在印度洋痛打英國人之後南雲艦隊返回本土修整。飛龍號5架零戰、4架九九艦爆轉入五航戰參加入侵莫爾茲比港的行動，自己又補充了同等數量的戰機。飛行隊長楠美正中佐調到加賀號擔任飛行隊長（這算平調嗎？），他的缺由友永丈市大尉填補。此人曾在赤城、加賀號上服役，擔任過霞之浦海軍航空隊教官，在中國戰場有著豐富的作戰經驗。
友永丈市大尉，飛龍號短命的飛行隊長
5月8日，飛龍號由皇貴妃升格為皇后，正式成為二航戰的旗艦。司令官山口多聞少將不僅帶來了自己的指揮部，還帶來許多裝滿大米的米袋子，把艙室包括一些重要通道都堆得滿滿當當，可能是怕餓著大夥，或者想要運到某個小島上去。總之，後來在那個小島附近瘋狂燃燒的大米袋子對損管、逃生倒是影響不小。
左二的巨人就是山口多聞
1942年5月27日，南雲中將率領一、二航戰在榛名、霧島號戰列艦及其他12艘艦艇的護衛下向中途島進發。兩隻航空戰隊此次一共搭載了84架零戰（飛龍21架）、93架九九艦爆（飛龍21架）、93架九七艦攻（飛龍21架），大多數都是經驗豐富的飛行老手。
霧島號戰列艦
在他身後很遠很遠的地方是山本大將和高須四郎中將率領的7艘戰列艦、一艘輕型航母（鳳翔號）及其龐大的護航編隊，這些軍艦的任務是打掃戰場。前提是南雲能幹掉美軍主力即航空母艦。如果幹不掉，山本司令官和帝國的寶貝疙瘩們可以很從容的撤離戰場。
大和號戰列艦
6月4日凌晨4點30（中途島時間），飛龍號飛行隊長兼第一攻擊波總指揮友永丈市大尉帶36架九七艦攻（飛龍號18架指揮官菊池六郎大尉、1架故障返回）、蒼龍號艦戰分隊長菅波政治大尉帶36架零戰（飛龍號9架指揮官重松康弘大尉、官升的挺快）、加賀號艦爆分隊長小川正一大尉帶36架九九艦爆在剛做完急性闌尾炎手術的淵田中佐注目下飛向中途島。
中途島
6點10分，友永機隊抵達中途島。此時美軍早在5點45就收到一架PBY發來的警報，他們迅速啟動了應急預案，派出所有能夠起飛的飛機前來應戰，21架水牛、7架野貓以及大量的攻擊機、轟炸機像超市優惠日的大爺大媽一樣在跑道上爭先恐後的起飛。這其中大約有6架復仇者魚雷機、4架B26掠奪者中型轟炸機（各自懸掛一條魚雷）、16架無畏俯衝轟炸機、14架老舊的報復者偵察轟炸機奉命攻擊日軍航母編隊，此前出發的架B-17空中堡壘分隊也調整航向加入戰鬥。
B26中型轟炸機
因此當友永丈市的編隊開始對中途島發起攻擊時，美軍機場已經空空蕩蕩根本找不到值得扔炸彈的地方（日軍想要攻佔中途島，因此機場不是攻擊目標）。相反迎接他們的是猛烈、稠密的防空炮火和嚴陣以待的美軍戰機。凱里少校的野貓分隊趕在護航的零戰還沒有做出反應之前，一舉擊落3架來自飛龍的艦攻，菊池六郎大尉死亡。
濃煙滾滾的中途島
菊池機中彈後一說墜毀，一說迫降在附近小島上，三人不願做俘虜而自殺，還有被美軍士兵擊斃一說。我的個人看法是迫降，然後負隅頑抗最後都被打死。另外值得一提的是友永丈市的艦攻也被防空炮火打中左翼油箱，但還能堅持完成任務。此戰日軍損失零戰2架、九七艦攻6架（飛龍號5架）、九九艦爆1架。友永認為中途島的防衛力量並未遭到致命打擊，因此在返航途中向南雲請求再來一發。
損失慘重的九七艦攻
