西晉末年，先有八王之亂，後又流民起義，接著就是五胡亂華，北方陷入長期的戰亂，豪門世族紛紛南遷，史稱“衣冠南渡”。此後北方的主要矛盾就是各民族之間持續多年的仇殺，而同時期的南方並非世外桃源，它一樣有著非常複雜的政治矛盾，亂世的血腥戰爭並不比北方好多少。
司馬睿的抗爭
西晉懷帝司馬熾時代，東海王司馬越自知氣數已盡，打發司馬睿、王敦等人去江南任職，讓這一支的皇族遠親得以保存血脈，但是司馬睿是遠支皇族，素無名望，在江南並無強大的政治號召力。懷帝、閔帝在北方先後被前趙所滅，王敦、王導等人在江南擁立司馬睿稱帝，為東晉元帝，但朝廷兵權皆歸王敦，政權歸於王導，元帝其實是個傀儡皇帝。當時江南童謠唱：“王與馬，共天下”，實際上王家實力遠在司馬氏之上。
元帝在位期間之做了兩件大事，第一件是尋訪收留南逃的王室親眷。這件事做得卓有成效，先是找到了司馬越的遺孀裴氏，後是找到了羊獻容皇后的女兒清河公主。元帝對她們都很好，於是南逃的士族紛紛主動歸附。
元帝還做了一件大事，就是削弱王氏的勢力，但這件事沒做成，反而惹出了大麻煩。
元帝接受裴氏的建議，在建康（南京）定都，王家的府邸在南京烏衣巷，當時謝家尚未崛起，王家是烏衣巷最大的豪族。
司馬睿
元帝雖然是被王敦、王導所立，但他不願意做一個傀儡皇帝，於是提拔劉隗（音同“偉”）、刁協等人以制衡王氏，並疏遠王敦王導。王導性格比較忠厚，節操尚在，見元帝疏遠，於是韜光養晦去了。王敦性格與他完全不同。
從前王家兄弟在洛陽王愷家中參加宴會，當時王愷與石崇鬥富，也是豪奢無比。王愷命美人進酒，如果客人不喝，就殺美人。王導不忍美人被殺，每次都喝得大醉，王敦卻堅決不喝，王愷殺了好幾個美女他仍然不肯喝酒。王導勸他喝，他說：“他殺自家人，關我們什麼事呢？”王敦的性格可見一斑。
王敦見元帝想玩花樣，心裡很不屑，更加專權擅為。他提拔了一些親信到各地去領軍，又任命各州刺史，從前這類事至少還要在形式上先告知一下皇帝，現在連通報都免了。
元帝防範邊境為名，想給劉隗等人委任兵權，王敦非常憤怒，但一時沒有發作，主要是忌憚豫州刺史祖逖（就是和劉琨一起“聞雞起舞”的那位）。祖逖很忠義，手握重兵，又是個將才，且很有威望，但是祖逖劉琨兩人先後北伐，雖然一度優勢，卻最終都功敗垂成。祖逖於太興四年病死，王敦再無顧忌，立刻起兵，以“清君側”的名義發起叛亂。元帝下令，斬王敦者封邑五千戶，並親自領軍在城郊備戰。
王敦實力強大，很快取勝，劉隗逃亡，投奔石勒。王敦不入宮見元帝，縱兵劫掠京城，金陵百姓慘遭荼毒，元帝只好脫下戎裝，去找他求和。司馬睿心想，你想當皇帝你早說啊，我把皇位讓給你，還當我的琅琊王去，何苦讓百姓受苦呢？（司馬睿本為西晉琅琊王，王敦王導也是琅琊人，《琅琊榜》雖然是架空歷史，但也借用了東晉、南朝的一點影子。）
王敦自封萬戶侯，狠狠嘲弄了司馬睿一把，然後自己去武昌駐軍，根本不理睬朝廷。此後政令出於武昌，建康朝廷一度成了擺設。
賢德的鄭夫人
元帝在政治上再無動彈的餘地，只好躲在後宮裡尋求一些安慰。
元帝的原配叫虞孟母，從前他還是琅琊王時，虞孟母就是王妃。虞氏沒有子嗣，卻非常善妒。琅琊王寵幸宮女荀氏，生二子，虞孟母一度想害死荀氏，琅琊王懼內，卻也不忍荀氏死去，乾脆把她嫁給了一個姓馬的人，這才逃過一劫。
