民國元年(1912年)夏，西藏暴亂危及四川，尹昌衡自請督師西征，平息了邊境騷亂，駐軍川西。
- 討袁戰爭
民國二年(1913年)3月，二次革命爆發。6月，袁世凱解除了尹昌衡的川督職務，降任為川邊經略使，胡景伊被任為四川都督。8月4日，熊克武在重慶成立討袁軍，建立四川討袁軍總司令部 。 隨後兩軍在隆昌、瀘州展開血戰。8月中旬，張伯祥、張品山等由廣漢起兵，佔領綿陽。酉陽、中江、開江等地亦舉義討袁。9月後，劉存厚部攻克資中、內江，王陵基部佔領南充、定遠、合川。黔軍黃毓成部佔領綦江，逼近重慶，滇軍葉荃部進至宜賓，陝軍張鈁部後臨夔州。熊克武於9月11日、12日被迫撤退。9月12日，黔軍佔領重慶，四川討袁之役失敗。
- 護國戰爭
主詞條:護國戰爭
民國四年(1915年)3月，袁世凱任命陳宧為四川巡按使。5月底，陳宧到達成都，後任四川將軍，掌控全部川軍及政務。陳宦上任後，借整編安置親信，以削弱、控制川軍。 12月25日，蔡鍔回到雲南，發動護國戰爭，決定派滇軍第1軍入川。
民國四年(1915年)12月10日至12日，護國軍第1軍第1梯團長劉雲峰率2個支隊為由昆明出發，趙又新、顧品珍兩梯團為中路，於次年1月14日由昆明出發，董鴻勳率主力第3支隊於1月10日先行，經畢節、永寧取瀘州。第4梯團長戴戡為右路軍，次年2月2日由貴陽出發，經松坎，攻佔綦江，向重慶方向前進。
民國五年(1916年)1月5日，袁世凱組織徵滇軍，入川進攻護國軍，由第2路總司令張敬堯統一指揮入川的北洋軍。1月16日，蔡鍔所部劉雲峰梯團抵達滇川接壤之新場。18日，佔領四川高縣西北之橫江。19日，向敘府西南之安邊進攻。21日佔領敘府。袁軍分四路反攻敘府，均被擊退。27日，貴州護軍使劉顯世宣佈貴州獨立，並派出兩路黔軍協同雲南護國軍作戰。 31日，劉存厚在納溪宣佈加入護國軍，自任護國川軍總司令，迎蔡鍔軍入納溪。2、3月間，滇、川護國軍與北洋軍在瀘州、納溪一線展開血戰。護國軍進入川南後，川南各地地方團隊和熊克武舊部紛紛響應，加入護國軍作戰，熊克武、但懋辛等組織四川義軍，配合護國軍作戰。3月中下旬，護國軍攻克納溪、江安、圍張敬堯於瀘州城內。
- 護法戰爭
主詞條:護法運動、四川靖國戰爭
民國五年(1916年)5月8日，西南護國各省在廣東肇慶組織護國軍務院推舉唐繼堯為軍務院撫軍長，滇軍將勢力擴展到了四川。5月22日，陳宧宣佈四川獨立並率部出川，蔡鍔出任四川都督兼署民政長。8月底，蔡鍔離川東渡日本治療。蔡鍔離川前，保舉羅佩金暫署四川督軍，羅佩金搜刮四川的財富，掠奪鹽稅，強令四川人民負擔入川滇、黔軍的軍餉，奉行"強滇弱川"政策，擴充入川滇軍，壓制川軍。
民國五年(1916年)冬，羅佩金召開編遣會議，裁減川軍，激起川軍5師長聯名通電控訴。民國六年(1917年)3月，羅佩金以武力解散川軍第4師，第2師師長劉存厚乘機聯絡川軍各部共謀驅羅。4月18日，劉存厚率部圍攻駐成都皇城之羅佩金部，劉羅之戰爆發。羅佩金被迫交出督印，於4月24日率部從成都退往簡陽、自貢等地。滇黔聯軍在與川軍作戰中連連失利，退入川南。隨後爆發劉存厚與戴戡的劉戴之戰，黔軍被趕出成都遭殲滅。8月下旬，川軍第1、2、3師向簡陽、資陽顧品珍部發動進攻，滇軍於22 日分兩路撤至瀘州和宜賓。11月22日，川軍克瀘州，28日攻佔宜賓，劉存厚等部獲勝。
