認為理學到了本朝的貞是虛位以待，而其潛臺詞恐怕是除了自己，沒人能任此位。
吳澄撰《儀禮逸經傳》民國十一年上海商務印書館影印張氏照曠閣《學津討原》本，書牌
吳澄撰《儀禮逸經傳》民國十一年上海商務印書館影印張氏照曠閣《學津討原》本，卷首
由這段敘述可知，吳澄把自己視之為自朱子以來理學的正統傳承人，然而未曾想到的是，因為他觀念的不純正，他在朝中為此受到了打擊。
元至大元年，吳澄被任命為國子監丞，他上任之後就對國子監的教學體系進行了改革，他的改革遭到了國子監內很多人的反對，原因是吳澄在國子監的講演中表揚了心學代表人物陸九淵：“朱子道問學工夫多，陸子靜卻以尊德性為主。問學不本於德性，則其弊偏於言語訓釋之末，果如陸子靜所言矣。今學者當以尊德性為本，庶幾得之。”
在這裡，吳澄將陸九淵與朱熹並提，同時他強調朱、陸兩家的觀念比較滯後，而陸的所言似乎更利於教學。在此之前，元代國子監的興起跟許衡有很大關係，許去世後，在國子監內任職的官員大多是許衡的弟子，而吳澄的言論顯然要變革許當年制定下來的章程，吳的做法引起了這些人的堅決反對，所以他在國子監任職兩年多後就辭職返鄉了。
那麼，吳澄的觀念究竟是朱學還是陸學呢？對於這一點，後世有著廣泛的爭論，吳立群先生在《吳澄理學思想研究》一書中對此問題總結出四個說法，第一是“和會朱陸”，這種觀點認為吳澄是融合了朱、陸兩家的觀念，持這種觀點者有日本學者福田殖；第二種觀點則是認為吳澄“宗陸背朱”，文中引用了侯外廬等在《宋明理學史》中的說法：“在饒魯之後，其學傳至吳澄。吳澄在‘和會朱陸’中，比起饒魯來說，走得更遠一些，以至有‘宗陸背朱’之嫌。”；而第三種觀點則是“宗朱兼陸”，徐遠和在《理學與元代社會》一書中說：“從總體上說，吳澄宗朱兼陸，不私一家，不失大家風範。”；第四種觀點則認為吳澄是“後朱子學”，持這種觀點者有方旭東，其在《吳澄哲學思想研究》一文中稱：“在心性方面，吳澄有關性情的看法也浸透了程朱的性體情用思想。”
究竟哪種觀點更接近正確呢？吳立群在該書中做出了三方面的結論，首先說吳澄是朱熹的嫡傳，這就源於前面所談的朱熹四傳後到了吳澄這裡，而吳澄自己也以此自居，並且到了他的晚年，他認為自己的長相越來越像朱熹，他在60歲時請本鄉的劉壽翁給自己畫了幅畫像，他給這幅畫像題了這樣一段文字：“里人劉壽翁為予寫真，見之者鹹曰：‘此朱夫子像也。’其有若之似歟？抑陽虎之似歟？予為此想，識者鑑焉。草廬六十翁始生之日題。”
看來不少人都誇讚這幅畫像特別像朱子，而吳澄在題語中還希望自己不但長得像朱子，同時還能繼承朱子所傳下來的道統，可見他對朱子有著特別高的崇敬之心。然而，這裡有一個問題，那就是他的理學觀念得自程若庸，而程又是饒魯的弟子，其實到了饒這裡，程朱理學的觀念就已經不純正，黃宗羲在《宋元學案》中引用了其他人對饒魯的評價：“雙峰亦勉齋之一支也，累傳而得草廬，說者謂雙峰晚年多不同於朱子，以此詆之。”
而全祖望也在該書中的《雙峰學案》中說了這樣一段話：“草廬嘗曰：‘朱子《中庸章句》、《或問》，擇之精、語之詳矣。惟精也，精之又精，鄰於巧；惟詳也，詳之又詳，流於多。其渾然者，巧則裂；其粲然者，多則惑。澄少讀《中庸》，不無一二與朱子異。後觀饒伯輿父所見亦然，恨生晚，不獲就正之。’則雙峰蓋亦不盡同於朱子者。”看來，從饒魯那裡就已經改變了朱子的一些觀念。這樣遞傳下來，到了吳澄時，當然他的所學也就不是程朱的正統。
也可能是因為這個原因，吳澄對陸九淵也特別推崇，因此，吳立群在其專著中把這一些的題目寫成“私淑象山”。
吳澄參閱《通鑑攬要前編》二卷，清乾隆二十五年飛鴻堂刻巾箱本
其實從吳澄說過的話來看，他對陸九淵的誇讚甚至超過了朱熹：“嗚呼！道在天地間，今古如一，人人同得。……先生之道如青天白日，先生之語如震雷敬霆。雖百數十年之後，有如親見親聞也。……嗚呼！居之相近若是，其甚也，世之相去若是，其未遠也。可不自愧、自惕而自奮與？勿徒以先生之學付之於其言也。”（《象山先生語錄序》）
