- 皇帝与教宗的争斗
962年奥托一世在罗马由教宗约翰十二世加冕称帝，成为罗马皇帝，有趣的是次年奥托便废黜约翰十二世，另立教宗，开启了历史上皇帝与教宗长期斗争的序幕。而罗马作为天主教的中心，意大利便代表教廷与德国的皇帝长期对立。
1046年，皇帝亨利三世曾来到意大利直接废黜了三位教宗，扶植虔诚知识渊博的奥托九世登上教宗之位，他也推动了教会的改革，教廷提出了禁止买卖圣职，教士结婚，世俗控制教会的任命等等改革，这些同时也导致天主教会与东方正教会关系变得更差，对世俗的要求也让意大利彻底去除了希腊皇帝的痕迹。
希尔德布兰德是一名虔信徒，一生便是为了将上帝的正义遍布世界。1072年，皇帝亨利四世为反对改革的大主教进行授职礼，次年希尔德布兰德在全体红衣主教投票赞成下，被选为教宗成为了奥托九世的继承人，希尔德布兰德积极推动改革，1075年，教廷颁布禁止世俗人主持授职礼的命令，直接将皇帝亨利四世逐出教会。
因为遭到贵族的反对，亨利四世不得不前往教廷，祈求教宗恕罪，而教宗却怕亨利四世有敌对行为逃走了，1077年这个冬天，亨利四世在卡诺沙城堡的院子里站了三天，亨利四世答应服从之后得到宽恕，虽然不知道是不是真心的。
这看起来是教廷的胜利但很快皇帝的反击来了，后来教宗又将亨利四世逐出教会，并立亨利在德国的敌人为王，德国主教会迅速做出反制，下令罢黜希尔德布兰德，1084年亨利出兵意大利，正应了那句话“教宗有几个师”，希尔德布兰德完全不是亨利的对手，逃到了支持者的领地后来占领的意大利南部的诺曼底人带到了萨勒诺，1085年死在了那里。
- 南方的战事
南意大利早在中法兰克时期就在南部的萨拉森人不断侵袭，后来北部的伦巴第人南下，东方的希腊人渡海袭来，三方不断争夺中到了11世纪，诺曼底的骑士来到这里，起初他们是以雇佣兵的形式参与这里的战争。
后来他们如同在北方的同族一样，要求以土地作为报酬，1053年，在奇维塔泰战役中，诺曼底人俘虏了教宗利奥九世，他们释放教宗并得到了教宗的祝福，1059年教宗尼古拉二世将诺曼底人欧特维尔家族的罗伯特占领的土地赐封给罗伯特，这让诺曼底人和教宗在南意大利都有了法理依据。
罗伯特的弟弟罗杰征服了西西里岛，罗伯特死后南意大利和西西里岛几乎完全掌握在欧特维尔家族中，后来罗杰的同名儿子统一了父亲和伯父的领地，1130年加冕为西西里国王。此时的西西里在欧洲只有同被诺曼底人征服的英格兰能够匹敌。
1189年欧特维尔家族的最后一位西西里国王去世，而继承权落到了已经嫁给神圣罗马帝国皇帝的科斯坦察手中，皇帝为妻子夺回了西西里王位，他们的儿子腓特烈二世同时继承帝国皇帝和西西里王位，这是罗马帝国之后意大利的亚平宁半岛的第一次统一。
可惜1266年，腓特烈私生子曼弗雷迪在统治了15年的西西里王国被法国安茹人夺走，1282年西西里晚祷之后，西西里岛和南意大利的那不勒斯地区分裂，官方都称为西西里王国（不勒斯地区一般被称为那不勒斯王国），直到1816年西西里王国与那不勒斯王国才合并为两西西里王国。
- 脱离神圣罗马帝国
在教宗和皇帝的明争暗斗与各族的入侵中，北意大利的城邦通过发展地中海商路而繁荣富庶，而南部由于战争和侵袭而变得贫穷。14世纪，东罗马帝国陨落，繁华的商路不仅带来了财富，还带来了东罗马帝国的“遗产”，不同的文化在此交融，文艺复兴出现了。
文艺复兴推动文化的发展，促进人民的觉醒，后来就是在神圣罗马帝国爆发了宗教改革，全欧洲几乎所有国家以天主教与新教为背景在神圣罗马帝国爆发了三十年战争。1648年，皇帝与天主教的教宗输了，《威斯特伐利亚和约》签订，战后诸侯国自立，其内部分裂变成不可逆转，令神圣罗马帝国变得名存实亡，如伏尔泰说的一般：“既不神圣，也不罗马，更非帝国。”
北意大利基本脱离神圣罗马帝国的控制，意大利和德国从这以后除了某个科西嘉怪物以外再也没有在被同一个政权统治过。1861年两西西里王国并入新成立的意大利王国，亚平宁半岛终得统一。
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