民國六年(1917年)8月25日至9月1日，孫中山在廣州建立"中華民國軍政府"，進入了"護法時期"。滇軍唐繼堯拒就元帥之職，將其中4個軍開赴四川討伐劉存厚，率滇黔聯軍攻川。12月3日，顧品珍率滇軍第1軍及耿金錫、李友勳2個旅攻克重慶，四川查辦使吳光新撤出重慶，周道剛率殘部敗走永川、資中。12月8日，北洋政府任命劉存厚為四川督軍。12月14日，滇黔聯軍佔領瀘州。12月21日，川軍熊克武、但懋辛、石青陽等通電加入靖國聯軍，推舉熊克武為四川靖國各軍總司令，並推舉唐繼堯為滇川黔靖國聯軍總司令。
民國七年(1918年)1月9日，熊克武召集川、滇、黔靖國各軍將領在重慶開會，決定兵分三路，直取成都。2月20日，三省聯軍攻入成都，劉存厚等部退往陝南漢中地區。武備系日漸沒落。2月25日，唐繼堯任命熊克武為四川督軍兼省長。唐繼堯於9月在重慶召開川、滇、黔、鄂、豫五省聯軍會議，並就任"五省聯軍總司令"職。
- 各派軍閥混戰
辛亥革命後，四川先後成為北洋、滇、黔軍閥和四川各派軍閥爭奪和混戰的中心。軍閥混戰，時間之長，次數之多，規模之大，禍害之重，為全國之最。
1.川滇黔軍之戰
四川護法戰事結束後，唐繼堯與以熊克武為首的川軍各派發生矛盾，引發了倒熊和驅逐滇、黔軍之戰。民國七年(1918年)-民國八年(1919年)間，以熊克武、楊庶堪為首的勢力主政四川，後分裂為"九人團"和"實業團"。兩派不斷磨擦鬥爭 ，爆發了倒熊之戰，實業團失敗被逐出四川。
民國九年(1920年)春，實業團與楊庶堪聯合滇黔軍發動倒熊之戰。3月，唐繼堯免去熊克武四川靖國軍總司令。5月，任命呂超為四川靖國軍總司令。熊克武得劉湘等部支持，與滇黔軍及呂超等部展開激戰，初戰獲捷。但7月，熊部遭到反擊，難以抵擋，熊宣佈辭去四川督軍，7月10日率部離開成都，退往閬中進行整編。7月18日，呂超率軍入成都，就任川軍總司令，實業團取得了暫時的勝利。
熊克武、劉存厚聯合發動靖川之戰勝利後，矛盾立即產生，驅劉之戰隨之展開。2月28日，熊克武、但懋辛、劉湘、劉成勳等聯名通電，宣佈驅逐劉存厚。熊克武命令但懋辛率第1軍，劉湘率第2軍，劉成勳率第3軍，以劉湘為前敵各軍總司令，分三路夾擊成都。劉存厚部節節敗退，劉存厚於3月20日通電下野，離開成都，逃往陝南寧羌。劉湘、但懋辛督軍追擊劉存厚部在四川的殘敵。第1軍第5師師長何光烈通電勒兵停戰。前線各部通電響應，驅劉之戰停息。劉存厚遺留在四川的部隊被各軍收編。
民國九年(1920年)8月6日，劉存厚在漢中組織靖川軍，任總司令 。熊克武部亦進行了整編 。熊、劉共推劉湘為前敵總指揮，兩軍分道出發，夾擊成都。川軍各部，亦相機通電響應。9月8日，川軍攻入成都，接著，川軍與滇軍趙又新、顧品珍部在成都近郊及龍泉山展開會戰。9月21日，滇軍戰敗。10月3日，川軍咬住潰敗的滇軍趙又新部，將其圍困於瀘州，擊斃軍長趙又新，顧品珍率軍回滇。靖川之戰，滇黔軍完全退出川境。
