一般而言，蒙元是指鐵木真1206年統一蒙古高原諸部稱汗，直至其孫子忽必烈1260年建元中統，1368年元朝亡於明朝的150餘年期間。
黃金家族在開始征服戰爭的前期，也就是在鐵木真1206年稱汗到1260年忽必烈建元“中統”的半個多世紀時間裡，其軍事的組織模式基本上還是沿襲了遊牧民族傳統的體系，但隨著時間的推移和征服地域的迅速擴大，軍事組織和制度也不斷根據新情況進行重大調整和改革。
1260年以後，黃金家族的征服戰爭從整體上看是基本停止了，而統治進入了相對平穩階段，這樣軍事組織也就適應實際，逐漸走向宿衛（衛戍大都和上都）和鎮戍（帝國本土全境）相結合的國土防衛體系。
（蒙元軍隊/來自網絡）
【探馬赤軍】
鐵木真時代早期“兵民一家”，這是因為黃金家族雖然統一了蒙古高原各遊牧部落，但兵員的來源和保持軍隊的持續戰鬥力依然主要要靠蒙古人自身來解決，而那時的汗國經濟還很落後，人力資源相當有限，不可能由國家承擔巨大的軍事開支和後勤保障工作，所以只能寓軍於民，首先將百姓按戶編為萬戶、千戶、百戶等形式，分別由不同層級的骨幹人員來領導，或通過戰功賦予特定人員以管轄的權力。
《元史兵志一》載：“若夫軍士，則初有蒙古軍、探馬赤軍。蒙古軍皆國人（即蒙古族人），探馬赤軍則諸部族也。
那時候的探馬赤軍，主要由黃金家族非常信任的弘吉剌、兀魯兀惕、忙兀惕、札剌兒、亦乞烈思等五部人馬組成，所以探馬赤軍是作為一支比較能打硬仗的、靠得住的緣由而建立的，並且逐漸在各地駐守以保持正常帝國統治的需要。
這樣一來，汗國不需要設立龐大的常備軍，而普通百姓在平時進行遊牧生活，並聚群而居，一旦有戰事，每帳都要派出戰士，並且為其提供充足有效的後勤保障，簡而言之，就是那時蒙古軍隊的幾乎所有工作都由每戶牧民來承擔和完成。事實證明，這種軍事組織形式非常適應汗國初期的征服戰爭需要。
（參見拙作）
當然，在一場戰役勝利以後，黃金家族固然要佔有最多的財富，但是畢竟要拿出很大的部分來犒賞或補償給付出甚多的牧民們。
隨著黃金家族的不斷擴張，特別在佔有了中亞和消滅了西夏、金朝以後，士兵的來源大大擴大了，而征服戰爭的主要目標南宋，又具備先進的封建社會的軍事組織，是塊“難啃的骨頭”，蒙古人進一步完善了其軍事組織，蒙古軍的變化不大，作為常規部隊基本上保持戰鬥力就可以了，但是為了統治所征服地區特別巨大的定居軍民地域的需要，就必須擴大探馬赤軍，這樣一來，探馬赤軍就大大增加了諸如漢化了的契丹人、女真人以及中亞和西亞的色目人等，當然這些人事先要經過嚴格的甄選。
（當代蒙古美女/來自網絡）
【怯薛軍】
鐵木真在統一蒙古各部之前還成立了自己的“親軍”——怯薛。
這個軍種最初來源於遊牧民族領袖一般都有的“伴當”（蒙古語中的僕從或家人之意），後來逐漸成為一種軍事建制，這種獨特的軍事組織形式帶有濃厚的草原社會特點。怯薛人員的組成和要求比探馬赤軍要更加嚴苛，對黃金家族成員的生命財產安全負有不可替代的責任，所以怯薛軍人的家人可以獲得比所有軍事組織都要多的財富和牧場。
怯薛的另一個功能是“質子”功能，在黃金家族征服的地域中，不僅有眾多的民族，而且還有很多實力很強大的民族共同體或國家，為了保持帝國的長期統治，鐵木真和他的後人們也借鑑了漢地古往今來的“質子”形式，即要求一些歸降或被征服民族、國家首領的兒子從小就加入到怯薛軍中，通過這種形式既有效地進行了羈縻，又造就了一批蒙古化了的各民族首領。
當然，有些質子是很多部族、民族首領們心甘情願地送到怯薛軍中來的。
不僅如此，因為怯薛成員來源於皇親貴戚，深受歷代汗（皇）的信任，所以在忽必烈入主中原以前，怯薛還不單純是一個精銳的軍事組織，而且擔負著許多重要的政府職能，比如怯薛的成員的行政職級和待遇一直很高，遠遠超出了一般野戰部隊；比如它的一些成員往往是地方大員的“後備幹部”，隨時有可能被朝廷派往各地擔任重要的行政官員崗位，而且怯薛這個機構本身就經常代表黃金家族處理軍事以外的大量治國工作。
“責權利相結合”的怯薛人員待遇之高，在中國和世界軍事史上都屬罕見：即使是最普通怯薛兵士，每人都終生配有至少4名隨從，鞍前馬後進行照料飲食起居；任何一位普通兵士的官階都在千戶長之上，換句話說，在戰場上一個怯薛並可以指揮1000人以上的部隊。
初期怯薛的領導地位相當高，比如鐵木真1206年稱汗以後，不僅大大擴充了怯薛的編制，使之達到了數萬人的規模，而且按照輪班執勤的原則，將其分為四個輪值組，分別由著名的“四傑”即博爾忽、博爾術、木華黎、赤老溫領銜並規定由其後裔世襲官職。
曾經一度因為種種原因，鐵木真還親自兼任過一段時間的怯薛領導人。
即使到元末，怯薛的職能、職責、權力大大萎縮了，其政治地位和經濟待遇依然相當高。
（參見拙作）
【集團化野戰部隊】
到1260年左右時，黃金家族的軍事組織已經非常完善了。
從軍種看，野戰部隊有負責大兵團作戰的蒙古軍，有適合平原和農耕地區作戰的漢軍（包括契丹、女真、党項人），還有可以配合城市攻堅戰大理國、南宋等歸降的新附軍，有負責治安、鞏固統治的內衛部隊探馬赤軍，也有裝備精良、專事領袖護衛的怯薛軍；從兵種看，為了征服江南和華南水鄉地區，帝國在南宋降軍基礎上組建了水軍，整合了後勤裝備資源，組建了專業的輜重兵工系統，同時還建立和發展了專業的火器兵種。
此外，黃金家族還針對不同地區的戰爭特點，建立了僱傭軍制度，比如在攻擊伊拉克、波斯、埃及等穆斯林地區時，他們就把亞美尼亞、格魯吉亞等東正教的民族軍隊編入帝國軍隊序列，進行統一調度和指揮；在帝國的怯薛和探馬赤軍中，甚至還吸納了為數眾多的歐洲被征服地區的兵士。
忽必烈建立元朝後，欽察、察合臺、伊利三大汗國各自為政，征服工作基本告一段落。
元朝基本上逐漸接受了中原軍事組織制度和組織形式，到忽必烈執政中後期，其軍事組織成為漢地定式與遊牧民族傳統的有機結合體。
《元史兵志》中這樣記述軍力結構和軍事組織形式：“元制，宿衛諸軍在內，而鎮戍諸軍在外，內外相維，以制輕重之勢。”
參考書目：
1、《黃金家族-成吉思汗和他的繼承者們》
2、《一本書讀懂中國史》
3、《大遼帝國》
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