“东林党”的起源和无锡人顾宪成有着莫大的关系。顾宪成，字叔时，号泾阳，万历八年（1580）进士。他刚为官不就，就极为关心朝政，但其不趋炎附势的做法，使得仕途很不顺利。
万历二十二年（1596），顾宪成在吏部任职时，因提出了不符神宗心意的廷推阁臣名单而被黜职为民。
于是，顾宪成返回无锡老家与其弟顾允成、常州知府欧阳东凤、无锡知县林宰重修东林书院，并携钱一本、高攀龙等人在东林书院讲学。
随后，当时社会上、朝堂上的一些清流人士，就初步以东林书院为据点进行活动。
他们在讲学的同时，仍然评议朝政，甚至通过舆论和人际关系，继续参与到朝廷的政治斗争中去，并就此组成了一股新兴的政治势力。
就在东林党初步形成时，当时全国还逐渐出现了其他几股政治势力，如宣党（宣城人为主）、昆党（昆山人为主）、齐党（山东人为主）、楚党（湖广人为主）、浙党（浙江人为主）。
这几股势力基本上是以首领籍贯或成员籍贯而分化形成的，但很快这几个派系因较为一致的利益目的，逐渐合流，共同对抗东林党。
朝廷之中形成两大势力后，随即以科道为阵地进行了一系列的斗争。
东林党的壮大与非议，这还要从李三才说起
李三才，字道甫。早年也因直谏而遭神宗贬官京外，于是常年在地方任职。
二十七年（1599）起，他开始总督漕运兼巡抚凤阳等地，其任上政绩斐然。由于李三才思想偏向清流一派，再加上他善于笼络、结交朋友的性格，因此他和顾宪成等人多有来往。
万历三十七年（1609），由于李三才在淮任职已久，内阁又缺人，因此有不少清流人物提议李三才入阁掌事。
在明代，入阁办事的大臣大多善于文学，而短于行政经验，但李三才之前鲜有由地方官入阁参预机务的大臣，再加上李三才的政治倾向，因此这个提议立马遭到了反东林一派的反对。
拥李派和倒李派彼时各执一词，引发了整个朝廷的论战。就在争议持续发酵时，顾宪成上书内阁大臣叶向高和吏部尚书孙丕扬为李三才申辩，然而当顾宪成的书信被他人发抄后，朝堂舆论顿时变得更加混乱。这样一来，李三才就不得不主动提出辞职了。
万历三十九年（1611），李三才正式去职，但争议并未就此平息，反而有扩大化之势。舆论的争议焦点在当年京察的催化下，逐渐演变成了对东林派的攻击。
万历三十九年的这次京察与李三才案息息相关：由于该年主持京察的是吏部尚书孙丕扬、侍郎萧云举等人，而这些都属于朝廷中清流正直一派；因此这次的京察暂时由以东林为首的正直清流一派官僚占据了上风，罢黜了一些反清流派官僚。
之前在朝堂之上争论长达一二十年之久的国本之争，通过朝廷中清流人士的奋斗，到神宗晚年已基本尘埃落定。
尽管这时朱常洛的太子之位是稳如泰山，但他还是出了事。
万历四十三年（1615）五月初四酉时，有一中年男子，手持枣木棍一根，闯入太子所在的慈庆宫大门，并击伤守门太监，随后才被擒拿。
司法部门初步审讯下来得知，犯人名叫张差，蓟州人。
发生该事后，朝野上下对此无不上心。
时任刑部主事王之寀秘密审讯张差后，得知了一些较为惊人的真相，原来张差是由宫内一“老公公”带路过去的。
浙党、郑贵妃一派因而变得十分被动，难以招架。
最终神宗选择了和稀泥，下令磔张差于市，其余重要知情人也被他秘密下令处死。
万历四十五年（1617）又为六年一度的京察年份，这年京察由吏部尚书郑继之、刑部尚书兼署都察院事李鋕等反东林派主持，因而这年的京察对朝廷中东林党人极为不利，一批得罪过昆、宣、齐、楚、浙党的东林派大臣遭到了贬职或罢黜。
万历四十八年七月（1620），神宗去世，八月，光宗朱常洛即位。
光宗一即位，便立刻起用东林党人，其中有不少是神宗在位时期，因得罪神宗而被赶出朝廷的大臣。
正当朱常洛有心锐意革新时，却因服用了鸿胪寺官李可灼进献的红丸丹药而一命呜呼，在位仅一月。
此后朝廷中的两大派系大臣再度因光宗暴死一事展开了政治斗争。
光宗一死，其子朱由校即位，但光宗之妻李选侍却有干预朝政之野心，欲“挟皇长子自重”。李选侍这样的做法当然不是朝廷清流大臣所能接受的。