2.川鄂戰爭
民國十年(1921年)6月，川軍各將領在重慶召開善後會議。劉湘被推舉為四川各軍總司令。6月24日，劉湘被四川省議會和川軍各將領選為四川省省長。第2軍軍長由楊森代理。劉湘上任不久，原鄂軍總司令李書誠和鄂西總司令潘政道特致電川湘兩省當局，請求出兵支援，協力驅逐直係軍閥兩湖巡閱使兼湖北督軍王佔元。湘督趙恆惕決定出兵。劉湘亦決定出兵，川鄂戰爭爆發。8月中旬，劉湘自任援鄂軍總司令，出動2師4混成旅，兵分兩路攻鄂 。北京政府免去王佔元職務，特任吳佩孚為兩湖巡閱使，另派蕭耀南為湖北督軍。
民國十年(1921年)8月19日，川軍攻佔巴東，隨即奪取姊歸，進逼宜昌。9月初，川軍猛攻宜昌，不克。吳佩孚攻下湖南嶽州後，即回師西援，於9月14日趕赴宜昌，於9月22日解宜昌之危，隨後收復鄂西。11月下旬，吳佩孚恐奉軍南下和南軍北進，遂與劉湘議和。
3.1、2軍之戰
川鄂戰爭中，劉湘與孫傳芳結拜為盟兄弟，訂立攻守同盟密約，劉湘在漢口設立辦事處，派喬毅夫為駐漢口代表。熊克武雖於民國九年(1920年)12月30日宣佈辭去四川督軍職，但仍控制第1軍，企圖東山再起，總攬四川軍政大權。劉湘實力大增，熊克武深感威脅。熊克武獲知劉湘與孫傳芳結盟後，煽動川軍各部聯合與劉湘為敵。劉湘於民國十一年(1922年)5月14日通電辭去職務，由王陵基代理總司令，向楚代理省長。在劉湘尚未部署妥當的情況下，7月初，第2軍軍長楊森突然提前進攻駐忠縣和萬縣的第1軍主力。四川1、2軍之戰爆發。
民國十一年(1922年)7月12日，成都各軍組織省聯軍，推第3軍軍長劉成勳為四川軍總司令兼省長，推第3師師長鄧錫侯，四川邊防軍司令賴心輝為正、副指揮，進攻重慶，支援第1軍。第1軍有計劃撤退，在渠縣、蓬安縣交界處集結精銳，與楊森決戰，雙方激戰6日。8月1日，劉伯承率軍擊敗楊森部。8月9日，省聯軍攻破重慶，楊森率殘部退往夔府。8月20日，楊森退到湖北利川、宜昌，依附吳佩孚。劉湘在劉文輝派兵護送下回到安仁鎮老家棲隱。
4.北道之戰
四川1、2軍之戰後，劉成勳主持四川軍政。民國十一年(1922年)10月，劉成勳在成都主持召開善後會議，會上1、2軍將領結下仇怨。
民國十二年(1923年)1月5日，劉成勳以川軍總司令名義通令全軍裁兵。1月29日，劉成勳電令解除陳國棟第7師師長職，武力解決陳部。鄧錫侯起兵援陳。2月10日，劉成勳下令討伐陳、鄧，但懋辛、賴心輝舉兵響應，形成1、3、邊軍與3、7師之戰。2月，鄧、陳西上圍劉成勳於成都。後賴心輝邊防軍開到，鄧、陳解圍而退。1、3、邊軍推賴心輝為總指揮，率兵追擊。鄧、陳退至德陽，田頌堯率第21師支援。形成1、3、邊軍與3、7、21師之戰。鄧、陳、田退至潼關，得劉存厚奉吳佩孚令支援，在黑虎寨堅守，賴心輝久攻不下，師疲而退。鄧、陳、田乘機追擊，至綿江、中江一帶雙方呈膠著狀。3月下旬，鄧錫侯間道偷襲成都，圍熊克武、劉成勳於空城。第9師師長劉文輝率兵抵成都，雙方協商，劉成勳等讓成都與劉文輝，讓劉成勳等部出城。3月30日，劉成勳通電辭職停戰，率部撤離成都。4月2日，劉文輝入成都。4月5日，鄧、陳、田部也開入成都。四川軍閥大混戰宣告結束。
