人民法院審理行政協議案件，在對行政協議進行效力性審查的同時，亦應當對行政機關訂立行政協議行為的合法性進行審查，並作出相應裁判。搬遷協議、拆遷協議、徵收協議等，如果因為行政機關主體無法定職權、行政程序違法、適用法律錯誤等被撤銷，但
涉案協議系雙方基於真實意思表示自願達成，且已經實際履行完畢，補償協議的內容未損害被被拆遷人或被徵收人的合法補償權益，人民法院在確認行政行為違法的同時，不會判決行政機關重新作出行政行為。
最高人民法院公佈的行政協議典型案例------安吉展鵬金屬精密鑄造廠訴安吉縣人民政府搬遷行政協議案
（一）基本案情
2012年5月18日，中共安吉縣委辦公室、安吉縣人民政府辦公室印發安委辦［2012］61號文件設立安吉臨港經濟區管理委員會（以下簡稱臨港管委會）。2013年12月30日，安吉縣編制委員會發文撤銷臨港管委會。2015年11月18日，湖州振新資產評估有限公司接受安吉臨港經濟區管理委員會（以下簡稱臨港管委會）委託對安吉展鵬金屬精密鑄造廠（以下簡稱展鵬鑄造廠）進行資產評估，並出具《資產評估報告書》，評估目的是拆遷補償。2016年1月22日，臨港管委會與展鵬鑄造廠就企業搬遷安置達成《企業搬遷補償協議書》，約定臨港管委會按貨幣形式安置，搬遷補償總額合計1131650元。協議簽訂後，合同雙方均依約履行各自義務，2017年7月12日，展鵬鑄造廠以安吉縣人民政府為被告提起訴訟，請求判令被告作出的《企業搬遷補償協議書》的具體行政行為違法應予以撤銷，並責令依法與其重新簽訂拆遷補償協議。
（二）裁判結果
經湖州市中級人民法院一審，浙江省高級人民法院二審認為，行政協議既有行政性又有契約性。基於行政協議的雙重性特點，在行政協議案件司法審查中應堅持對行政機關行政協議行為全程監督原則、雙重審查雙重裁判原則。在具體的審查過程中，既要審查行政協議的契約效力性，又要審查行政協議行為特別是訂立、履行、變更、解除行政協議等行為的合法性。本案中，臨港管委會系由安吉縣人民政府等以規範性文件設立並賦予相應職能的機構，其不具有獨立承擔法律責任的能力，無權以自己的名義對外實施行政行為，該管委會被撤銷後，更無權實施簽約行為。雖然安吉縣人民政府追認該協議的效力，並不能改變臨港管委會簽訂涉案補償協議行為違法的事實。但是，涉案補償協議系雙方基於真實意思表示自願達成，且已經實際履行完畢，補償協議的內容未並損害展鵬鑄造廠的合法補償權益，在安吉縣人民政府對涉案補償協議予以追認的情況下，協議效力應予保留。故判決確認安吉縣人民政府等設立的臨港管委會與展鵬鑄造廠簽訂案涉協議的行為違法；駁回展鵬鑄造廠要求撤銷案涉協議並依法與其重新簽訂拆遷補償協議的訴訟請求。
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