乾隆五十三年初，與西藏相鄰的廓爾喀（今尼泊爾）因參與六世班禪之弟
沙瑪爾巴與其兄仲巴呼圖克圖發生內爭，沙瑪爾巴請求廓爾喀兵相助。於是，廓爾喀兵以“西藏運往之食鹽摻土”等為藉口，乘機進攻西藏。
直到到乾隆五十五年，在長達兩年的時間裡，廓爾喀人先後兩度入侵西藏，第一次入侵因朝廷出軍太慢而導致大軍到來之時，藏區與其已經簽訂了廓藏協議，入侵的軍隊也隨之褪去。但也是由於第一次的和平舉動錯給了廓爾喀一個清朝弱懦的假象，導致了時隔兩年之後出現了更大規模的入境戰爭。
廓爾喀人佔領了日喀則在內的後藏地區，並且還洗劫了扎什倫布寺，將乾隆皇帝賞賜給六世班禪的大量珠寶搶掠一空。來勢兇猛的廓爾喀軍隊，嚇得清廷的駐藏大臣竟然想帶著達賴和班禪逃往青海，丟棄西藏。
當戰報傳到乾隆眼中時，廓爾喀的軍隊已經佔領了後藏的大部分地區，本著西藏是不可以分割的一部分，即使清軍無法適應高原地區作戰，條件也十分艱苦，但是為了疆域的完整，乾隆決心發兵遠征，並且一定要打疼廓爾喀。於是下令，派出了自己的心腹愛將福康安，此時福康安剛平叛完越南廣西，任兩廣總督。但是這時的福康安只有37歲，擔心其經驗不足，又指派了老將軍海蘭察配合福康安一起入藏，指揮戰鬥。
乾隆五十六年，福康安率領 100 多人的衛隊，從青海西寧出發，直奔拉薩。福康安一行人馬於乾隆五十七年正月到達了拉薩。福康安此次行程達到 4000 多里，行軍時間 50 天，在這次高原行軍歷程中，也創造了當時軍隊史上的奇蹟，正常的行走時間都需要花費一百二十天左右，就是這次的兵貴神速，福康安到達了拉薩後迅速安撫了達賴喇嘛、班禪等，並向其表明此次援藏不會對其統治方式有任何改變，但是也不能放任廓爾喀無休止的侵略，提議必須要定下章程，而這次章程的敲定也成了清朝治理西藏的主要依據。
此後，清軍士兵在福康安的帶領下雖然收復了後藏地區。但為了追回被搶掠的財物和打擊其國本的戰略目的。清軍必須要翻越號稱「世界屋脊」的喜馬拉雅山，而這也因此成就了福康安，讓他為了中國軍事史上第一個翻越喜馬拉雅山作戰的將軍，當福康安率領清軍翻越雪山之後，立馬向廓爾喀軍隊展開進攻。
當清軍進攻到距離廓爾喀首都只有十餘里路程的地方時，清軍士兵因為戰鬥受傷、飢餓生病，導致了 3000 多名士兵死傷減員，原來 8000 多人隊伍的最終只剩下了 5000 多人。
好在廓爾喀已經喪失了再戰的勇氣，也明白了和清朝這樣大國的實力懸殊，也無心再戰，於是雙方派出代表，進行商討，廓爾喀國王表示退回在扎什倫布寺劫掠的財物，今後再不侵犯西藏。
這次入藏征討廓爾喀的勝利，保證了清朝邊境的安寧和西藏社會的穩定，成功地維護了清朝國家的領土完整。
而乾隆皇帝對於此戰的最大功臣福康安授為武英殿大學士，加封忠銳嘉勇公，並且讓其完善和制定了《欽定藏內善後章程》，加強了清政府對西藏地區的管理，也足以證明西藏自古以來都是祖國不可分割的一部份。
閱讀更多 一個柒兒 的文章