5.討賊之戰
吳佩孚動員直、豫、鄂、陝、甘五省兵力，組成援川軍，以趙榮華任總司令，擁楊森回川，鄧錫侯、陳國棟、田頌堯、劉存厚等川軍呼應，擁護劉湘出山，並推舉為四川善後督辦。
民國十二年(1923年)4月，孫中山回粵復任大元帥，孫中山說服熊克武，與四川國民黨實業團聯合討賊。6月，孫中山任命熊克武為四川討賊軍總司令，劉成勳為川軍總司令兼省長，賴心輝為前敵總指揮，統率1、3、邊軍與石青陽、呂超、顏德基等部。雲南唐繼堯、貴州劉顯世亦派兵入川助熊討賊，形成南北大戰。
戰爭分兩個階段:
第一階段，楊森率部沿長江入川，民國十二年(1923年)4月6日攻佔重慶，繼續率軍取成都。北軍亦分別從陝、甘、黔入川。5月，楊森主力在資中縣被討賊軍主力擊潰，退回重慶。9月，討賊軍會集重慶，圍攻達一個多月。10月16日，討賊軍攻克重慶，楊森退往萬縣。
第二階段，討賊軍內部矛盾顯露，吳佩孚撤趙榮華職，任命黔軍總司令袁祖銘為援川軍總司令，任命劉湘為川康善後督辦。吳佩孚又補充北軍大量彈藥。11月，援川軍攻梁山、墊江、長壽，討賊軍潰敗。12月14日，援川軍又攻下重慶。民國十三年(1924年)1月27日，楊森出兵直撲三臺縣熊克武總指揮部，熊克武逃脫。2月2日，楊森、劉湘圍攻成都。2月9日，成都被攻破，劉成勳率殘部退往川南及康定地區。劉湘、袁祖銘率部緊追熊克武殘部。3月，熊克武率四川討賊軍殘部離川入貴州，輾轉赴廣州。第1軍在川勢力瓦解。孫中山發動的四川討賊之戰亦告失敗。5月，北京政府任命楊森為四川軍務督理，鄧錫侯為四川省長，劉存厚為川陝邊防督辦，劉湘為川滇邊防督辦。
- 劉湘的統一
1.統一之戰
討賊之戰後，速成系分裂成劉湘的舊二軍和楊
劉湘森的新二軍兩個系統。劉湘聯絡劉成勳、劉文輝、賴心輝等，形成"三劉一賴"的反楊聯盟，並對楊森之王纘緒等部進行策反。3月，劉湘等聯名致電段祺瑞政府，要求調楊森赴京任職。楊森決定發動統一之戰，以武力統一四川。
4月12日，楊森分兵五路，向賴心輝、劉成勳、劉文輝、陳洪範、陳國棟部進攻，連戰告捷，其軍隊擴充到19個師又12個混成旅。賴心輝、劉成勳、劉文輝等部退往重慶，依靠劉湘，聯合鄧錫侯以及黔軍袁祖銘，組成川黔聯軍，共同倒楊。7月中旬，兩軍在永川、大足、榮昌一帶激戰。7月21日，聯軍全線發起進攻，楊森被迫退往沱江右岸。7月31日，楊森部主力師師長王纘緒靠劉湘，通電停戰。8月4日，聯軍強渡沱江，楊軍潰敗，逃往樂山。8月10日，聯軍攻克成都。9月4日，楊森被迫通電將所部交由劉湘節制，自率殘兵到宜賓。9月9日，楊森將第3軍軍長李樹勳伏殺，再逃往橫江、萬縣。11月1日，楊森自奉節往漢口，再投吳佩孚。
