随着农村工业化、城市化进程不断加快，大批的农民私有房屋被夷为平地，拆迁量连年上升，由此引发的矛盾也日趋突出，从深层次进行剖析，有其制度性的根源，主要存在四个方面的问题：
第一，法律规范移位。房屋拆迁是公法行为，属于对公民重大财产权的征收。
政府之所以有权征用土地，拆迁老百姓的房屋，不是基于它的土地所有权，而是基于主权行为，且具有宪法依据。
我国宪法第十条第三款规定：国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用。”
这一条款我们可以从两方面去理解：
一是农村集体所有的土地可以征用或征收，征收的对象包括动产和不动产不动产自然包括房屋与土地;
二是政府只有出于公共利益的需要，才能对土地实行征收或征用。
长期以来，农村房屋拆迁处于无法可依的状态，对农民房屋的私有财产权，一直采取忽略或放任态度，在可见的法律法规中，房屋仅被包含在附着物”之中，严重混淆了农民土地的集体所有性质和房屋的私有性质。
地方政府在办理农村房屋拆迁补偿事宜时左要参照国有土地上的城市房屋拆迁补偿办法进行，有的甚至连参照的资格都没有，农民公平受偿权利在法律上就受到了不当的限制，把本该由卜位法保护的农民的合法财产权，移位于下位法，由地方性法规、规章及其以下的规范性文件擅自处分农民的财产。
这种法律的移位，这不能不说是我国法律的一大缺撼。
第二，农村上地所有权缺位。农村集体土地产权不清，是农村房屋拆迁农民权益得不到有效保护的深层次原因。
我国《宪法》第十条规定：农村和城市郊区的土地，除有法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有;宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。”
农民集体所有实质上是一种所有权主体缺位的所有制。农村集体土地所有权的代表究竟是谁，集体所有到底又归谁所有?立法和实践中都不甚明确，理论与现实是两张皮。
自1982年5月14日国务院公布《国家建设征用土地条例》起，地方政府可以通过办理征地手续，支付远远低于市场价格的补偿费，使农村集体土地产权发生变化。
由集体所有变更为国有后，这块土地就可以进入土地市场，政府便能够以超过补偿费几倍的价格出让土地使用权。
巨大的经济利益驱使许多地方政府大量征用农村集体土地，以致耕地大量减少，农民行使土地权利受损。
第三，政府角色错位。在农村房屋拆迁的实际操作过程中，政府的角色错位表现在以下四个方面：
一是层层转授行政权;使农民房屋拆迁补偿得不到保障。
二是行政行为缺乏法律边界，农民的公平受偿权利受到不当限制。
三是行政机关不当干预，非法剥夺了农民的诉权。
四是行政权力过大，按照宪法和《立法法》的有关规定，政府无权制又强制拆迁的行政法规和规章。
在拆迁补偿和安置方案不落实，人为降低补偿安置标准，与农民没有达成协议的情况下，便以公共利益为借口，直接行使强制拆迁权，严重侵犯农民的利益。
第四、补偿不到位。在农村房屋拆迁中，普遍采用的三种补偿办法均有明显假疵：
一是“参照法”：即参照城市房屋拆迁进行补偿。
二是“征地法”：即先将土地变性质，再行补偿。
三是“协商法”：即由拆迁人与被拆迁人相互商量决定补偿。
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