馬耳他騎士團全稱是耶路撒冷、羅得島及馬耳他聖約翰主權軍事醫院騎士團，是世界上唯一一個沒有領土卻還被聯合國承認的主權國家。總部馬耳他宮位於意大利羅馬孔多迪大街68號，面積1.2萬平方米，但是這塊土地的主權歸屬於意大利，只是租借給馬耳他騎士團。所以馬耳他騎士團沒有領土。
馬耳他騎士團的前身是耶路撒冷聖約翰醫院騎士團，公元1099年，在耶路撒冷的醫院成立，主要工作是照顧傷患和朝聖者。1113年教廷承認其獨立地位，不受任何政權領導，只受教皇節制。1120年，醫院騎士團發展成為耶路撒冷王國一支重要的軍事力量，以武力保護朝聖者不被異教徒攻擊。1178年，埃及穆斯林出兵攻打十字軍，在巴勒斯坦爆發哈丁之戰，醫院騎士團的主力全軍覆沒。1291年，耶路撒冷王國的都城阿卡被穆斯林佔領，醫院騎士團被迫放棄巴勒斯坦，前往塞浦路斯。
1309年醫院騎士團來到羅得島，並用海軍阻止了穆斯林向地中海的擴張。1480年擊敗了土耳其奧斯曼帝國160艘戰船的入侵。1522年奧斯曼帝國蘇萊曼大帝出兵10萬，400艘戰船，圍攻羅得島，而島上的醫院騎士團只有7000人。但醫院騎士團依舊堅持了3個月，才被迫撤出羅得島，前往歐洲大陸。
1530年奉教皇和神聖羅馬帝國皇帝之命，醫院騎士團從歐洲大陸來到馬耳他。並每年向西西里王國交納一塊錢的租金，租借馬耳他島。醫院騎士團在馬耳他島上建立馬耳他騎士團國，從此被稱為馬耳他騎士團。奧斯曼帝國對此相當不滿，1565年蘇萊曼大帝出兵5萬圍攻馬耳他。馬耳他騎士團只有2000人，外加5000老百姓，幸好西班牙軍隊及時趕來支援，最終土耳其軍隊損失三萬多人，被迫撤退。馬耳他騎士團國獲得很長時間的和平。1571年土耳其人再次派出海軍準備圍攻馬耳他，但還在半路上就全部被西班牙的無敵艦隊擊沉。此後馬耳他騎士團國進入鼎盛，船隻在海上橫行無阻。
1798年，拿破崙佔領馬耳他島，迫使馬耳他騎士團投降。馬耳他騎士團前往俄羅斯尋求庇護。1802年法國和英國簽訂《亞眠條約》，規定將馬耳他的主權交還給馬耳他騎士團，但是又不允許馬耳他騎士團回到馬耳他島。1834年在羅馬租借土地，修建1.2萬平方米的馬耳他宮作為總部，馬耳他騎士團得以再次穩定。
馬耳他騎士團沒有實際的領土，但是被聯合國列為觀察員國，與世界上104個國家建立了正式的外交關係，其特殊性在世界上絕無僅有。2013年馬耳他騎士團約有8000名成員。這就是馬耳他騎士團的歷史。
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