2.聯楊驅袁
聯軍於9月在自流井召開善後會議。會議上，劉湘與袁祖銘因分贓不均，關係惡化。民國十五年(1926年)1月24日，袁祖銘返抵重慶，下令增調黔軍4個團入城，在浮圖關、兩路口、磁器口等要地配置重兵，發動江巴事變(又稱渝變)。江巴事變成為驅袁戰爭的導火線。事變後，劉主力被袁逐出重慶以後，劉決定驅逐袁出川。劉湘、楊森在武漢簽訂了"丙寅公約" 。
民國十五年(1926年)3月1日，楊森返回川東萬縣，召舊屬六部來歸。5月5日，川軍兵分上川東、下川東兩路，由劉湘、楊森分別統領、夾擊重慶，劉文輝亦在川南發起進攻。5月18日，劉、楊聯軍兵臨重慶。5月21日，川軍進佔重慶。袁祖銘率黔軍全部返黔。
3.改旗易幟
主詞條:瀘順起義
驅袁之戰後，楊森控制了下川東各縣。民國十五年(1926年)6月，廣州國民革命軍出師北伐，深入湖南，攻克長沙、岳陽，兵鋒直指武漢，川省震動。懾於北伐軍威力，四川軍閥亦派代表與北伐軍聯繫。8月13日，劉湘、賴心輝、劉成勳、劉文輝聯名發出討伐吳佩孚的通電。北伐軍為防止川軍援助吳佩孚，派出了四川籍共產黨員朱德、陳毅到楊森部做工作。9月初，原川軍將領劉伯承領導瀘順起義，以武力迫使川軍易幟。10月，北伐軍攻克武漢，聲威大震，四川軍閥見大勢所趨，表示服從國民政府。11月，廣東國民政府分別委任楊森、劉湘、賴心輝、劉成勳、劉文輝為國民革命軍第20、21、22、23、24軍軍長。12月，任命鄧錫侯、田頌堯為第28、29軍軍長。至此，川軍全部易幟，歸屬國民政府統轄。
4.三足鼎立
川軍雖然易幟，但其內部派別之爭依然如故。除了劉湘速成系，形成了保定系 和軍官系 。保川軍易幟後，劉、鄧、田三軍在成都設立三軍統率辦事處，後改名三軍聯合辦事處，劉文輝為處長，鄧錫侯、田頌堯為副處長，實行省城之軍政、民政、財政三統一，與駐重慶的劉湘速成系相對抗。
李家鈺由川軍第1師師長升任四川邊防軍總司令，與第11師師長羅澤洲等在成都組織群益社，以聯絡四川陸軍軍官學堂及蜀軍將弁學堂速成隊的同學，接收來自各方面的軍官學堂同學，兩人成為軍官系的首腦。李家鈺駐遂寧，羅澤洲駐南充，並與駐萬縣的楊森合作，與成都的保定系、重慶的速成系形成三足鼎立的局面。
5.擊破楊森
民國十六年(1927年)4月12日，
楊森南京國民政府與武漢國民政府相對抗。蔣介石指使粵、桂、川、黔軍閥兵分六路，會同兩湖軍閥會攻武漢。劉湘被任命為第5路總指揮，楊森被任命為第5路前敵總指揮 。
民國十六年(1927年)5月5日，楊森率45000人自萬縣東下，以範紹曾部為先鋒。駐宜昌的夏鬥寅部背叛武漢國民政府，順流而下，為楊軍開路。5月21日，楊軍佔領武漢外圍仙桃鎮，夏鬥寅部佔領汀泗橋、賀勝橋。武漢國民政府的主力部隊已赴河南作戰，留守武漢的葉挺部急赴前線，擊潰夏鬥寅師。同時，武漢國民政府急調唐生智第8軍李雲傑師包圍進犯仙桃鎮的楊森部。6月8日，李雲傑部發起進攻，楊軍大敗而逃至潛江。仙桃鎮之戰，楊森被殲7個團，其直轄第9師幾乎全軍覆滅。武漢國民政府又調動鄂北一帶的部隊截擊西逃的楊軍。楊森於6月24日率範紹曾、白駒等逃回四川。當楊森準備退回萬縣時，劉湘已派兵進駐萬縣，將他拒於夔門之外。隨後鄧錫侯、劉文輝等乘虛進襲重慶，劉湘即讓回萬縣給楊森，回師擊退鄧錫侯等的進襲。