吳澄把陸九淵的心學視之為青天白日，他的這種極端誇讚在朱子之學一統天下的元代，當然會受到太多人的指責。面對這些指責，吳澄不以為然：“朱子之教人也，必先之讀書講學，陸子之教人也，必使之真知實踐。讀書講學者，固以為真知實踐之地；真知實踐者，亦必自讀書講學而入。二師之為教，一也。”（《送陳洪範序》）
吳澄說，朱子教學首先是讓人讀書，而陸子的教學則是先讓人實踐，而讀書與實踐其實都對讀書人有用，並且各有各的好處，所以他認為朱學與陸學其實沒什麼區別。同時，吳立群又認為吳澄的思想也“遠契邵、周、程”。吳澄把這麼多的觀念融合在一起，因此吳立群將吳澄的學術觀總結為：“吳澄治學已突破門戶之藩籬，其學術傾向非師承可以範圍。以朱學、陸學或和會朱陸看待其學術思想，是無法理解其思想的複雜性與深刻性的。”
但是方旭東先生則認為吳澄的思想還是更接近於朱熹，他在《吳澄評傳》一書中總結到：“總的來看，吳澄的思想學術，受朱熹的影響最為明顯。在主觀上吳澄也一再以接續朱熹之學自任。可貴的是，吳澄並不株守朱學門戶。事實上，吳澄廣泛吸收了宋儒的其他思想遺產，並加以個人的綜合與發展。”而湯一介等主編的《中國儒學史》中也有這樣的認定：“就氣象風格而論，吳澄終是近朱熹，偏於戒慎一路。”
雖然如此，其實吳澄也有著自己的心學觀，但他所認定的心學，應該是廣義上的說法。一般而言，心學都是指陸九淵所強調的一種思想方式，而吳澄則認為，從堯舜開始一直到周敦頤、二程等都有心學觀念，他在《仙城本心樓記》中說：“以心為學，非特陸子為然，堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔、顏、曾、思、孟，以逮邵、周、張、程諸子，蓋莫不然。故獨指陸子之學為本心學者，非知聖人之道也。”
那麼，吳澄所說的心學究竟是怎樣的概念呢？他在《王學心字說》中總結到：“邵子曰‘心為太極’，周子曰‘純心要矣’，張子曰‘心清時，視明聽聰，自然恭謹，四體不待羈束而自然恭謹’，程子曰‘聖賢千言萬語，只是教人將已放之心約之使入身來’。”
吳澄撰《道德真經注》清咸豐三年至五年南海伍氏刻本，書牌
吳澄撰《道德真經注》清咸豐三年至五年南海伍氏刻本，序言
吳澄撰《道德真經注》清咸豐三年至五年南海伍氏刻本，卷首
吳澄在這裡總結出了邵雍、周敦頤、張載、二程的說法，他想以此來證明程朱理學的這些正統人物，其實都說過心。然而細品這些人的所言，其實他們所說的心跟陸九淵所強調的觀念，還是有著很大的差異。
而對於吳澄的這個總結，方旭東在《吳澄評傳》中做出瞭如下的評價：“本來，心性論是宋代儒學的一個重要組成部分。但是，南宋以來，漸漸形成一種傾向，即把陸九淵之學專門稱為心學或本心學，且毫不客氣地指摘其與禪學相通，連帶之下，一般人往往諱言宋儒之心說。吳澄所做工作正是拔除此流俗之見，使被遮蔽的宋代心學重放光芒。他既肯定孟子學為‘陸學之所從出’，同時又認為邵、張、周、程‘皆得孟子之正傳者也’。”
也正因如此，吳澄也有著自己的理氣論，比如他認為宇宙的形成是陰陽兩氣交合的結果：“天地之初，混沌鴻蒙，清濁未判，莽莽蕩蕩，但一氣爾。及其久也，其運轉於外者漸漸輕清，凝聚於中者漸漸重濁，輕清者積氣成象而為天，重濁者積塊成形而為地，天之成象者日月星辰也，地之成形者水火土石也。”
他的這種說法顯然是受了邵雍思想的影響，而他同時還認為人與自然都有著相對應之處：“人稟氣於天，賦形於地。耳目口鼻為首，猶天之日月星辰也；脈髓骨肉為身，猶地之水火土石也。心膽脾腎四髒屬天，肺肝胃膀胱四髒屬地。指節十二，合之二十四，有天之象焉；掌文後高前下，山峙水流，有地之法焉。”
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