蛋白相互作用在信號通路研究中較為常見，經典的方法有：CO-IP、GST-pulldown、酵母雙雜交系統。相較於酵母雙雜交、pull down等方法，CO-IP之所以能成為蛋白互作的經典方法，是因為--它捕獲的蛋白互作發生在所研究的特定組織細胞內，保存了互作蛋白及複合體的“
內源”狀態。
一、注意事項：
（1）細胞裂解採用溫和的裂解條件：不能破壞細胞內存在的所有蛋白質－蛋白質相互作用，多采用非離子變性劑（NP40 或Triton X-100)。
（2）使用對照抗體：
單克隆抗體：正常小鼠的IgG或另一類單抗
兔多克隆抗體：正常兔IgG
(3) 確保共沉澱的蛋白是由所加入的抗體沉澱得到的，而並非外源非特異蛋白，單克隆抗體的使用有助於避免汙染的發生；
(4) 確定蛋白間的相互作用是發生在細胞中，而不是由於細胞的溶解才發生的，這需要進行蛋白質定位來確定。
（5）要確保抗體的特異性，即在不表達抗原的細胞溶解物中添加抗體後不會引起共沉澱；
二、常見問題
（1）protein的選擇
注：protein A的載量高
Protein G可以結合更多種屬和亞型的抗體，並且結合力更強
二者可以單獨使用，也可以混合使用
（2）細胞裂解液的選擇？
為了保持目的蛋白本身及其互作蛋白、複合體的天然狀態，不遺漏互作蛋白信息，CO-IP樣品的蛋白提取應該注意：不使用SDS、Sodium deoxycholate等去離子型去垢劑，不能用尿素、硫脲等強變性劑，也不能經過丙酮/TCA沉澱等導致蛋白變性的有機試劑處理。只能使用如1%的NP40破壞掉細胞膜，獲得胞漿蛋白，1%的TritonX-100破壞核膜，獲得核蛋白。
儘管CO-IP作為研究蛋白互作經典方法之一，仍有一定的缺點：（1）可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質－蛋白質相互作用；（2）兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者（間接結合）在中間起橋樑作用。
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