民國十六年(1927年)11月，吳佩孚戰敗後，入川投靠楊森。楊森對吳佩孚倍加關照。此舉遭到四川各界人士激烈反對和指責。蔣介石明令免除楊森職務，由師長郭汝棟取代其第20軍軍長之職。但楊森不肯交權，與部將的矛盾激化。
民國十七年(1928年)1月，劉湘奉蔣介石命令，接收楊森所屬各部。劉湘組織"四部倒楊"。2月，四部在長壽舉行倒楊秘密軍事會議，組織"討楊逮吳聯軍"，由賴心輝兼任總司令。4月，賴、郭、範、吳四部對萬縣形成戰略包圍，楊森退出萬縣，將主力向開江轉移。5月18日，倒楊聯軍在開江任市鋪附近與楊森部決戰，卻慘遭敗北。
劉湘自易幟後，對外投靠蔣介石，對內則大力發展勢力，不斷分化和打擊異己。長期佔領四川繁榮富庶之區重慶，控制長江，勢力不斷坐大。民國十七年(1928年)9月23日，劉湘與保定系劉文輝、鄧錫侯、田頌堯三軍長在資中縣舉行會議，由劉湘出任川康裁編軍隊委員會委員長，劉文輝為四川省政府主席，鄧錫侯、田頌堯等為委員。該議將川軍其他各部屏之於外，激起各軍怨恨。10月10日，楊森、劉存厚、賴心輝、郭汝棟、黃隱、李家鈺、陳書農、羅澤洲八部聯合成立"國民革命軍同盟各軍軍事委員會"(八部同盟)，推楊森為主席，李家鈺、陳書農為副主席。八部同盟決定聯合向重慶劉湘進攻，發動了下川東之戰。
劉湘聞訊後，拉攏劉文輝，讓其牽制同盟各部。楊、羅原計劃聯合同時進攻，羅澤洲為搶佔重慶，於10月中旬率先出兵，孤軍突進。民國十七年(1928年)10月17日，劉湘集結主力，在江北一碗水地區迎戰羅澤洲，激戰2日，羅部潰敗。10月19日，劉湘揮師東下，截擊來犯的楊森部。10月20日，劉湘在長壽鐵山坪發起猛攻，楊森部大敗，逃入李家鈺防區。劉湘連克梁山、忠州、萬縣等23縣，收編了楊森近3000人以及郭汝棟部，勢力大振。
6.二劉爭川
民國十八年(1929年)4月，李家鈺、羅澤洲、楊森、黃隱四部在順慶組織同盟軍，推李家鈺為總指揮，決定兵分3路進攻劉文輝的資中、內江防區，發動了上川東之戰。4月16日，由遂寧經寧至向資中、內江發起進攻。4月19日，兩軍交戰，同盟軍敗北，退出遂寧。
民國十九年(1930年)11月，羅澤洲師內部譁變，羅澤洲被扣。民國二十年(1931年)2月，羅澤洲逃到李家鈺部，李、羅聯合楊森，向順慶進攻，挑起了北道之戰，陳鴻文敗退成都。3月，鄧錫侯率兵進攻李、羅，劉文輝、田頌堯亦派兵助戰。李家鈺兵敗，求劉湘援助，於是，劉湘出兵援李。5月間，在順慶城形成互相對峙和牽制局面罷戰言和。
北道之戰，李家鈺退據營山、蓬安兩縣，實際已依附劉湘，軍官系從此衰落。鄧錫侯失去所屬劉、羅兩部隊及其防地，勢力大弱。而劉文輝乘勢佔有了樂至、安嶽、遂寧、潼南、蓬溪、南充各縣，勢力大增，川中僅乘劉湘、劉文輝兩強。
