康熙年間開始和碩特蒙古對西南造成了極大的威脅，而西南當時主要實行的是土司統治，這種統治最大的特點是降低了朝廷的統治成本，既不用派官員，也不用派軍隊，但問題也很明顯，這種間接統治是很弱的，那些土司各自為政，當朝廷需要實行某項政策時，他們可能不聽，他們收很多稅，但是可能一點都不給朝廷上貢。所以康熙和雍正都一直想廢除土司，在西南設置州縣，由朝廷派官員進行管理。但無奈土司勢力很大，他們有軍隊，熟悉地方，朝廷還是有所忌諱。
清初西南土司分佈圖
雍正三年（1725年），雍正帝的統治地位漸趨穩固，便開始考慮改土歸流問題了。但什麼事都得有個導火索，而此時貴州剛好發生了長寨事件。
這年，雲貴總督高其倬在貴州貴陽府廣順州長寨地方仲家族村寨建立營房，遭到土司（有說是寨老）武力反對。本來事情不大，但恰逢高其倬卸任回京，就趁機向雍正帝面呈土司問題的嚴重性。
雲貴總督高其倬的這個上奏，正適應雍正的需要。長寨地區地處貴陽市西南部.清初屬廣順州，在州治南三十里。主要包括今長順縣的長寨鎮、威遠區、擺所區、代化區等地方.東西不足三十華里，南北不過五十華里.人口不多，史載當時不過二三十戶。民族複雜，苗、布、漢雜居，勢單力薄且不為清廷內部所熟悉.對此用兵，當然可以穩操勝券。
由頭找到了，得還要一個人來完成這件事。
需要什麼來什麼，這時一個推動改土歸流的關鍵性人物出現了，鄂爾泰，滿洲鑲藍旗人，六歲入學，攻讀四書五經，八歲開始作文，練習書法，十六歲應童子試，次年中秀才，十九歲補廩膳生，二十歲中舉，即進入仕途。二十一歲襲佐領世職，充任侍衛。可以說他是少年得志。
但此後他官場一直不順，到康熙五十五年（1716）三十七歲時，才出任內務府員外郎，這只是內務府下面各司的副官。這時他很為自己的官場不利而煩惱。康熙六十年元旦，正值四十二歲，他作詩自嘆：“攬鏡人將老，開門草未生。”又在《詠懷》詩中吟道：“看來四十猶如此，便到百年已可知。”
鄂爾泰官運的轉機是在雍正帝繼位之時。雍正元年（1723）正月，他被任命為雲南鄉試副主考，五月，被越級提升為江蘇布政使，成為地方大員。雍正三年又晉升為廣西巡撫。在赴任途中，雍正帝覺得他仍可大用，改封為雲南巡撫，管理雲貴總督事，而名義上的雲貴總督楊名時卻只管理雲南巡撫事。所以，鄂爾奉在西南開始官職雖為巡撫，而實際上行使著總督的職權。
鄂爾泰畫像
鄂爾泰正好出任雲南巡撫，到任就遇上長寨事件這件棘手的事情。鄂爾泰看到事態嚴重，認為必須用兵，“窮究到底，殺一儆百，使不敢再犯”。於是他上奏摺提出推行改土歸流的建議。這個奏摺還比較具體，闡述了改土歸流的必要性和急迫性，以及推行這一政策的戰略方針和具體措施。其要點是：
闡述了必要性。土司相殺相劫，“漢民被其摧殘，夷人受其荼毒，此邊疆大害，必當解決者。”辦法就是儘快實行改土歸流，“將富強橫暴者漸次禽拿，怯懦昏庸者漸次改置”。否則，不過是“臨事治標”，不能從根本上解決問題。
提出了方針和方法。“改流之法，計禽為上策，兵剿為下策；命自投獻為上策，勒命投獻為下策。”對於投獻者，“但收其田賦，稽其戶口，仍量予養贍，授以職銜冠帶終身，以示鼓勵。”至於改流的策略，既要用兵，又不專恃武力，爭取波及面小，儘量減少阻力，以便迅速奏效。
表了決心。因為變革土司這樣的舊制，困難很大，又有失敗的可能。如果失敗，主辦人將受到輿論的譴責和行政的制裁。要取得好的效果，主辦人必須殫精竭慮，勤奮不懈，“稍有瞻顧，必不敢行；稍有懈怠，必不能行”，這就要求任事大吏要不計較個人得失，實心實力地去行事。
雍正帝看了折本後十分高興，當眾稱讚鄂爾泰：“卿，朕奇臣也，此天以卿賜朕也。”並全部批准了這個奏摺，勉勵他儘快實行，並說“事定之時，應具體題奏，當以軍功賞敘”。
雍正皇帝像
雍正帝最終同意並支持鄂爾泰的改土歸流政策，主要是政治上，要削弱或削除地方割據勢力，鞏固中央集權。在軍事上，可以進而控制西南地區，鞏固國防。在經濟上，清政府可從西南各省獲得更多的利益。
