隨著農村工業化、城市化進程不斷加快，大批的農民私有房屋被夷為平地，拆遷量連年上升，由此引發的矛盾也日趨突出，從深層次進行剖析，有其制度性的根源，主要存在四個方面的問題：
第一，法律規範移位。房屋拆遷是公法行為，屬於對公民重大財產權的徵收。
政府之所以有權徵用土地，拆遷老百姓的房屋，不是基於它的土地所有權，而是基於主權行為，且具有憲法依據。
我國憲法第十條第三款規定：國家為了公共利益的需要，可以依照法律規定對土地實行徵收或者徵用。”
這一條款我們可以從兩方面去理解：
一是農村集體所有的土地可以徵用或徵收，徵收的對象包括動產和不動產不動產自然包括房屋與土地;
二是政府只有出於公共利益的需要，才能對土地實行徵收或徵用。
長期以來，農村房屋拆遷處於無法可依的狀態，對農民房屋的私有財產權，一直採取忽略或放任態度，在可見的法律法規中，房屋僅被包含在附著物”之中，嚴重混淆了農民土地的集體所有性質和房屋的私有性質。
地方政府在辦理農村房屋拆遷補償事宜時左要參照國有土地上的城市房屋拆遷補償辦法進行，有的甚至連參照的資格都沒有，農民公平受償權利在法律上就受到了不當的限制，把本該由卜位法保護的農民的合法財產權，移位於下位法，由地方性法規、規章及其以下的規範性文件擅自處分農民的財產。
這種法律的移位，這不能不說是我國法律的一大缺撼。
第二，農村上地所有權缺位。農村集體土地產權不清，是農村房屋拆遷農民權益得不到有效保護的深層次原因。
我國《憲法》第十條規定：農村和城市郊區的土地，除有法律規定屬於國家所有的以外，屬於集體所有;宅基地和自留地、自留山，也屬於集體所有。”
農民集體所有實質上是一種所有權主體缺位的所有制。農村集體土地所有權的代表究竟是誰，集體所有到底又歸誰所有?立法和實踐中都不甚明確，理論與現實是兩張皮。
自1982年5月14日國務院公佈《國家建設徵用土地條例》起，地方政府可以通過辦理徵地手續，支付遠遠低於市場價格的補償費，使農村集體土地產權發生變化。
由集體所有變更為國有後，這塊土地就可以進入土地市場，政府便能夠以超過補償費幾倍的價格出讓土地使用權。
巨大的經濟利益驅使許多地方政府大量徵用農村集體土地，以致耕地大量減少，農民行使土地權利受損。
第三，政府角色錯位。在農村房屋拆遷的實際操作過程中，政府的角色錯位表現在以下四個方面：
一是層層轉授行政權;使農民房屋拆遷補償得不到保障。
二是行政行為缺乏法律邊界，農民的公平受償權利受到不當限制。
三是行政機關不當干預，非法剝奪了農民的訴權。
四是行政權力過大，按照憲法和《立法法》的有關規定，政府無權制又強制拆遷的行政法規和規章。
在拆遷補償和安置方案不落實，人為降低補償安置標準，與農民沒有達成協議的情況下，便以公共利益為藉口，直接行使強制拆遷權，嚴重侵犯農民的利益。
第四、補償不到位。在農村房屋拆遷中，普遍採用的三種補償辦法均有明顯假疵：
一是“參照法”：即參照城市房屋拆遷進行補償。
二是“徵地法”：即先將土地變性質，再行補償。
三是“協商法”：即由拆遷人與被拆遷人相互商量決定補償。
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