民國二十一年(1932年)春夏間，劉湘擬定了攻打劉文輝的"安川"計劃，保定系開始分裂。民國二十一年(1932年)10月1日，劉湘唆使李家鈺和羅澤洲，從李渡場向劉文輝部林雲根部開火，但遭到第24軍的反擊，揭開了二劉大戰的序幕。經過劉文輝田頌堯省門大戰、二劉榮威之戰中，劉文輝鄧錫侯毗河之戰，二劉岷江大戰。劉文輝軍全線動搖，土崩瓦解。8月16日，劉文輝退至雅安。8月17日，劉文輝撤離雅安，其所部夏首勳、林雲根、張清平、冷寅東等被劉湘改編。劉湘見大局已定，不願鄧錫侯坐大，便令各軍停止追擊。9月，兩軍媾和，劉湘同意將雅安、滎經、天全、蘆山、寶興、名山、洪雅等縣劃給劉文輝。二劉大戰以劉湘勝利而告終，而長達17年的四川軍閥混戰亦告結束。
二劉大戰期間，民國二十一年(1932年)12月，中國工農紅軍第四方面軍乘虛由陝西進入四川，迅疾解放通江、南江、巴中地區，並於次年2月創建川陝革命根據地。
民國二十二年(1933年)初，"川陝邊區剿匪督辦"田頌堯三路圍攻川陝革命根據地，慘敗。稍後，剛取得混戰勝利的新任"四川剿匪總司令"劉湘於10月調集111個團，共約20萬兵力，糾集在川各派軍閥又組織"六路圍攻"， 結果被"殲滅六萬， 俘虜二萬" 。同時，賀龍率領的紅二軍團也殲滅了部分川軍 ，建立了川黔邊游擊區，與川陝革命根據地形成呼應之勢，並於民國二十二年(1933年)10月會合。 隨後，中央紅軍因第5次反圍剿失敗，開始長征並進入四川。
- 抗戰中分化
1.劉湘主政
民國二十三年(1934年)，劉湘被迫於8月23日辭職 。蔣介石將"剿匪"不力的軍閥劉存厚"革職查辦 。 10月，中央紅軍開始長征。蔣介石電邀劉湘到南京面商機宜。劉湘到漢口時，與鄧漢祥密商，決定阻蔣介石派兵入川。經過反覆磋商努力，取消了蔣介石派兵入川的提議 ，12月10日，劉湘返加四川。
民國二十四年(1935年)間，劉湘在蔣介石派去的參謀團的監督之下 ，積極參與了對紅軍的堵截和圍追。2月10日，劉湘主政的四川省政府正式成立 ，5月，蔣介石主力部隊進入四川，形成了中央軍控制四川的局面 。 6月，川軍第一期整編， 將350個團減為200個團左右，參謀團又成立點驗委員會，點驗川軍，核實名額。11月1日，蔣介石改設軍委會委員長重慶行營，以顧祝同為主任，賀國光為參謀長，參謀團即行撤銷。
面對蔣介石勢力進入四川，控制和瓦解川軍，劉湘在改組省政府時，任用自己的親信，並宣佈廢除防區制，原防區內一切政權交給省府 ，健全武德學友會。同時，著手聯絡民主人士和共產黨人，共同抵制蔣介石。馮玉祥系統的汪導予、李蔭楓、高興亞，共產黨人郭秉毅、張曙時、黃子谷、羅世文、李一氓等先後到劉湘部工作。其後，劉湘在武德學友會的基礎上，組織核心組織"武德勵進會"，自任會長 。
民國二十五年(1936年)1月，令第二十軍楊森部直接歸重慶行營指揮 。7月，第二次整編，"川軍裁減百分之二十，以後各軍的團長以上人員由中央派人" ，軍政部派員點名發放軍餉。
2.抗日戰爭時期
民國二十五年(1936年)，劉湘派張斯可為代表赴廣西，與中共