鄂爾泰認為，即使費時十年乃至二十年之久，“但能成事，實雲貴永遠之利也。”正因為鄂爾泰把改土歸流的目的、意義、方法等籌劃得詳細縝密，再加上雍正帝早就想按中央政府的政策對西南邊疆少數民族實行軍事、政治、經濟、人事諸多方面的統一治理，雍正帝才表現出了由“駁回”到“稱讚”的巨大反差，同意鄂爾泰的計劃。改土歸流是雍正朝的一件大事，在這項地方制度的變革中，鄂爾泰充當了主要角色，由關鍵時刻的上疏，制定改流方略，到具體去實施，經歷多年。
至此，儘管朝中仍然有反對“改土歸流”的保守論，但雍正帝堅定地站在了改革派一邊，大力支持鄂爾泰推行改土歸流。雍正帝無疑拉開了整個清代歷史進程的強制性改革的帷幕。
雍正四年（1726年），鄂爾泰接受聖命，進行改土歸流。雍正帝授鄂爾泰雲貴總督，加兵部尚書銜，又把廣西劃歸雲貴總督管理，這樣鄂爾泰管轄了雲南、貴州、廣西三省，六年（1728年），雍正帝又破格授予鄂爾泰三省總督銜。
鄂爾泰受命後沒有辜負雍正帝的厚望，他全面瞭解三省情況，認真研究各地的特點，上奏請求改土歸流應分輕重緩急實行。雍正帝對鄂爾泰無限信任，對鄂爾泰所奏一一照準，並說：“卿自有次第料理措置之道，實不煩朕南顧之懷也。”雍正帝批示讓他放手去幹，不必要處處請示，這就更增加了鄂爾泰的信心。正是這種君臣間的充分信賴，西南改土歸流工作才能得以大力推行。
雍正四年(1726年)四月，鄂爾泰下令對向官兵挑釁的廣順州長寨用兵，並親到長寨巡查指揮，臨機決斷。鄂爾泰對長寨的用兵是雍正朝大規模改土歸流的開端。鄂爾泰命總兵石禮哈揮兵挺進，對抵抗的土司大小首領盡行斬殺，大獲全勝。隨後鄂爾泰便在這裡設立保甲，鞏固奪得之地，設立長寨廳(今長順縣)，以此地為據點向四外擴展，招服了永寧、永安、安順生苗1398座村寨，廣順、定番、鎮寧生苗680餘寨。
雲南的土司勢力也很大，特別是烏蒙、東川、鎮雄三土府，土司統治地域十分遼闊。雍正四年（1726年），鄂爾泰奏請東川歸滇，標示著三土府歸流的開始,鄂爾泰派劉起元屯兵東川，將巧家等六營地方，統統劃歸流官管轄，撤掉了全部土司。
同年冬天，鄂爾泰命遊擊哈元生率軍討伐烏蒙和鎮雄土司，在四川軍隊配合下，哈元生大獲全勝，於是在其地改設烏蒙府(後改稱昭通府)和鎮雄州(今鎮雄縣)。雍正帝為獎勵哈元生，命鄂爾泰以副將或參將提用。後來哈元生在多處立功，幾年間升至雲南提督。
隨後，改土歸流進入滇南的鎮沅、四川涼山，派兵深入彝民區，在沙馬、雷波、吞都、黃螂而達建昌這廣袤千餘里的地區，建置營汛、革除土司、派駐流官，普遍設置府廳州縣制。
雍正八年 (1730年)，鄂爾泰在雲、貴邊界築橋，是年為庚戌年，雍正帝遂命名“庚戌橋”，以紀念鄂爾泰推行改流政策的功績，這一年可視為改流基本成功的一年。
在改土歸流中，發揮作用的官吏首推鄂爾泰，次為哈元生、張廣泗等。九年（1731年），雍正帝頒詔封鄂爾泰為軍機大臣、大學士，賞賜伯爵。對哈元生不秩拔擢，召見時解衣賜之，命其為軍機大臣。把張廣泗由知府提升為巡撫。
雍正帝的這一論功行賞及拔擢政策，激勵大臣們發揮能動作用，在改土歸流中人人爭立功勳。從其對臣下充分信賴，不秩拔擢來看，不失為一個領導高手、英明帝王，無怪乎雍正王朝會人才輩出，世人矚目了。
在廢除土司世襲制度時。在設立府縣的同時，添設軍事機構。清政府在改土歸流地區，清查戶口，丈量土地，徵收賦稅，建城池、設學校，原來土司只交納很少的貢賦，而將殘酷掠奪屬民所得的大量銀兩盡收於己。改土歸流後，變革賦役方法，廢除原來土司的徵收制度，與內地一樣，按地畝徵稅，數額一般少於內地。土民所受的剝削稍有減輕。改土歸流的地區，包括滇、黔、桂、川、湘、鄂六省，其中貴州省改土歸流的地區之廣，大約相當於原設府縣的面積。
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