西晋末年，先有八王之乱，后又流民起义，接着就是五胡乱华，北方陷入长期的战乱，豪门世族纷纷南迁，史称“衣冠南渡”。此后北方的主要矛盾就是各民族之间持续多年的仇杀，而同时期的南方并非世外桃源，它一样有着非常复杂的政治矛盾，乱世的血腥战争并不比北方好多少。
司马睿的抗争
西晋怀帝司马炽时代，东海王司马越自知气数已尽，打发司马睿、王敦等人去江南任职，让这一支的皇族远亲得以保存血脉，但是司马睿是远支皇族，素无名望，在江南并无强大的政治号召力。怀帝、闵帝在北方先后被前赵所灭，王敦、王导等人在江南拥立司马睿称帝，为东晋元帝，但朝廷兵权皆归王敦，政权归于王导，元帝其实是个傀儡皇帝。当时江南童谣唱：“王与马，共天下”，实际上王家实力远在司马氏之上。
元帝在位期间之做了两件大事，第一件是寻访收留南逃的王室亲眷。这件事做得卓有成效，先是找到了司马越的遗孀裴氏，后是找到了羊献容皇后的女儿清河公主。元帝对她们都很好，于是南逃的士族纷纷主动归附。
元帝还做了一件大事，就是削弱王氏的势力，但这件事没做成，反而惹出了大麻烦。
元帝接受裴氏的建议，在建康（南京）定都，王家的府邸在南京乌衣巷，当时谢家尚未崛起，王家是乌衣巷最大的豪族。
司马睿
元帝虽然是被王敦、王导所立，但他不愿意做一个傀儡皇帝，于是提拔刘隗（音同“伟”）、刁协等人以制衡王氏，并疏远王敦王导。王导性格比较忠厚，节操尚在，见元帝疏远，于是韬光养晦去了。王敦性格与他完全不同。
从前王家兄弟在洛阳王恺家中参加宴会，当时王恺与石崇斗富，也是豪奢无比。王恺命美人进酒，如果客人不喝，就杀美人。王导不忍美人被杀，每次都喝得大醉，王敦却坚决不喝，王恺杀了好几个美女他仍然不肯喝酒。王导劝他喝，他说：“他杀自家人，关我们什么事呢？”王敦的性格可见一斑。
王敦见元帝想玩花样，心里很不屑，更加专权擅为。他提拔了一些亲信到各地去领军，又任命各州刺史，从前这类事至少还要在形式上先告知一下皇帝，现在连通报都免了。
元帝防范边境为名，想给刘隗等人委任兵权，王敦非常愤怒，但一时没有发作，主要是忌惮豫州刺史祖逖（就是和刘琨一起“闻鸡起舞”的那位）。祖逖很忠义，手握重兵，又是个将才，且很有威望，但是祖逖刘琨两人先后北伐，虽然一度优势，却最终都功败垂成。祖逖于太兴四年病死，王敦再无顾忌，立刻起兵，以“清君侧”的名义发起叛乱。元帝下令，斩王敦者封邑五千户，并亲自领军在城郊备战。
王敦实力强大，很快取胜，刘隗逃亡，投奔石勒。王敦不入宫见元帝，纵兵劫掠京城，金陵百姓惨遭荼毒，元帝只好脱下戎装，去找他求和。司马睿心想，你想当皇帝你早说啊，我把皇位让给你，还当我的琅琊王去，何苦让百姓受苦呢？（司马睿本为西晋琅琊王，王敦王导也是琅琊人，《琅琊榜》虽然是架空历史，但也借用了东晋、南朝的一点影子。）
王敦自封万户侯，狠狠嘲弄了司马睿一把，然后自己去武昌驻军，根本不理睬朝廷。此后政令出于武昌，建康朝廷一度成了摆设。
贤德的郑夫人
元帝在政治上再无动弹的余地，只好躲在后宫里寻求一些安慰。
元帝的原配叫虞孟母，从前他还是琅琊王时，虞孟母就是王妃。虞氏没有子嗣，却非常善妒。琅琊王宠幸宫女荀氏，生二子，虞孟母一度想害死荀氏，琅琊王惧内，却也不忍荀氏死去，干脆把她嫁给了一个姓马的人，这才逃过一劫。
