讀書筆記的整理，主要有兩種方法，一種是為筆記本中的資料編制分類目錄，另一種是為筆記本的資料編制關鍵詞索引。至於用活頁簿來積累資料，性質近乎卡片，便於分類保存。
(1)編制分類目錄。如果一個厚本子記滿了各種資料，為了日後查找的方便，可以為本子中的所有資料編一個分類目錄，註明頁碼，貼在本子的前面。如果事先在本子的前面留下空白頁，用來譽錄分類目錄，那當然更理想。
(2) 編制關鍵詞索引。所謂關鍵詞，就是從文獻的標題或正文中選取的，對於揭示文獻內容具有實質意義，並且有檢索意義的詞語。人名、書刊名、篇名、地名、機構名、事件名、概念術語等，都可以作為關鍵詞。把這些關鍵詞按漢語拼音音序排列，註明出處，便是關鍵詞索引。
(3)利用計算機數據庫收集整理資料。在收集的資料比較多，尤其是利用文獻數據庫獲得的數據比較多時，可以利用Excel表格或者通過自建數據庫的方法記錄和整理文獻資料。字段內容至少應包括篇名、作者、文獻來源、主題詞、提要、分類號等。如果是圖片或全文電子文擋，則要設置多個文件夾，按主題分類存放。類似卡片分類一樣，文件夾中又可以細分為多個文件夾。
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