乾隆五十三年初，与西藏相邻的廓尔喀（今尼泊尔）因参与六世班禅之弟
沙玛尔巴与其兄仲巴呼图克图发生内争，沙玛尔巴请求廓尔喀兵相助。于是，廓尔喀兵以“西藏运往之食盐掺土”等为借口，乘机进攻西藏。
直到到乾隆五十五年，在长达两年的时间里，廓尔喀人先后两度入侵西藏，第一次入侵因朝廷出军太慢而导致大军到来之时，藏区与其已经签订了廓藏协议，入侵的军队也随之褪去。但也是由于第一次的和平举动错给了廓尔喀一个清朝弱懦的假象，导致了时隔两年之后出现了更大规模的入境战争。
廓尔喀人占领了日喀则在内的后藏地区，并且还洗劫了扎什伦布寺，将乾隆皇帝赏赐给六世班禅的大量珠宝抢掠一空。来势凶猛的廓尔喀军队，吓得清廷的驻藏大臣竟然想带着达赖和班禅逃往青海，丢弃西藏。
当战报传到乾隆眼中时，廓尔喀的军队已经占领了后藏的大部分地区，本着西藏是不可以分割的一部分，即使清军无法适应高原地区作战，条件也十分艰苦，但是为了疆域的完整，乾隆决心发兵远征，并且一定要打疼廓尔喀。于是下令，派出了自己的心腹爱将福康安，此时福康安刚平叛完越南广西，任两广总督。但是这时的福康安只有37岁，担心其经验不足，又指派了老将军海兰察配合福康安一起入藏，指挥战斗。
乾隆五十六年，福康安率领 100 多人的卫队，从青海西宁出发，直奔拉萨。福康安一行人马于乾隆五十七年正月到达了拉萨。福康安此次行程达到 4000 多里，行军时间 50 天，在这次高原行军历程中，也创造了当时军队史上的奇迹，正常的行走时间都需要花费一百二十天左右，就是这次的兵贵神速，福康安到达了拉萨后迅速安抚了达赖喇嘛、班禅等，并向其表明此次援藏不会对其统治方式有任何改变，但是也不能放任廓尔喀无休止的侵略，提议必须要定下章程，而这次章程的敲定也成了清朝治理西藏的主要依据。
此后，清军士兵在福康安的带领下虽然收复了后藏地区。但为了追回被抢掠的财物和打击其国本的战略目的。清军必须要翻越号称「世界屋脊」的喜马拉雅山，而这也因此成就了福康安，让他为了中国军事史上第一个翻越喜马拉雅山作战的将军，当福康安率领清军翻越雪山之后，立马向廓尔喀军队展开进攻。
当清军进攻到距离廓尔喀首都只有十余里路程的地方时，清军士兵因为战斗受伤、饥饿生病，导致了 3000 多名士兵死伤减员，原来 8000 多人队伍的最终只剩下了 5000 多人。
好在廓尔喀已经丧失了再战的勇气，也明白了和清朝这样大国的实力悬殊，也无心再战，于是双方派出代表，进行商讨，廓尔喀国王表示退回在扎什伦布寺劫掠的财物，今后再不侵犯西藏。
这次入藏征讨廓尔喀的胜利，保证了清朝边境的安宁和西藏社会的稳定，成功地维护了清朝国家的领土完整。
而乾隆皇帝对于此战的最大功臣福康安授为武英殿大学士，加封忠锐嘉勇公，并且让其完善和制定了《钦定藏内善后章程》，加强了清政府对西藏地区的管理，也足以证明西藏自古以来都是祖国不可分割的一部份。
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