防腐剂体系设计好以后，在生产过程中也需要采取严格控制措施，防止化妆品在生产过程中的污染（一次污染）。化妆品成分复杂，含有的许多营养物质是污染微生物生长的良好培养基，在化妆品的整个生产过程中，从原料进厂，经过多道工序制成产品，各种各样的因素均有可能导致微生物污染。分析化妆品生产过程中微生物污染的来源，采取相应的预防和控制措施，对于保证产品质量是非常必要的。
一、防止原料的污染
化妆品原料种类繁多，主要包括各种表面活性剂类、动植物油脂类、动植物蜡类、脂肪酸及其酯类、醇类、烃类、胶质类、糖类、淀粉类、蛋白质类、纤维素衍生物类、维生素类、无机盐类和粉剂填料类工业品。这些原料进厂前，大多未经灭菌处理，并且具备微生物生长繁殖的条件。许多革兰氏阴性菌在多数表面活性剂的媒介中均能很好地生长，革兰氏菌特别是单胞菌经常出现在多数化妆品原料中。另外，化妆品生产中使用大量的水，也有可能将微生物带入成品中。一般来讲，原料的质量在很大程度上决定成品的质量，所以，在化妆品的生产过程中必须建立原材料的检测程序，制定原料的微生物指标，采用严格的杀菌、除菌方法。原料贮存时容易污染，应采用防潮容器，按规定的温度和使用期限使用。对受到微生物污染的原材料，一般采用热杀菌、紫外线杀菌及过滤除菌、沉降除菌等方法。热杀菌方法对灭杀一般的微生物均十分有效。化妆品用水一般采用去离子水或蒸馏水，贮存几天后会产生各种杂菌。为保证用水的质量，应每日检测水中的微生物，如果没有明显问题出现，可减少测试频率，但这必须建立在已证明的有效系统基础上。但对水处理系统中微生物控制装置及各用水点，每星期至少进行一次微生物检验，假如有某一取水点测试结果超标，必须进行全面分析，直到找出原因并采取果断措施加以改正。
二、防止环境和设备的污染
生产环境中空气系统的设计针对工厂每一个区域的特殊要求而有所不同，它应考虑在操作区域所内的空气质量，这将要求几种不同的空气处理系统，这些系统要基于每一服务区域所需的空气质量来设计。这些系统的设计必须要考虑几个方面，包括进入空气的质量、温度、湿度、交换速度和系统设计对空气纯度的要求，并且要考虑进/出通风口的位置，以及控制气流模式的管道的布置。在潮湿地区，需定期对墙壁、天花板、地板、锅釜、搅拌桨、供料管和用具进行强力清洗和杀菌消毒，因为这些地方有利于微生物的生长繁殖。常用的消毒剂有次氯酸钠、甲醛、新洁尔灭、醋酸洗必泰和乙醇等。
三、防止包装的污染
包装材料（桶、瓶、盖）的不卫生会造成化妆品的微生物污染，需要清洗后再投入使用。特定的包装是保持化妆品质量的措施之一。同一类型产品的保存因其包装类型不同而有不同防止微生物污染的效果，乳液化妆品采用泵式包装的效果好；香波使用旋盖要比滑动盖的效果好。
四、防止操作人员的污染
人的皮肤、鼻、耳、口等均有微生物存在，毛巾如果在沾湿情况下一段时间后会含有大量微生物（包括革兰氏阳性菌），因此良好的个人卫生是控制微生物污染的有效方法，不执行良好个人卫生的员工将使以上所述的所有工作失去意义，尽管有最好的用品、设备、程序及好的清洁卫生操作，污染仍有可能发生。应穿戴清洁专用的卫生服、卫生帽、卫生鞋，并要求对生产人员的手进行消毒。一般是先用肥皂和水洗净再浸入含氯消毒液或75％乙醇中，或采用新洁尔灭和醋酸洗必泰进行消毒。
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