- 皇帝與教宗的爭鬥
962年奧托一世在羅馬由教宗約翰十二世加冕稱帝，成為羅馬皇帝，有趣的是次年奧托便廢黜約翰十二世，另立教宗，開啟了歷史上皇帝與教宗長期鬥爭的序幕。而羅馬作為天主教的中心，意大利便代表教廷與德國的皇帝長期對立。
1046年，皇帝亨利三世曾來到意大利直接廢黜了三位教宗，扶植虔誠知識淵博的奧托九世登上教宗之位，他也推動了教會的改革，教廷提出了禁止買賣聖職，教士結婚，世俗控制教會的任命等等改革，這些同時也導致天主教會與東方正教會關係變得更差，對世俗的要求也讓意大利徹底去除了希臘皇帝的痕跡。
希爾德布蘭德是一名虔信徒，一生便是為了將上帝的正義遍佈世界。1072年，皇帝亨利四世為反對改革的大主教進行授職禮，次年希爾德布蘭德在全體紅衣主教投票贊成下，被選為教宗成為了奧托九世的繼承人，希爾德布蘭德積極推動改革，1075年，教廷頒佈禁止世俗人主持授職禮的命令，直接將皇帝亨利四世逐出教會。
因為遭到貴族的反對，亨利四世不得不前往教廷，祈求教宗恕罪，而教宗卻怕亨利四世有敵對行為逃走了，1077年這個冬天，亨利四世在卡諾沙城堡的院子裡站了三天，亨利四世答應服從之後得到寬恕，雖然不知道是不是真心的。
這看起來是教廷的勝利但很快皇帝的反擊來了，後來教宗又將亨利四世逐出教會，並立亨利在德國的敵人為王，德國主教會迅速做出反制，下令罷黜希爾德布蘭德，1084年亨利出兵意大利，正應了那句話“教宗有幾個師”，希爾德布蘭德完全不是亨利的對手，逃到了支持者的領地後來佔領的意大利南部的諾曼底人帶到了薩勒諾，1085年死在了那裡。
- 南方的戰事
南意大利早在中法蘭克時期就在南部的薩拉森人不斷侵襲，後來北部的倫巴第人南下，東方的希臘人渡海襲來，三方不斷爭奪中到了11世紀，諾曼底的騎士來到這裡，起初他們是以僱傭兵的形式參與這裡的戰爭。
後來他們如同在北方的同族一樣，要求以土地作為報酬，1053年，在奇維塔泰戰役中，諾曼底人俘虜了教宗利奧九世，他們釋放教宗並得到了教宗的祝福，1059年教宗尼古拉二世將諾曼底人歐特維爾家族的羅伯特佔領的土地賜封給羅伯特，這讓諾曼底人和教宗在南意大利都有了法理依據。
羅伯特的弟弟羅傑征服了西西里島，羅伯特死後南意大利和西西里島幾乎完全掌握在歐特維爾家族中，後來羅傑的同名兒子統一了父親和伯父的領地，1130年加冕為西西里國王。此時的西西里在歐洲只有同被諾曼底人征服的英格蘭能夠匹敵。
1189年歐特維爾家族的最後一位西西里國王去世，而繼承權落到了已經嫁給神聖羅馬帝國皇帝的科斯坦察手中，皇帝為妻子奪回了西西里王位，他們的兒子腓特烈二世同時繼承帝國皇帝和西西里王位，這是羅馬帝國之後意大利的亞平寧半島的第一次統一。
可惜1266年，腓特烈私生子曼弗雷迪在統治了15年的西西里王國被法國安茹人奪走，1282年西西里晚禱之後，西西里島和南意大利的那不勒斯地區分裂，官方都稱為西西里王國（不勒斯地區一般被稱為那不勒斯王國），直到1816年西西里王國與那不勒斯王國才合併為兩西西里王國。
- 脫離神聖羅馬帝國
在教宗和皇帝的明爭暗鬥與各族的入侵中，北意大利的城邦通過發展地中海商路而繁榮富庶，而南部由於戰爭和侵襲而變得貧窮。14世紀，東羅馬帝國隕落，繁華的商路不僅帶來了財富，還帶來了東羅馬帝國的“遺產”，不同的文化在此交融，文藝復興出現了。
文藝復興推動文化的發展，促進人民的覺醒，後來就是在神聖羅馬帝國爆發了宗教改革，全歐洲幾乎所有國家以天主教與新教為背景在神聖羅馬帝國爆發了三十年戰爭。1648年，皇帝與天主教的教宗輸了，《威斯特伐利亞和約》簽訂，戰後諸侯國自立，其內部分裂變成不可逆轉，令神聖羅馬帝國變得名存實亡，如伏爾泰說的一般：“既不神聖，也不羅馬，更非帝國。”
北意大利基本脫離神聖羅馬帝國的控制，意大利和德國從這以後除了某個科西嘉怪物以外再也沒有在被同一個政權統治過。1861年兩西西里王國併入新成立的意大利王國，亞平寧半島終得統一。
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