晶体结构文件种类繁多,常见的有cif、xsf、xsd等格式。许多可视化软件比如Xcrysden、Vesta、Avogadro等也可以完成许多晶体结构文件的类型转换。
同样你也可以借由Pymatflow提供的structflow命令在命令行中快速在各种晶体结构文件之间进行转换。本文将介绍如何来完成此任务。
structflow支持的转换类型
上图清晰地表达了structflow支持的晶体结构文件转化那类型。cif、xsf、xsd、cube之间可以互转,同时它们均可以从POSCAR或者CONTCAR转换而得,但是lammps data文件只支持从其它文件类型转换而得,反之不可。
安装Pymatflow
要使用structflow工具,你需要安装Pymatflow。
<code>~$ pip install pymatflow/<code>
然后你就可以使用structflow或者sflow命令来进行结构文件的转换了。
示例
这里以NaCl.cif结构文件的转换为例:
命令
<code>~$ sflow convert -i NaCl.cif -o NaCl.xsd/<code>
将把对应的cif文件转换为xsd文件。对于其它类型的转换,遵循类似的命令。
需要注意的是,slow命令会通过-i、-o参数指定的文件的后缀名来判断文件转换的类型。
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