虞孟母三十五岁去世，当时司马睿还没有称帝，他称帝后，追封虞氏为皇后，并且在位期间没有另立过皇后。世人以此传扬元帝的美德，认为他与虞皇后极恩爱，但实则不然。他曾对建议立后的臣子说：“女子天性善妒，历朝多有皇后荼毒皇子的事，经常酿成大祸，伤及社稷，到头来她们自己也没有好结果，所以不立最好。”
元帝立荀氏之子司马绍为太子。荀氏是鲜卑人，所以司马绍有鲜卑血统，东晋皇室后来对鲜卑族的政治立场也因此受到了很大影响。
元帝另有宠妃郑阿春。郑氏出身士族，有三个妹妹。她起初嫁给渤海人田氏，育有一子，田氏死后，郑氏带着妹妹们投奔舅舅吴氏。
宠妃郑阿春
吴氏有个女儿，生的貌美如花，常与郑阿春一起出去玩。有一天两人一起游园，路上遇到一个陌生男子，远远地打量他们。郑氏心想，那人必定是看上了吴小姐了，但其实她是猜错了。
这个男子就是晋元帝司马睿。当时虞氏已经去世，荀氏又改嫁了，他对后宫女子都疏远得很。他心中有很多烦恼的事情，因此常常来这园中散心，不想这一次与这两位女子邂逅。
左右的侍从以为他看上了年轻貌美的吴小姐，于是建议他下聘礼娶吴氏，但司马睿却摇头，他从她们二人的言谈已经得知了一些情况。若论年轻貌美，当然是吴氏胜出一筹，但郑氏虽然是个寡妇，却是个贤良的女子，比吴氏更宜室宜家。于是司马睿下聘娶郑氏入宫，封为夫人。
郑氏虽是少妇，却很受元帝宠爱，但郑氏经常担心妹妹们的将来。她对元帝说：“我有三个妹妹，大妹妹已经出嫁给人家做了小妾，两个小妹妹尚未订亲，我担心她们将来嫁不到好人家。”司马睿闻言，亲自过问她们的婚事，替她们从士族大家里选了两个合适的子弟。
郑阿春生子司马焕、司马昱，元帝还让其他的儿子们都以母亲的礼节侍奉郑氏。她虽然不是皇后，但在宫中与皇后无异。郑氏贤德，深得诸子爱戴，死后追封宣太后。东晋时因为要避郑阿春的讳，改《春秋》为《阳秋》，因此成语“皮里春秋”变成了“皮里阳秋”。
元帝去世那年，郑阿春还生了一女，封为寻阳公主，年纪比元帝的孙子司马衍还要小。明帝司马绍去世时，寻阳公主尚未成年，司马衍继位为成帝之后，还要操心姑姑寻阳公主的婚事，最后选了与公主同岁的豪门少年荀羡。
做驸马在当代人看来似乎是个美差，但荀羡可不这样认为。他不想跟皇室结亲，闻讯之后居然逃亡，成帝发海捕文书去抓他，终于把他抓回来结婚，封驸马都尉。这桩婚事虽然有这么一出闹剧，但好在后来也还比较幸福。荀羡少年有才，后来做了很大的事业。
元帝司马睿
元帝司马睿并不是好色之徒，他非常看重女子的德行。太子司马绍成年后，司马睿为他选妻，遍访功臣之家，后来选了左将军庾琛的女儿庾文君。
庾文君性情仁慈，仪容美丽，德行甚好，为司马绍的太子妃，生子司马衍、司马岳。明帝司马绍继位后，封庾文君为皇后，立司马衍为太子。
明帝为政仅两年就去世，司马衍继位为成帝，当时年仅五岁。因成帝年幼，庾文君临朝摄政，以其兄庾亮为中书令。咸和二年冬，历阳太守苏峻效仿王敦作乱谋反，次年攻占建康，庾文君忧伤而死，谥号明穆皇后。
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