與此同時來自中途島的美軍戰機正一波接一波的開始對南雲艦隊不停的轟炸騷擾，雖然沒有遭到有效殺傷，但鑑於島上美軍的強烈反擊，且仍未發現附近有美軍航母存在，因此7點15南雲忠一下了著名的“換彈令”。待命中的第二攻擊波開始卸下魚雷，掛載對地攻擊炸彈。
美軍航母上準備起飛的戰鬥機群
7點40，從利根號重巡出發的4號偵察機甘利洋司發現了美軍艦隊，隨後他發出一系列前言不搭後語的報告讓南雲和他的司令部感到相當困惑。起先甘利說發現十艘左右軍艦，過了一會說沒發現航母，又過了一會說好像有一艘航母，再加上他偏離了自己的飛行航線，整的南雲像一個還沒睡醒的小學生面對高考試題一樣懵逼。7點45中將先生一邊命令甘利繼續保持接觸，一邊下了第二次換彈令（在原田實的強烈建議下）。
零式水偵
值得一提的是，後來有觀點認為中途島慘敗首先要歸罪於甘利洋司前後不著調的偵查報告，事實上真正應該承擔責任的是築摩號重巡的5號偵察機飛行員長谷川忠之中尉和電報員大竹彰一飛曹。此前6點15到6點30之間他們曾在兩支美軍特混艦隊以北約36公里處飛過，但什麼都沒發現（下午16點33企業號的戰鬥機擊落了這兩個大大咧咧的“近視眼”）。人家甘利洋司是偏離航線意外的發現了美軍，要不然南雲到死都不知道美軍艦隊的存在。中途島之後甘利洋司改飛夜航戰鬥機，45年5月13日死於沖繩島上空。
利根級重巡，請注意艦尾的水偵
這段時間，比南雲更痛苦的是航母上的地勤人員。他們首先要把飛機全部從飛行甲板上回收到機庫內，再把炸彈從彈藥庫分揀出來升到機庫，然後先把巨大的魚雷從飛機上取下，再把炸彈掛上，而魚雷還要儘快送回彈藥庫。這之後還要給飛機加滿油再依次升到飛行甲板，大傢伙在甲板上列好隊，航母找準風向迎風加速航行，這個時候飛行員們才會嚼著口香糖跳進座艙開始逐一起飛。這大概需要至少兩到三個小時才能全部完成。日本人的問題不是換彈，而是短時間內兩次換彈，直接導致精疲力竭的地勤人員未按要求把卸下的炸彈、魚雷送回彈藥庫，而是臨時堆放在加滿油的飛機周圍，形成了巨大的安全隱患。
航空魚雷，這麼大個傢伙裝卸可不輕鬆
總之，南雲的機庫內忙的熱火朝天，空中的美軍騷擾連綿不絕，水下還有敵軍潛艇（鸚鵡螺號）趁亂偷襲，二航戰的山口多聞還多次要求停止換彈，立即派出飛龍、蒼龍的36架九九艦爆攻擊美軍艦隊，哪怕沒有戰鬥機護航也要先發制人，搞的南雲心煩意亂、頭痛不已。到了8點05友永大尉的第一攻擊波返航，南雲又花了一個多小時回收了所有戰機，此時他還不知道美國人的飛機在8點06到8點30已經升空襲來。
航母上待命起飛的零戰
10點20（中途島時間），當南雲做完了所有熱身運動，整理好被海風吹亂的髮型後下令航母逆風航行準備起飛戰機時，來自企業號的麥克拉斯基少校的33架SBD正好出現在這個節骨眼上。此時負責艦隊直衛的零戰要麼還在低空盤旋，要麼正在緊急爬升，因此當SBD俯衝投彈時可謂恰逢其時。赤城、加賀、蒼龍在五分鐘內被連續命中，痛苦掙扎一段時間後或沉沒或死於自己人的補槍。
右為麥克拉斯基少校，左為魚雷機隊唯一倖存者喬治蓋伊少尉
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