“廈門”地名出現得很晚。這大概與廈門島在地理上孤懸海中，歷史上長期歸同安縣管轄有關。自從晉太康三年(公元282年)置同安縣，五代後唐長興四年(公元933年)同安屬泉州以來，廈門僅是地方三級政府治理下的一座無名島嶼。
唐朝開元至天寶年間，就有大陸的陳、薛兩大姓氏漢人先後渡海入島“發川為田，墾原為園”，繁衍生息。陳氏族人居住在這座島的南邊，薛氏族人居住在島的北邊，清道光《廈門志》載“廈門人物，以南陳北薛為最古”。
1200年前，先民們把這座島上得以安身立命的村落起了個順口好記的名字叫“新城”。這從1973年泉州發現的唐大中年間墓誌銘和2004年廈門出土的唐代“陳元通夫婦墓”墓誌銘中能得到清晰的印證。“新城”無疑是一座天然糧倉，氣候宜人，土地肥沃，稻禾一莖多穗，於是“嘉禾”就開始作為地名，帶著農耕經濟社會人們樸實而美好的心願傳播開來。至少在唐大中十一年(公元857年)開始，“嘉禾裡”和“嘉禾嶼”作為這座島嶼的名稱，伴著半耕半漁的悠然景象延續了數百年。陳元通夫人汪氏墓誌銘上刻有“清源郡同安嘉禾裡”，說明早在唐代廈門島即被稱為“嘉禾裡”。
2004年，廈門文化遺產保護中心開始對仙嶽路上的唐代古墓進行搶救性發掘，出土的二方墓誌銘是福建出土唐墓中體量最大的。
元至元十六年(公元1279年)，中央政府第一次在嘉禾嶼設置軍事機構，“嘉禾千戶所”便成了這座島嶼新的官方地名，下設4個都。明代朝廷，面對海上民間貿易和倭寇襲擾邊疆，推行“片板不得下海”的“海禁”政策，嘉禾嶼內外海域成了重點設防的地方。明洪武二十年(公元1387年)，江夏侯周德興為防禦倭寇，“城廈門，移(泉州)永寧衛中、左二所兵戍守，為中左所”。這就是海防史上有名的“中左守禦千戶所”。這段簡約的文字透露出一個很容易被忽略的信息，“城廈門”說明，在“中左所”之前，嘉禾嶼就有“廈門”的地名存在。
嘉禾嶼地處九龍江入海口“海門”島的下方，是漳、泉兩地的門戶，民間按地理方位稱此地為“下門”。明萬曆《泉州府志》卷十一記載：“同安縣寨十有四……西南日“夏門”，說明“下門”也曾寫成“夏門”並在萬曆年間的文書中使用，後來才雅化成“廈門”。海門、廈門、金門是拱衛閩地漳、泉平原的海上天然屏障，清乾隆三十一年(1766年)纂修的《鷺江志》指廈門(時別稱“鷺島”)“四面環海，為漳泉之咽喉，臺澎之門戶，誠海疆要地也”。主編薛起鳳在“總論”中寫道：“鷺島者，泉南海島也，以其為泉南之門戶，古日‘門’也。”
江夏侯周德興為了提升駐島軍事機構的統一指揮功能，選擇在俯瞰港灣的高坡上建築石頭城池（今廈門市公安局一帶）。明洪武二十七年（1394年），這座作為軍事設施的城堡取名“廈門城”。“廈門”第一次以官方確認的地名載入史冊。但此時“廈門”指的是山坡上的那一小圈子軍事城堡，“中左所”或“嘉禾嶼”代表的才是方圓50裡的全島。
清朝乾隆年間地圖，圓圈內城堡稱“廈門城”
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