虞孟母三十五歲去世，當時司馬睿還沒有稱帝，他稱帝后，追封虞氏為皇后，並且在位期間沒有另立過皇后。世人以此傳揚元帝的美德，認為他與虞皇后極恩愛，但實則不然。他曾對建議立後的臣子說：“女子天性善妒，歷朝多有皇后荼毒皇子的事，經常釀成大禍，傷及社稷，到頭來她們自己也沒有好結果，所以不立最好。”
元帝立荀氏之子司馬紹為太子。荀氏是鮮卑人，所以司馬紹有鮮卑血統，東晉皇室後來對鮮卑族的政治立場也因此受到了很大影響。
元帝另有寵妃鄭阿春。鄭氏出身士族，有三個妹妹。她起初嫁給渤海人田氏，育有一子，田氏死後，鄭氏帶著妹妹們投奔舅舅吳氏。
寵妃鄭阿春
吳氏有個女兒，生的貌美如花，常與鄭阿春一起出去玩。有一天兩人一起遊園，路上遇到一個陌生男子，遠遠地打量他們。鄭氏心想，那人必定是看上了吳小姐了，但其實她是猜錯了。
這個男子就是晉元帝司馬睿。當時虞氏已經去世，荀氏又改嫁了，他對後宮女子都疏遠得很。他心中有很多煩惱的事情，因此常常來這園中散心，不想這一次與這兩位女子邂逅。
左右的侍從以為他看上了年輕貌美的吳小姐，於是建議他下聘禮娶吳氏，但司馬睿卻搖頭，他從她們二人的言談已經得知了一些情況。若論年輕貌美，當然是吳氏勝出一籌，但鄭氏雖然是個寡婦，卻是個賢良的女子，比吳氏更宜室宜家。於是司馬睿下聘娶鄭氏入宮，封為夫人。
鄭氏雖是少婦，卻很受元帝寵愛，但鄭氏經常擔心妹妹們的將來。她對元帝說：“我有三個妹妹，大妹妹已經出嫁給人家做了小妾，兩個小妹妹尚未訂親，我擔心她們將來嫁不到好人家。”司馬睿聞言，親自過問她們的婚事，替她們從士族大家裡選了兩個合適的子弟。
鄭阿春生子司馬煥、司馬昱，元帝還讓其他的兒子們都以母親的禮節侍奉鄭氏。她雖然不是皇后，但在宮中與皇后無異。鄭氏賢德，深得諸子愛戴，死後追封宣太后。東晉時因為要避鄭阿春的諱，改《春秋》為《陽秋》，因此成語“皮裡春秋”變成了“皮裡陽秋”。
元帝去世那年，鄭阿春還生了一女，封為尋陽公主，年紀比元帝的孫子司馬衍還要小。明帝司馬紹去世時，尋陽公主尚未成年，司馬衍繼位為成帝之後，還要操心姑姑尋陽公主的婚事，最後選了與公主同歲的豪門少年荀羨。
做駙馬在當代人看來似乎是個美差，但荀羨可不這樣認為。他不想跟皇室結親，聞訊之後居然逃亡，成帝發海捕文書去抓他，終於把他抓回來結婚，封駙馬都尉。這樁婚事雖然有這麼一出鬧劇，但好在後來也還比較幸福。荀羨少年有才，後來做了很大的事業。
元帝司馬睿
元帝司馬睿並不是好色之徒，他非常看重女子的德行。太子司馬紹成年後，司馬睿為他選妻，遍訪功臣之家，後來選了左將軍庾琛的女兒庾文君。
庾文君性情仁慈，儀容美麗，德行甚好，為司馬紹的太子妃，生子司馬衍、司馬嶽。明帝司馬紹繼位後，封庾文君為皇后，立司馬衍為太子。
明帝為政僅兩年就去世，司馬衍繼位為成帝，當時年僅五歲。因成帝年幼，庾文君臨朝攝政，以其兄庾亮為中書令。咸和二年冬，歷陽太守蘇峻效仿王敦作亂謀反，次年攻佔建康，庾文君憂傷而死，諡號明穆皇后。
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