晶體結構文件種類繁多,常見的有cif、xsf、xsd等格式。許多可視化軟件比如Xcrysden、Vesta、Avogadro等也可以完成許多晶體結構文件的類型轉換。
同樣你也可以藉由Pymatflow提供的structflow命令在命令行中快速在各種晶體結構文件之間進行轉換。本文將介紹如何來完成此任務。
structflow支持的轉換類型
上圖清晰地表達了structflow支持的晶體結構文件轉化那類型。cif、xsf、xsd、cube之間可以互轉,同時它們均可以從POSCAR或者CONTCAR轉換而得,但是lammps data文件只支持從其它文件類型轉換而得,反之不可。
安裝Pymatflow
要使用structflow工具,你需要安裝Pymatflow。
<code>~$ pip install pymatflow/<code>
然後你就可以使用structflow或者sflow命令來進行結構文件的轉換了。
示例
這裡以NaCl.cif結構文件的轉換為例:
命令
<code>~$ sflow convert -i NaCl.cif -o NaCl.xsd/<code>
將把對應的cif文件轉換為xsd文件。對於其它類型的轉換,遵循類似的命令。
需要注意的是,slow命令會通過-i、-o參數指定的文件的後綴名來判斷文件轉換的類型。
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