抗戰中的川軍 代表及李宗仁、白崇禧簽訂了《川、桂、紅協定》。
民國二十六年(1937年)7月10日，劉湘致電蔣介石，籲請一致抗日 。8月7日，劉湘飛抵南京，出席當晚召開的最高國防會議。26日，劉湘發表《為民族救亡抗戰告川康軍民書》，號召川康軍民同仇敵愾，毀家紓難，奮起抗日，同時擔負起後方根據地的重任。9月，川軍分三路奉命開赴抗日前線，經國民政府軍事委員會編為第2路預備軍，有14個師又2個獨立旅，共15萬人，劉湘任司令長官，鄧錫侯為副司令長官。 10月，國民政府正式命令川軍出川，將川軍編成第22、23兩個集團軍，參加抗戰。劉湘出征後，川政交由第44軍軍長王纘緒處理。
民國二十七年(1938年)春，川軍將領範紹增
鄧錫侯在顧祝同的支持下，於重慶組建了第88軍，開赴第三戰區作為總預備隊。獨立第35旅也奉命開赴前線。 1月20日，劉湘在漢口病故，第7戰區即被撤銷，22、23集團軍先後拔歸第2戰區、第3戰區、第5戰區節制。蔣介石任命張群主川，引起劉湘嫡系強烈反彈 ，被迫收回成命，改任劉湘舊部王纘緒主川 。3月，王纘緒升任第29集團軍總司令。 4月，代理四川省主席。為了進一步控制四川政局，蔣介石於同年2月委任鄧錫侯為重慶行營副主任兼川康綏靖公署主任。不久，鄧錫侯從前線回到四川主持川康軍務。任川康綏靖公署主任。 5月，許紹宗率29集團軍乘船東下出川，受第5戰區司令長官李宗仁指揮。
王纘緒主政四川后 ，借整頓吏治和財政，任用親信，排斥異己，使得劉文輝、鄧錫侯的保定系軍人反對和速成系軍人的不滿。
民國二十七年(1938年)7月，鄧錫侯、潘文華、王纘緒及西康省主席劉文輝在成都與雲南省主席龍雲秘密簽訂了川康滇三省政治、軍事、經濟實行合作的盟約，聯合抵制蔣介石的宰割。事後，王纘緒全盤向蔣介石密電報告，使鄧、潘、劉策動川康軍人反對王纘緒。
民國二十八年(1939年)3月，第88軍軍長範紹增率部12000人，由南川出發，步行4000餘里，到達江西弋陽，編入第3戰區戰鬥序列。8月10日，鄧錫侯等指使川康彭煥章、陳蘭亭等7師長倒王，發出通電，調動軍隊進逼省城。蔣介石以平息事態為由，勸王纘緒率部出川抗日，自兼四川省主席。9月，王纘緒辭去四川省政府主席，於年底率新編成的4個旅出川抗戰。
民國二十九年(1940年)，蔣介石任命張群(兼成都行轅主任)為省主席。張群主政四川，留在四川有較大實權的川軍將領，有川康綏靖公署主任鄧錫侯。
據《抗戰期間各省歷年實徵壯丁人數統計表》統計，抗戰八年，四川總計共徵壯丁2578810人，居全國各省之冠，為全國同期實徵壯丁14050521人的1/5。 據何應欽的統計，抗戰期間，四川出川將士傷亡人數約為全國的1/5，即陣亡263991人，負傷356267人;失蹤26025人，共計64萬餘人。 川軍先後有6個集團軍另有2個軍1個獨立旅出川抗戰，約佔全國出兵抗戰軍隊總數的1/5。
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