泰昌元年九月一日，杨涟、左光斗、刘一燝等人趁李选侍尚未占据乾清宫时，直闯乾清宫，拥出太子前往慈庆宫暂居。
当时朱由校（16岁）被李选侍藏匿在本宫暖阁，太监王安入内强行将朱由校从李选侍那儿骗走。朱由校因而得以顺利地在文华殿举行“即东宫位”典礼。
次日，东林党人上疏逼迫李选侍移出乾清宫，语气坚决，再加上朱由校也下了要求她离开乾清宫的旨意，李选侍迫不得已才离开乾清宫。九月初六，朱由校正式登基，并诏改次年为天启元年。
明熹宗依靠东林党顺利即位后，也和他们保持了一段“蜜月期”，起用了一批正直、清流的大臣。
这些大臣为改善明朝弊病，做了一些努力，因此天启初年的明朝一度出现了“众正盈朝”的政治清明气象。但这样的景象并没有持续多久，很快局面又逐渐回到了先前无止无休的党争中去。
东林党中的赵南星、王之寀、惠世扬等人嫉恶如仇，不但坚持继续打击齐楚浙党，还计划致他们于死地，想着打击扩大化。这样一来，原本就已处于劣势的邪派大臣就不得不做背水一战了。
魏忠贤，万历年间自宫入宫。
他一进宫，便靠着善巴结人的本事巴结上了朱由校的乳母客氏。熹宗即位后，魏忠贤受到熹宗宠幸的魏、客二人的照顾随即鸡犬升天，即使王安有功甚至还是魏忠贤原来的上司，此时也被二人排挤出去。
天启三年，魏忠贤更是提督东厂，权势显赫一时。
随着魏忠贤逐渐成为皇帝身边的红人，一些仕途不畅的、之前被东林打压的官僚也趁机谄附。
天启四年四月，魏忠贤为打击朝廷中清流人士而主动攻击汪文言，并将其罢黜。
很快东林党人杨涟、左光斗等人开始对魏忠贤发难。当年六月，杨涟上疏举魏忠贤二十四项大罪，但明熹宗对此并没有什么具有明显倾向的表示，对魏阉仍然是言听计从。
杨涟此举反而严重激化了东林人士和魏忠贤为首的反东林一派的矛盾，使得魏忠贤的地位更加稳固。
当年十月，魏忠贤排挤走吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙后，借故将杨涟、左光斗、陈于廷等人削籍。
从十月到次年三月间，被削夺、降调、回籍的东林党人多达五十余人，而反东林一派则得到大力提拔。但仅仅清空朝廷中的东林官员还不够，魏忠贤更是试图致这些东林党人于死地
天启五年开始起，魏忠贤凭借着原齐、楚、浙党等反东林人士的帮助，开始对东林党人进行了总清算，先后杖死万燝，制造六君子之狱、七君子之狱。
为了清除异己人士，阉党编纂了多本黑名单，以供魏忠贤进行打击，比如说《东林党人榜》《东林点将录》《东林盗柄夥》等。
但这些黑名单是十分荒唐可笑的——很多明明不属于东林党人的大臣仅因为反对魏阉而被列入。比如说崔景荣，有些人仅仅因为在“争国本”“反矿税”的活动中和正直人士保持一致，也被列入黑名单，比如冯琦，而且冯还死于东林书院成立的前一年。
由此可见，阉党眼中“东林党”的概念是值得十分商榷的，既包括了和东林书院有瓜葛的大臣，也包括了与其并无多少关系的普通大臣。
只不过因为阉党的倒打一耙，才使得“东林党”的概念深入人心，似乎成为了组织严密的现代型政党。
天启七年八月，熹宗去世，随后其弟信王朱由检即位，是为思宗。
熹宗的去世，标志着魏忠贤专权局面的结束。但思宗即位后，并没有立刻对魏忠贤为首的阉党下手，而是安抚。但很快，不断有人上疏请求处理魏忠贤，感到时机逐渐成熟的明思宗，开始对魏阉下手。十一月初一，思宗将其发配凤阳。
初四，下令将其逮捕。
初七，听闻逮捕令的消息后，魏忠贤畏罪自杀。
不久后，魏忠贤的死党客氏也被笞杀于浣衣局。
思宗从魏忠贤手中夺回朝政大权后，为巩固自己的地位，立即对阉党进行了清算。
世宗积极起用原先因反对魏阉而遭到罢黜的大臣，并炮制相应的“逆案”名单。阉党垮台后，东林派大臣再度回到了朝堂，似乎恢复了先前“众正盈朝”的局面。
就此，崇祯初年昙花一现的东林内阁宣告瓦解；崇祯二年，袁崇焕死后，原来阉党旧臣也再度上台兴风作雨，向东林党进行报复。z
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